促生长激素释放素三维定量构效关系及药效团模型

用比较分子场分析方法对促生长激素释放素Ｌ－６９２，４２９的系列物进行了三维定量构效研究，得到具有较强预测能力的模型并确定了母体的活性构象，用距离比较方法将Ｌ－６９２，４２９的活性构象与两个活性多肽进行了迭合，找到了可能的药效团，药效团模型显示Ｌ－６９２，４２９的氨基和四唑是氢键的给体和受体，而Ａ和Ｃ环是主要的疏水核心。     

P6A的合成和功能研究

生物活性多肽是内源性物质中倍受重视的一类活性物质,其中小分子多肽由于能呈现重要而又强烈的生物效应,而成为我们兴趣的中     

细胞色素c突变体的共振拉曼光谱研究

采用共振拉曼光谱技术研究了细胞色素c一次突变体（WT）及其突变体Y67F和N52I在低频区的光谱特征。结果表明，以苯丙氨酸替代WT中酪氨酸残基Tyr67并没有明显影响血红素丙氨酸侧基周围多肽氨基酸残基的构象，而异亮氨酸对天冬酰胺残基Asn52的取代则较大程度地改变了蛋白质内部水分子与周围氨基酸残基间的氢键作用和多肽空腔的疏水性，进而使氨基酸残基和血素的构象相应发生调变。两种取代都导致形成血红素周围空腔的多肽氨基酸残基构象的变化。     

以gp41为靶标的小分子-多肽缀合物作为HIV-1融合抑制剂的设计、合成及活性初筛

芳基吡咯类小分子化合物NB-2衍生物(Noc或Npc)与衍生于C34中的靶标特异性多肽P26所形成的缀合物具有低纳摩尔水平的融合抑制活性.本文通过不同长度或不同柔性的连接臂将Noc或Npc与衍生于C34的靶标特异性多肽P27缀合,探讨了C34中a位残基I635和连接臂对缀合物活性的影响.人体免疫缺陷病毒1型(HIV-1)Env介导的细胞-细胞融合实验结果表明,多肽与小分子之间产生了强的协同作用.     

海藻糖抑制淀粉质多肽42构象转变的分子动力学模拟

应用分子动力学模拟方法研究了海藻糖抑制淀粉质多肽42(Aβ42)构象转变的分子机理.结果表明,海藻糖溶液浓度对Aβ42构象转变具有非常重要的影响.在水和低浓度海藻糖溶液(0.18mol·L-1)中,Aβ42可由初始的α-螺旋结构转变成β-折叠的二级结构;但海藻糖浓度为0.37mol·L-1时即可有效抑制Aβ42的构象转变.这是因为海藻糖利用其优先排阻作用使水分子在多肽周围0.2nm内富集,而其自身却在距离多肽0.4nm的位置附近团聚.另外,海藻糖还可通过降低多肽间的疏水相互作用,减少多肽分子内远距离的接触,有效抑制多肽的疏水塌缩和构象转变.上述分子模拟的结果对于进一步合理设计阿尔茨海默病的高效抑制剂具有非常重要的理论指导意义.     

小分子大豆多肽的分离检测研究

最近的研究表明,多肽特别是二肽和三肽更易被人体吸收,此外小分子大豆肽还具有很好溶解性、稳定性、低粘度和许多生理活性,如降血压,降胆固醇,抗疲劳等,因此大豆肽广泛应用在食品、化妆品、药品等领域 [1,2].     

NMR和肽在溶液中的构象

了解肽在溶液中的构象一直是多肽化学家们极感兴趣的一个研究领域,这是因为,肽在溶液中的构象同生物功能之间很可能存在着某种联系,而要了解这种联系,首先必须知道某个肽在溶液中的真实构象。但是,在NMR光谱产生以前,肽在溶液中的构象的研究一直停留在定性的水平上。直到六十年代,高分辨NMR     

液/固界面多肽分子组装精细结构的扫描隧道显微镜研究

介绍了与蛋白构象病相关的淀粉样多肽分子组装结构的研究进展.综述了在固体、溶液以及界面等不同状态下多肽分子组装结构的表征方法,对于扫描隧道显微技术(STM)在解析多肽分子界面组装结构方面的研究进展进行了重点评述,主要包括在液/固界面上的多肽分子组装结构的精细特征,界面诱导的多肽构象转变,调节分子、染料等与多肽组装结构的相互作用模式和位点识别等.     

