计算有机化合物脂水分配系数的新方法

A new method is presented for the calculation of octanol/water partition coefficients. On the basis of summation of atomic contributions, our algorithm, namely; XLOGP, also incorporate correction factors into the calculation. Multivariate regression analysis was performed on a training database of 1831 organic compounds with diverse structures to give the final model. The correlation coefficients for the whole set fitting is 0.968 and the standard deviation is 0.37. The result shows that our model is accurate enough for logP estimation in QSAR studies. Compared to other similar approaches, our method gives better results and is more convenient to use.     

用氨基酸加和法计算多肽的脂水分配系数

Based on amino acid addition model, a set of hydrophobicity contributions of amino acids was obtained from the multivariate linear regression analysis of peptides' octanol/water partition coefficients. Multivariate regression was performed on a training set of 219 peptides including dipeptides to pentapeptides which we compose 21 natural amino acids. The correlation coefficients for the whole set fitting are 0. 978 and 0- 974, for log P and log D respectively. In addition, a new test method -evolution test-for regression analysis was discussed. The result of evolution test for amino acid addition model shows the advantage of this new test method.     

Protein Data Bank中抗体的自动识别

我们发展了一种名为KIAb（Keyword-based Identification of Antibodies）的方法用于自动识别Protein Data Bank（PDB）中的抗体结构。该方法通过读取PDB格式的文件，查找与抗体相关的特定关键词并做出判断。我们使用该方法从PDB中识别出780个结构文件，经人工检查其中767个为抗体，成功率高达98.3%。结果基本包括了抗体结构数据库Summary of Antibody Crystal Structures（SACS）中收录的所有条目，而且还包括该数据库没有收录的34个抗体结构。因此该方法对PDB数据库中抗体的识别更为完备而且具有很低的假阳性率。     

凝血酶抑制剂的结构与活性的关系

应用了一种新的预测酶－配体复合物亲和性的方法来研究凝血酶抑制剂的结构－活性关系．凝血酶－抑制剂复合物的三维结构根据模板化合物的晶体结构进行搭建，然后使用程序SCORE计算复合物的亲和性．共分析了3个系列34个抑制剂分子．计算所得的复合物的解离常数与实验值吻合得很好，大大优于用分子力学所给出的结果．通过比较其中两个抑制剂分子的结构和活性，说明了此方法能够定量给出配体分子中每个原子对结合过程的贡献大小，给出十分直接的结构－活性关系．     

酶-配体复合物亲和性的计算

描述了一种新的计算酶－配体复合物亲和性的方法．它考虑了酶－配体结合过程中自由能变化的各主要因素，并利用经验公式加以计算、从蛋白质结构数据库中选取了66个酶－配体复合物作为训练集，利用回归分析得出最后的模型．此模型通用于各种类型的酶－配体复合物，计算结果比技准确，预测算合物解离常数的平均偏差小于一个数量级．此方法还可以定量评价配体分子中每个部分对结合过程的贡献大小，可以为先导他合物的优化提供非常直接的信息     

基于结构设计合成新型喹啉类分泌型PLA2抑制剂

磷脂酶A2(PLA2)在很多人类疾病的病理研究中起重要作用,是药物化学研究所的热点之一。因此,发展新型的PLA2抑制剂对生物有机研究和临床应用均有重要意义。我们设计合成分泌型PLA2的非底物类似物以寻找新型PLA2抑制剂。本文基于结构设计并合成了喹啉－4－乙酰胺作为PLA2抑制剂,目标化合物结构经1^HNMR,IR,MS和元素分析确认,初步活性检测显示该类化合物具有较好体外活性及动物活性。     

化合物的空间取向对CoMFA结果的影响

Our work shows that different compound orientations have different results in Comparative Molecular Field Analysis(CoMFA).For three analyzed compound series, the squared correlation coefficients of cross-validation(q2)could vary as largely as 0.30～0.40 among all possible orientations. The reason for this comes from the routine adopted by CoMFA which uses discrete, regularly arrayed grids to represent the molecular field. Therefore, different orientations may map their molecular fields differently onto the grid and accordingly give different results from partial least square (PLS)analyses. We have developed a method all-orientation searching, to seek for the orientation with the best CoMFA result. And ,we suggest that all-orientation searching should be incorporated into the standard CoMFA procedure.     

用氨基酸加和法计算多肽的脂水分配系数

在药物设计中,化合物的流水性是值得考虑的一种重要的性质．目前常使用化合物在正辛醇和水两相间的分配系数的对数值（logP）来度量其流水性．仅从化合物的结构出发来预测其脂水分配系数具有重要的意义,已有多种计算方法见诸报导’‘,“．对于普通的有机化合物,它们能给出较好的结果．多肽是一类具有重要生物功能的化合物．在药物设计中,多肽也是常用的物系．目前预测一般有机化合物脂水分配系数的方法对于多肽尚不能给出满意的结果．鉴于多肽类化合物特殊的重要性,专门发展一种方法来预测多肽的脂水分配系数也是十分必要的．在这方…     

生物物理化学研究进展

生物物理化学是物理化学的一个相对新的分支,其进步迅猛,对推动生命科学的发展起到了重要作用。我国的生物物理化学家取得了一些具有世界影响的原创性研究成果,但是总体来说,我国生物物理化学学科的发展依然任重而道远。共引用参考文献39篇。