大豆花叶病毒NIb基因的cDNA克隆和序列分析

以大豆花叶病毒北京分离株(SMV-BJ)RNA为模板,随机六聚核苷酸为引物,合成cDNA。根据SMV-BJ外壳蛋白基因序列和国外已报道的SMV,WMV-Ⅱ的有关序列,设计寡聚核苷酸引物。通过聚合酶连锁反应,得到了SMV NIb基因的全长cDNA克隆,并测定了其全序列。所测SMV NIb基因序列与WMV-Ⅱ(USA)株系比较,其核苷酸同源性达80.3％,由核苷酸序列所推导出的氨基酸序列同源性达到91.3％。综合SMV-BJ基因组3′端非编码区、外壳蛋白基因和NIb基因的资料,我们认为:WMV-Ⅱ可能是SMV的一个西瓜株系。实验中发现一些含NIb基因的重组克隆在3′端区域有大的序列变异,并讨论了这种变异的原因。在完成基因拚接、改造的基础上,构建了SMV-BJ NIb基因的高等植物表达载体。     

芜菁花叶病毒外壳蛋白基因的克隆及其植物表达载体的构建

从感病的萝卜叶片中得到芜菁花叶病毒(TuMV)的分离物,以oligo(dT)为引物,合成了其基因组RNA的互补DNA,并克隆到载体λ-ZAPⅡ中。通过单链cDNA探针杂交和DNA末端序列分析找出含有poly-A尾巴的阳性克隆。我们对一个含有1429个碱基插入片断的克隆进行了序列分析,根据芜菁花叶病毒外壳蛋白分子量的大小和马铃薯Y病毒组蛋白质加工位点氨基酸序列的保守性,确定了外壳蛋白基因的5′末端。利用PCR方法对其5′末端进行改造,加进起始密码ATG和两个限制性内切酶位点。通过基因重组操作,将该基因插入到双元载体pBI121的衍生物pBIN437中,得到芜菁花叶病毒外壳蛋白基因的植物表达载体。     

一株新黄瓜花叶病毒卫星RNA结构和生物学分析

从患香蕉花叶心腐病香蕉病叶分离的黄瓜花叶病毒中,发现一株新卫星RNA(定名为Ba-Sat)。以CMV卫星RNA两端保守序列为引物合成了Ba-Sat cDNA并将其克隆到载体pGEM7Zf(+)上。序列分析结果表明,Ba-Sat由390个核苷酸组成,其5′端、3′端各有一段序列与其它株系卫星RNA有很高的序列同源性,但其中间区域则无任何序列同源性。在此基础上,进一步分析了Ba-Sat的二级结构,并研究了Ba-Sat的生物学特征,实验结果证明Ba-Sat具有致弱卫星RNA的特性。     

淇河鲫生长激素(growth hormone)全长cDNA的克隆与序列分析

用RT-PCR法和3′、5′RACE(Rapid amplification of cDNAends)法从淇河鲫脑垂体RNA克隆出生长激素(Growth hormone,GH)cDNA.此cDNA全长1191 nt(含Poly(A)14 nt),其5′端非编码区长55 nt、阅读框(Open readingframe,OAF)长633 nt,3′端非编码区长503 nt.其推导的GH由210个氨基酸组成,其中氮端前22个氨基酸为信号肽部分.氨基酸序列比较表明:淇河鲫与同目的鲫鱼、鲤鱼、团头鲂和斑马鱼的同源性分别为98.6%,96.2%,91.5%和88.6%;与不同目鱼的胡子鲇和鳗鲡的同源性分别为74.6%和49.5%;与哺乳类的家鼠和人等的同源性低于40%.     

MDMV外壳蛋白基因的克隆及其在大肠杆菌中的表达

报道了玉米矮花叶病毒(MDMV)全长外壳蛋白cDNA基因的克隆、序列分析和表达产物鉴定的结果。根据其cDNA序列推测的外壳蛋白氨基酸顺序全长共有313个氨基酸,分子量总和为35 400 D,与聚丙烯酰胺凝胶电泳估算的值36 000 D相近,克隆的病毒外壳蛋白基因cDNA 3′-末端非编码区含有256个碱基。将此外壳蛋白的基因插入pUC19的1acZ基因中,转入E.coli后诱导表达,聚丙烯酰胺凝胶电泳分析呈现一特异性的蛋白带,经Western吸印与抗MDMV的兔血清呈阳性反应,证实所克隆的cDNA基因为MDMV外壳蛋白基因,并且能够正确表达。     