快速确定丙氨酸-α-多肽构象稳定性的新方法

使用B3LYP／6—31G^*方法优化得到了丙氨酸二肽和三肽分子的23个稳定构象．定义了丙氨酸多肽中的特殊氢原子．对构象中与特殊氢原子有关的主要弱相互作用进行了分析,提出了一种快速确定多肽构象稳定性的新方法．确定了相应的弱相互作用参数．将新方法应用于三肽分子构象相对稳定性的预测,得到了满意的结果．     

氨基酸组成相同序列不同的小分子多肽的液相色谱-质谱联用分析

多肽组学是近年来兴起的一门新型学科,质谱已成为多肽组学研究的强有力手段．然而,用于检测具有相同氨基酸组成但序列不同的多肽时,只能给出等同的分子离子峰,在多肽结构解析上受到一定限制．因此,发展色谱分离．质谱检测联用技术是分析具有相同氨基酸组成但序列不同的多肽的有效途径．本文建立了一种氨基酸组成相同序列不同的小分子多肽的反相液相色谱分离-电喷雾离子化质谱检测新方法．该方法采用高效液相色谱-质谱联用技术,以两种三肽Gly．Ser．Phe和Gly．Phe．Ser为模式样品对象,考察了小分子多肽在不同流动相组成、流动相添加剂及pH等条件下的液相色谱行为,并讨论其保留机理．研究结果表明,在最优化的实验条件下,该方法稳定性好,重现性高,为多肽组学研究中的多肽解析提供科学的分析方法．     

简化的系统搜索法及其在构象分析中的应用

多肽的构象研究除了可以用X-射线晶体学及二维核磁共振等实验方法外,理论计算的方法有系统搜索法、蒙特卡洛方法、距离几何方法、分子动力学方法及能量极小化等.系统搜索法具有构象空间搜索彻底的特点,相对来说找到系统整体极小值的可能性较大,但由于其计算量较大,对于多肽及蛋白质很难实现.我们对系统搜索法进行了简化,不是同时旋转所有的二面角,而是成对地进行,以迭代的方法达到收敛,最后得到可能的构象.     

多肽纳米管

环状多肽是构成多肽纳米管的主要子结构,它的结构形式和骨架分子构象直接影响多肽纳米管的特性。作为有特殊电子和光学性质的多肽纳米管,它在化学、生物、材料和医学等方面有潜在的应用。本文就自组装多肽纳米管的结构和应用作了介绍。     

pH对毛细管电泳分离多肽的影响

设计了一个针对高年级本科生的毛细管电泳分离实验，用以研究pH对生物小分子多肽分离的影响。5种多肽包括Bradykinin、[Hyp3]-bradykinin、Angiotensin I、Leucine Enkephalin和[Met5]-Enkaphalin，被用于毛细管电泳的分离实验。研究了毛细管电泳生物分析实验中最重要的2个因素即电渗流和样品吸附随pH的变化以及对于分离的影响。在pH=10的条件下，酸性多肽几乎没有吸附，少量的碱性多肽有吸附。在pH=6的条件下，碱性多肽具有非常强的吸附从而导致非常差的分离效果，在pH=2.3的条件下，5种多肽都能被很好地分离，由于多肽此时都带有正电荷因此几乎没有吸附。而在此pH，电渗流消失。对具有一定分析化学基础理论知识的学生而言，这是一个非常好的生物分析实验，有助于学生充分理解相关环境因素对仪器分析的重要影响。     

热处理对海参溶菌酶C端多肽的抑菌活性和结构的影响

实验优化了重组蛋白C端多肽(SjLys-C)的E.coli Rosetta(DE3)pLysS表达系统,将重组质粒pET-32a(+)-SjLys-C转入有助于蛋白二硫键正确折叠的新表达宿主E.Coli Rosetta-GamiB(DE3)pLysS中.SDS-PAGE分析表明,重组蛋白SjLys-C在宿主中得到高效可溶表达.抑菌实验结果表明,重组蛋白SjLys-C具有较高的抑菌活性;经100℃处理40 min后,蛋白SjLys-C的抑菌活性提高.分子动力学(MD)模拟表明,SjLys-C蛋白具有高度的热稳定性,蛋白热处理后未变性,仍维持完整的三级结构.但在热处理过程中,SjLys-C多肽的氨基酸残基随温度变化发生内部结构的重排.其中C端区、N端区和活性区域(10~20)内氨基酸残基的柔性增加,蛋白整体构象展开,导致被包埋在内部的2个活性位点(Ser18,His48)暴露,并且它们之间的距离缩短;而活性区域(37~47)内氨基酸残基的构象调整,导致区域结构紧凑,使2个活性位点间的距离改变.     

