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1.
应用原子键电负性均衡方法模型(ABEEMσπ模型),通过大量量子化学计算,拟合确定了含碱金属和碱土金属的卤化物体系的ABEEMσπ参数.ABEEMσπ模型计算得到的电荷分布与从头算计算的电荷分布有很好的一致性.同时计算了模型分子的偶极矩,与实验值具有很好的一致性.研究表明ABEEMσπ模型可以很好地应用于含碱金属和碱土金属的卤化物的结构和性质的分析.  相似文献   
2.
电负性均衡     
杨忠志 《化学进展》2012,(6):1038-1049
电负性是分子中一个原子把电子拉向它自身的能力,是化学理论的基本概念之一。继Pauling建立第一个电负性标度后,提出了众多的电负性标度。只是在密度泛函理论的基础上,电负性概念和电负性均衡原理,才被精密地论证。近二十多年来,电负性理论的重要发展是:应用电负性均衡模型或方法,可以快速地计算分子体系的电荷分布,从而确定分子的其他性质,甚至包括分子的结构和反应性指标。通常的电负性均衡方法只把分子划分到原子区域,虽然简单直观,但其精度和应用范围受到限制。原子与键电负性均衡方法,把分子划分到包括原子区域、化学键区域和孤对电子区域,能够较快速精密地计算分子的电荷分布和其他性质,并被应用到构建新一代可极化或浮动电荷力场的探索中,有广阔的应用前景。  相似文献   
3.
鸟嘌呤四链体中Na~+的移动   总被引:1,自引:0,他引:1  
Na+-G-四链体复合物是一个明显的极化体系,其形成或解离过程中,Na+的移动路线目前还不十分明确.σπ水平的原子-键电负性均衡方法融合进分子力学(ABEEMσπ/MM)模型除原子位点外,还明确地定义了孤对电子、σ键和π键的位置,并且各位点电荷随分子环境改变而浮动,因此能更好地反映该体系的极化现象.本文应用ABEEMσπ/MM方法研究了Na+-G-四平面复合物的性质,包括它的几何构型、电荷分布和结合能等,并在MP2/6-31G(d,p)水平上做了相应的从头算,两种结果十分吻合.Na+的存在改变了G-tetrad的氢键方式.通过比较Na+各条移动路线中体系的结合能,预测G-四链体中三个Na+最有可能沿α方向依次移出.以上研究为进一步应用ABEEMσπ/MM模型进行G-四链体中离子交换通道的动力学模拟打下坚实的基础.  相似文献   
4.
利用ABEEMσπ浮动电荷力场与连续介质模型相结合的方法,计算了受体和配体的结合自由能.将结合自由能分解为真空中的力场作用项、溶剂化能量以及熵效应.由于ABEEMσπ/MM方法充分考虑了外界环境发生变化引起的体系中各个位点之间的电荷极化,因而极大地提高了结合自由能的计算精度.利用该方法计算的2个复合物的结合自由能与实验值的偏差均小于0.5kJ/mol.  相似文献   
5.
哺乳类催产素及其衍生物是一系列包含S-S键的多肽分子.应用原子-键电负性均衡σπ(ABEEMσπ)模型,我们研究了该系列多肽分子的分子内氢键和整体软度与生物活性关系.首先利用点电荷模型计算了该系列多肽分子的分子内氢键能,并与实验值对比,得到了基本一致的结果.再根据整体软度与生物活性的关系:即整体软度越大,分子生物活性越...  相似文献   
6.
王华荣  刘翠  杨忠志 《化学学报》2010,68(8):753-759
结合鸟嘌呤四链体(G4)的结构特点, 取G4中的一个K与一片g-tetrad (g-tetrad-K)为研究对象, 和一个K与两片g-tetrad (1,2-g-tetrads-K和2,3-g-tetrads-K)为研究对象. 为g-tetrad-K, 1,2-g-tetrads-K和2,3-g-tetrads-K三体系中的K设计了几种移动路径, 来探讨G4中K与g-tetrad的作用. 首先分别应用从头计算MP2/6-31G(d,p)和ABEEMσπ/MM(σπ水平的原子键电负性均衡原理融入到分子力学)方法, 对g-tetrad-K中K移动过程中体系的结构和能量变化进行了详细研究. 结果表明ABEEMσπ/MM方法能够准确地描述g-tetrad-K体系的结构、结合能等性质. 为了更接近实际体系, 进而用ABEEMσπ/MM方法预测了更大的体系: 一个K和两片g-tetrad. 由于体系较大, MP2方法无法计算其结合能. ABEEMσπ/MM方法对g-tetrad-K, 1,2-g-tetrads-K和2,3-g-tetrads-K体系中K移动而产生的结合能变化表明: 如果吸收足够的能量, G4中K最容易沿α方向移出.  相似文献   
7.