CLONING AND SEQUENCE ANALYSIS OF 3''''-END REGION OF POTATO VIRUS Y GENOME

The entire coat protein (CP) gene and part of the 3'-noncoding sequence of the potatovirus Y (PVY, the Chinese isolate) genome were synthesized with polymerase chain reaction(PCR) using cDNA of its genomic RNA as a template. A restriction endonuclease site Ncoland the initiation codon AUG were included in primer Y5 while the SalI site was includedin primer Y3. After being double digested with Ncol and SalI enzymes, the PCR product wascloned into a pGEM derivative plasmid, and the CP gene in one of the clones, pPCY6, wassequenced. Several clones were selected from the cDNA library by using the CP gene frag-ment of pPCY6 as a probe and the sequences of these clones were determined. These se-quences included part of the NIb gene, entire CP gene and 3'-noncoding region, 1317 bp alltogether.Sequence analysis indicated that the nucleotide sequence homology of the CP geneof this strain with that of the 0 strain (94.2%) was a little higher than with that of the Nstrain (89.6%), but the homology of amino acid se     

天花粉蛋白基因的克隆、序列测定及在大肠杆菌和烟草中的表达

本文利用DNA多聚酶链式反应(PCR)技术,从括楼基因组DNA中扩增并克隆了天花粉蛋白基因,核苷酸序列分析结果表明,我们克隆的是天花粉蛋白的成熟肽及N端23个氨基酸的信号的编码序列,与前人从基因组或cDNA中克隆的该基因的比较发现,其同源性为99.25％,并且证实与发表的蛋白质一级结构的序列有较大差异,将该基因克隆到大肠杆菌高效表达质粒pJLA_(502)的P_RP_L启动子下游,通过温度诱导,得到了表达产物,进一步将该基因克隆到植物中间载体pE_3的花椰菜花叶病毒35S启动子下游,应用根癌农杆菌Ti质粒介导的遗传转化系统,成功地将该基因导入了烟草基因组,获得了转基因植株,Western blotting分析结果证实,天花粉蛋白基因已在大肠杆菌和转基因烟草中表达。     

兔早期胚泡特异肽的cDNA克隆

从家兔受精后第6天(着床前)的早期胚泡构建cDNA文库,经阶段特异分子杂交筛选,克隆了仅在此时期表达的9种胚泡特异肽类的cDNA对其中一种丰度较高的cDNA克隆进行了研究,测出其编码区含有285碱基对,5'和3'侧翼区各有132和170碱基对.经DNA序列分析,推导出一种分泌性多肽的一级结构,由75个氨基酸组成.计算机分析显示它与迄今报道的所有基因和蛋白在结构上无任何同源性.     

启东鸭肝癌中人HBV突变体(pDKHBV)的DNA序列

本文首次报道对启东鸭肝癌中存在的人HBV样DNA~([3])(pDKHBV)的全序列分析。本工作建立了pDKHBV的M_(13)重组克隆及亚克隆,并应用末端终止法测定了它的全序列。结果表明,它长3218bp,与鸭乙型肝炎病毒无关,而同人乙型肝炎病毒(HBV)基因组有91％以上同源性(其中与adw_2亚型有99.0％同源性),存在与HBV一致的4个开放阅读框架,并在Pre-S_1基因下游59个核苷酸,以及C基因3′端分别有1个和2个核苷酸的缺失,造成Pre-S_1基因第58个密码子、C基因第158个密码子出现终止信号,以及P基因第21个密码子起发生移码突变。以上结果表明启东鸭肝癌中存在adw_2亚型HBV的非复制型突变体。由于启东鸭肝癌高发且与人肝癌高发有相关性,提示HBV作为人和鸭肝癌共同病因的可能性。     

冬小麦春化作用相关基因的cDNA分子克隆研究

以春化处理冬小麦幼苗cDNA为起始材料,通过与对照冬小麦幼苗mRNA进行减法杂交构建富集冬小麦低温诱导cDNA文库,以对照和脱春化幼苗cDNA及春化幼苗cDNA为探针,采用差异杂交技术筛选得到春化相关cDNA克隆,将插入片段用PCR方法扩增后亚克隆于pUC19载体的BamHⅠ和HindⅢ位点,用此插入cDNA作探针,与对照和春化组mRNA作Northern blotting分析表明为冬小麦春化作用相关基因的cDNA克隆,包含verc203序列的mRNA大约为2.6kb。     