具有模拟SOD功能的大分子

生命活动中用于维持生物体内超氧阴离子自由基动态平衡的超氧化物歧化酶(superoxidedismutase,SOD)是一类金属酶,属于典型的生物大分子金属络合物,因其在生命活动中所起的重要作用而备受关注。目前,有关SOD的模拟已从小分子化合物的模拟,走向大分子环境与活性中心相结合的系统模拟。本文从高分子化合物角度对模拟SOD的研究进展作一综述,以期为设计并开发具有生物相容且高活性的新型高分子抗氧化剂提供新思路。天然大分子有蛋白质与多肽、多糖、分子聚集体,目前所采用的蛋白质(多肽)是性能稳定的天然蛋白质或通过基因重组技术生物合成的蛋白质或多肽,所采用的多糖类物质主要有右旋糖酐、羧甲基纤维素、壳聚糖等。小分子活性化合物(如金属卟啉、新型肟类为配体的同核与异核复合物、salen型金属配合物等)通过与这些天然大分子结合,在提高活性的同时也改善了其稳定性。将活性小分子物质与分子聚集体(如胶束、脂质体)结合制得的SOD模拟物可以模拟天然SOD在体内的环境,提高抗氧化活性和体内循环时间。合成高分子模拟SOD的工作主要集中于高分子接枝金属配合物的研究,其中典型的合成高分子有聚乙二醇(polyethylene glycol,PEG)、聚L-赖氨酸、聚(苯乙烯-马来酸酐)、聚(环己烷-1,4-丙酮二亚甲基缩酮)、氯化聚苯乙烯树脂、聚乳酸和一些嵌段共聚物,其抗氧化活性与金属配体有关,是一类潜在的抗癌药物。     

细胞与活体中小分子荧光成像研究进展

本文根据检测活性小分子的类别,概要介绍了近年来分子荧光探针针对还原性活性小分子、氧化性活性小分子、金属离子以及p H的细胞与活体荧光成像研究进展。最后对细胞、活体内活性小分子荧光成像研究领域提出展望。引用文献75篇。     

趋化因子CCR2的同源模建,分子对接和3D-QSAR研究

趋化因子CCR2参与炎症反应、免疫移植排斥和肿瘤的发生,已成为新的研究热点。本文以CCR5的晶体结构为模板,同源模建CCR2的结构,并用CCR2小分子抑制剂与其进行分子对接以得到小分子的最优构象。在对接叠合的基础上建立了QSAR模型,采用比较分子场分析(Co MFA)以及比较分子相似性分析(Co MSIA)研究得到Co MFA和Co MSIA模型最佳评价参数分别为q2=0.743,r2=0.968和q2=0.68,r2=0.978。3D-QSAR模型的等势图分析表明,改造配体R3基团可提高化合物活性。所建模型稳定性好、预测性强,对基于CCR2的小分子抑制剂的设计、优化和改造提供了参考。     

小分子多肽HLP核素示踪分析方法研究

本研究旨在建立HLP的放射性碘示踪分析方法, 为HLP及小分子多肽类化合物药代动力学研究提供可行的途径.     

Mtb_G5K同源建模及其与[3,2-c]喹啉对接研究

结核病一直困扰着人类的健康。谷氨酸5-激酶(G5K,Glutamate 5-Kinase)作为新型抗结核药物靶标,小分子活化剂与其结合后,激活生物合成途径,会产生过量的脯氨酸和活性氧,从而杀死结核分枝杆菌(Mtb)。本文基于结核分枝杆菌谷氨酸5-激酶(Mtb_G5K)的一级序列,采用同源模建的方法构建Mtb_G5K蛋白三维结构并对其优化,运用三种方法分别对模型的各个方面进行评估,从而得到合理的蛋白质三维模型;构建小分子并将其能量最小化获得药物分子的最低能量构象,用Autodock将小分子对接到Mtb_G5K的活性位点;分析探讨[3,2-c]喹啉类小分子结合模式,观察蛋白与小分子之间的相互作用并预测具有稳定结合的高活性药物,从而推断出喹啉环的取代基采用相对分子质量较大的官能团能够增强药物小分子的酶催化活性。本研究结果对将来抗结核小分子的研发设计提供了新的思路。     

具有双活性序列的新型抗菌肽的设计及性质

设计合成了具有2个活性序列的线性和环状多肽及具有单个活性序列的短链多肽, 研究了它们的杀菌活性、 细胞毒性及溶血性. 结果表明, 线性肽和环状肽的杀菌活性高于短链肽. 利用计算模拟的方法计算了多肽与细菌细胞膜中一种重要的成分磷脂酰甘油(DMPG)的结合能. 结果表明, 多肽-DMPG的结合能与多肽的杀菌活性具有较高的相关性, 线性和环状多肽与DMPG的结合能大于短链肽. 线性和环状多肽均含有2个活性序列, 可提供多个荷正电氨基酸与荷负电的磷脂结合, 结合能较大, 杀菌活性较强. 采用模拟生物膜对其中几条多肽的作用机理进行了初步研究. 结果表明, 该类多肽有可能使正常哺乳动物细胞的细胞膜产生孔洞; 而对于细菌细胞膜, 多肽并未在膜上产生明显孔洞, 而是引起了细菌细胞膜的聚集.