以Nd(NO3)3@6H2O和NH2C6H4COOH为原料,经[Nd(C7N6O2)3@H2O]的自组装,得到了具有三维网络结构的配位聚合物[Nd(C7H6NO2)3@H2O]n.该聚合物晶体属单斜晶系,空间群P2(1)/n,a=0.98069(5)nm,b=2.2736(2)nm,c=0.98254(8)nm,β=100.053(5)°,V=2.1571(3)nm3,Z=4.最后的一致性因子R=0.038.磁性研究表明,该化合物在低温下表现出反铁磁性质.测定了化合物的UV-vis-NIR和IR光谱,并进行了分析和指认.  相似文献   
8.
运用量子化学和ABEEM/MM浮动电荷分子力场,构建描述铵离子-水体系相互作用的精密势能函数,对NH4+(H2O)n(n=1~9)簇合物的结构和稳定性等性质进行了研究.对团簇的结合能和电荷布居分析发现,当n≤4时,随着水分子数目的增加,NH4+与水分子间尽可能多地形成线型氧键,直至水分子在NH4+周围形成完整的第一水合层;当n≥5时,簇合物以NH4+为中心,通过氢键网络形成的环状和笼状结构为最稳定.NH4+与第一水合层水分子的相互作用强于水分子之间的相互作用.结果表明,ABEEM/MM方法的结果与量子化学方法得到的结果有很好的一致性.  相似文献   
9.
合成了分子式为[Ln~2(phen)~2L],phen=C~1~2H~8N~2[ALn=Nd,L=(CH~3COO)~4(ONO~2)~2,BLn=Sm,L=(C~6H~5COO)~6,CLn=Eu,L=(C~6H~5COO)~6]3种同双核配合物。用X射线四圆衍射仪测定了3种化合物的结构。在化合物A分子中,2个Nd(III)原子由4个CH~3COO^-基团桥联,以phen和ONO~2^-为端基,构成了一个具有C~2对称性的双核分子。配合物B和C具有完全相同的结构,它们是以4个苯甲酸根为桥,2个phen和2个C~6H~5COO^-为端基的中心对称双核分子,其中6个苯甲酸根的成键状态可分为3种状况。在3种化合物中,每个Ln均为9配位,呈不规则多面体。Ln-Ln距离,A为0.397nm,B和C均为0.405nm。测定了各配合物的变温磁化率,通过对磁性质研究,发现化合物A在低温下具有反铁磁物质行为,并由理论拟合,求得了磁参数g,J值。  相似文献   
10.
将原子与键电负性均衡方法融入分子力学方法,即利用ABEEMσπ浮动电荷力场与ABEEM-7P水模型相结合的方法及OPLS-AA固定电荷力场方法,对GA88和GB88蛋白进行了水溶液(温度295 K)和真空中的分子动力学模拟.比较两种方法得到的两个蛋白质的结构与实验结构的均方根偏差,分析了两种方法得到的两个蛋白质的回旋半径、氢键分布、径向分布及电荷分布情况.结果表明,ABEEMσπ和OPLS-AA力场均能正确模拟蛋白质结构,得到的各项偏差值接近,但从各偏差的波动大小可见,ABEEMσπ力场的模拟更稳定;回旋半径模拟很好地体现了蛋白质的"电致紧缩"现象;氢键分布、径向分布及电荷分布表明,与OPLS-AA固定电荷力场相比,ABEEMσπ浮动电荷力场能更好地体现蛋白质和周围水分子的极化效应.  相似文献   
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