大鼠小肠壁细胞葡萄糖转运蛋白一级结构及功能的研究

应用序列同源性cDNA作探针,从大鼠小肠壁细胞cDNA文库中筛选出了葡萄糖转运蛋白cDNA克隆。经双脱氧法测定该克隆的cDNA全序列为2466bp,翻译区1566bp,编码522个氨基酸。从氨基酸全序列分析得到12个疏水区段,每区段为21个氨基酸。此葡萄糖转运蛋白可能在细胞膜上跨膜12次,构成葡萄糖通道。     

甜菜黄脉坏死病毒RNA3和RNA4有生物活性体外转录产物及功能研究

甜菜黄脉坏死病毒RNA3和RNA4全长cDNA的合成是分别以Oligo-d(T)_(15)为引物合成第一链cDNA,cDNA的第二链的合成则分别应用RNA3和RNA4特异引物完成。全长双链cDNA分别克隆在pGEM3Zf(+)载体中,置于噬菌体Sp6启动子控制下。在体外以质粒DNA为模板应用“run off”系统及Sp6RNA Polymerase成功地合成了大量的具有高度生物活性的转录产物RNA3和RNA4。在两种转录反应系统中,以第一种方法即转录与加帽(capping)分步进行转录效率高,第二种方法(转录与加帽同时进行)转录效率较低,但转录产物侵染性更高。虽然在RNA3和RNA4转录产物的5′末端和3′末端分别含数目不同的非病毒核酸序列,但转录产物的活性并未受到显著的影响。应用这种具有高度生物活性的体外转录产物与该病毒Rg1分离物机械接种甜菜幼苗根毛,首次阐明了RNA3是导致甜菜丛根病的主要因素。     

中国人HCV基因组NS3区c33-c抗原基因cDNA克隆和在大肠杆菌中表达

本文通过逆转录(RT)-聚合酶链式反应(PCR)从一份来自山东省泰安市的丙型肝炎病毒(HCV)RNA打点杂交阳性的中国人血清中扩增并克隆到一段约850bp的HCV基因组NS3区c33-c抗原基因,测定该基因的全序列后发现,中国人HCV泰安分离株与HCV Ⅰ型株HCV-US和Ⅱ型株HCV-BK在该基因区段的核苷酸/氨基酸序列同源性分别为79.2％/91.3％和91.3％/93.9％。利用原核高效表达载体pBV220在大肠杆菌中有效地表达了非融合的c33-c重组蛋白,通过免疫筛选法及Western印迹法对约占菌体可溶性蛋白14％的表达产物进行了鉴定。采用Triton X-100和尿素处理表达产物后再进行离子交换层析,纯化得到可用于检测HCV血清抗体的c33-c抗原。利用该抗原与HCV核壳蛋白区的分支状合成肽一起组装成中国第二代免疫酶法(E1A)测定HCV抗体试剂盒,其检测特异性、灵敏度和精密性完全符合HCV诊断试剂的国家质控标准,已基本达到国际上第二代HCV E1A主流试剂的水平。     

痘苗病毒天坛株P7.5k启动子的克隆及其结构与功能的研究

本文利用DNA多聚酶链锁反应(PCR)技术克隆了天坛株痘苗病毒P7.5k启动子,核苷酸序列分析结果表明:天坛株7.5k启动子与WR株7.5k启动子比较,在其155bp中除存在3处点变异外,尚有一段7bp的自然缺失突变,其中4个碱基位于晚期转录起始位点,变异率高达6.45％。然而功能研究结果显示:天坛株和WR株P7.5k均为早晚期启动子,在哺乳动物细胞中两者的启动强度及功能时相均无明显差异。这表明:痘苗病毒基因存在多个转录起始位点是维持其遗传稳定性的一种自身保护机制。     

中国南瓜曲叶病毒:一个双生病毒新种

本文报道了中国南瓜曲叶病毒(SqLCV-C)外壳蛋白(CP)基因PCR、克隆和序列分析,在分子水平上证实中国南瓜曲叶病毒与美国南瓜曲叶病毒(SqLCV-E)不同,是一种新的粉虱传播的双生病毒,并与印度木薯花叶病毒(ICMV)有较近的亲缘关系。     

人原发性肝癌中的转甲状腺素蛋白(Transthyretin)基因

本文从人正常肝对原发性肝癌的递减式cDNA文库(Subtracting cDNA libra-ry)中筛选出pG8cDNA克隆.Northem杂交证明它在正常肝中高度转录,而在9例肝癌中转录严重受阻遏.9例肝癌DNA MspI酶切杂交信号提示,4例肝癌中该基因存在部分DNA片段的丢失.在另7对肝癌及癌旁组织样本中,有4例肝癌中该基因同样存在部分片段丢失.cDNA序列分析证明它与转甲状腺素蛋白(Transthyretin,TTR)基因的编码区全部同源.本文首次报道了在人肝癌中TTR基因转录严重受阻遏及在基因结构上可能存在丢失或缺陷,提示TTR基因可能是人肝癌中基因缺陷的一个标记或抗癌基因之一.     

中国海南省恶性疟原虫P190抗原变异的研究

本文应用双脱氧末端终止法测定了我国海南省恶性疟原虫FCC1/NH株P190抗原基因的部分DNA序列,共计2103个碱基对。与该基因现有资料比较,我们发现了该虫株P190基因的以下特征:(1)在核苷酸第2323至2340位间有18bp长的片段缺失,此缺失正位于该抗原一个重要T细胞表位和T-E-X三肽重复序列处。(2)该基因属MAD20变异型,但从3′端5013位起转变为K1型序列,表明在该处发生了基因内重组。(3)在N端三肽重复区为高度变异区,但该基因却与MAD20型序列呈现高度同源性。(4)除了缺失和5个碱基点突变外,其余序列符合双态性变异规则。本工作为P190疟疾疫苗的发展提供了可靠依据。     

半合成人肿瘤坏死因子cDNA的构建及其在大肠杆菌中的高表达

本文报道从人基因文库中分离淋巴毒素(LT)基因的同时,克隆了肿瘤坏死因子(TNF)基因,这两个基因相距1.2kb.TNF基因有4个外显子,第4外显子编码TNF成熟蛋白157个氨基酸中的140个.将第4外显子切出一部分,再人工合成编码其余氨基酸的DNA片段,两者连接构成重组的人TNF(rhTNF)cDNA,并克隆在大肠杆菌表达载体中成功地得到表达.5 l罐发酵得菌体约20g/l,以L929为靶细胞测定细胞毒活性为10~6-10~7单位/ml.高压液相色谱仪分离纯化rhTNF,冻干后得白色粉剂.测定了这种rhTNF的氨基端的10个氨基酸序列,证明与天然的人TNF完全相同.纯度约为95％.     

水稻组蛋白H3基因和1.5-二磷酸核酮糖羧化酶/加氧酶小亚基基因的克隆和结构分析

本文从水稻(Oryza sativa,IR26)细胞核中分离出的几个基因,测定了它们的DNA核苷酸序列,并从水稻IR26基因组文库中筛选和分离到一个14.8kb的DNA片段,其中含有一个H3基因和另一个类似H3的假基因。DNA序列分析的结果表明:水稻H3基因的编码顺序有405bp长,其5′和3′端的非编码区则含有几个与一般真核基因或组蛋白基因共同的调控序列。水稻H3基因的密码子有一显著特点,密码子的第三个核苷酸98％为G和C,通过Southern转移分析,表明水稻二倍体基因组中大约有50个左右H3基因,从同一个水稻基因文库中,我们还分离鉴定到了rbcS基因,它编码1,5-二磷酸核酮糖羧化酶/加氧酶(Rubisco)的小亚基,水稻rbcS基因的顺序含有一个内含子,其位置与小麦的相同,水稻和小麦rbcS基因所编码的转移肽,其最初18个氨基酸彼此是相同的。     

基于克隆测序技术的人类白细胞抗原基因高分辨率分型方法的建立

运用优化的扩增和克隆测序技术,建立了人类白细胞抗原( HLA-B)基因的高分辨率分型方法。针对HLA-B基因保守区序列设计引物进行等位基因扩增,基于质粒不相容原理将杂合型等位基因有效克隆入质粒DNA中,经细菌培养后进行Sanger测序,根据测序结果经ClustalX2软件分析和IMTG/HLA数据库的BLAST比对即可完成HLA-B基因的高分辨率分型。利用建立的方法对7例临床样本进行了HLA-B基因分型,并且与第三方直接碱基序列分析基因分型技术( PCR-SBT)进行比对,结果完全一致。本方法无需专业分型软件,准确度高,成本低;采用通用引物进行等位基因的扩增和测序,无需传统方法中繁琐的引物设计和过程优化,实现了HLA-B基因的高分辨率分型。