N-[2-(4-甲基)嘧啶基]-N′-2-硝基苯磺酰脲的合成、晶体结构、生物活性及其与酵母AHAS的分子对接

合成了磺酰脲化合物N-[2-(4-甲基)嘧啶基]-N′-2-硝基苯磺酰脲,用元素分析、红外、核磁共振氢谱对产物进行了表征,培养并测定了其晶体结构.晶体属三斜晶系,P1空间群,晶胞参数a=0.54159(1)nm,b=1.1533(3)nm,c=1.1857(4)nm,α=83.907(6)°,β=81.048(5)°,γ=77.637(4)°,V=0.7126(4)nm3,Dc=1.572g/cm3,Z=2,F(000)=348,R=0.0659,wR=0.1217.在晶体结构中,杂环上的一个N原子与脲桥上邻近的N原子上的H构成分子内氢键.测定了对酵母AHAS的离体抑制活性,其抑制常数Ki为(2.48±0.35)×10-7mol/L.用分子对接方法,将目标化合物晶体结构对接到靶酶酵母AHAS的活性位点,发现对接完毕目标化合物的构象与复合物晶体中的磺酰脲分子构象接近,并得到了合理的生物活性预测值.该研究为进一步理解磺酰脲类的分子结构、药物活性并设计新的分子提供了帮助和指导.     

应用分子图形学、分子力学、量子化学及静电势研究农药分子结构与性能关系（Ⅷ）──表面积及构象差异对磺酰脲分子活性影响的研究

重点考察了反映分子整体性质的表面积及构象差异等结构因素对活性的影响，以活性ＰＩ＿（５０）值落于７．５７５１～３．０７５２之间的２３个新合成的磺酰脲分子为研究对象，运用多元回归方法进行了研究，结果表明：反映分子表面积大小的ＡＲＥＡ值及反映分子构象差异的ｄ１、ｄ２、ｄ值明显地影响了此类磺酰脲农药分子的活性．     

应用分子图形学、分子力学、量子化学及静电势研究农药分子结构与性能关系(XI)──抗植物病毒病药物──胡椒醛肟醚基-4-喹唑啉的结构特征

测定了标题化合物的晶体结构,它是由2个相似结构的化合物分子组成.晶体属单斜晶系,空间群为P2₁,晶胞参数:a=0.8431(3)nm,b=0.7297(1)nm,c=2.1880(7)nm,β=100.90(3)°,V=1.322(1)nm₃,Z=2.应用分子力学程序MMX及逐步旋转单键法探讨了它的构型和其它可能的优势构象.还应用MNDO方法计算了电荷分布及CNDO/2方法计算了静电势.结果表明,在该化合物中存在3个明显的负电区域,此结构与活性密切相关.     

应用分子图形学、分子力学、量子化学及静电势研究农药分子结构与性能的关系（Ⅴ）──磺酰脲类分子中的化学键及电子结构

用半经验分子轨道方法ＭＮＤＯ及ＣＮＤＯ／２对农药分子结构进行计算，确认磺酰脲超高效除草剂分子中存在３个原子平面，分别形成离域π键，硫原子的空ｄ轨道参与了共轭体系的形成，静电势计算结果表明在分子两侧存在着２个明显的负电势区域，该结构与分子活性密切相关。     

常温下C60晶体中分子旋转势垒的研究

采用Ｌ－Ｊ加和势对晶体中Ｃ６０分子的旋转进行了研究，求得了对六种不同旋转轴的旋转势垒，由于常温下Ｃ６０晶体中分子在高速旋转，计算过程中除所研究的旋转分子实际处理外，其它分子对旋转分子的相互作用按原子均匀分布在Ｃ６０球面上处理。计算过程中除了考虑晶体中最近邻分子之间的相互作用外，对次近邻分子之间的相互作用本文也进行了考虑。次近邻分子之间的相互作用对旋转势垒影响很小。     

三唑烯醇手性识别的分子力学研究

近十几年来 ,解决不同类型手性化合物的分离是手性色谱发展的前沿领域 [1～ 3] ,对手性识别机理的研究也逐渐引起重视 [4 ,5] ,但由于缺乏手性固定相和手性化合物分子复合体的单晶数据 ,有关手性分离机理的通用定量解释方法很不完善 .采用分子模型设计和理论计算方法 ,研究 CSPs与手性化合物复合体的三维结构性质 ,不仅易于获得 CSPs与 R-体、S-体之间能量的差值 ,而且能直观地得出手性识别发生的位置、作用力的性质及其大小 ,这对于新型 CSPs的设计 ,药物动力学研究和药物分子设计具有十分重要的意义 .本文利用分子力学方法研究了手性…     

18－冠－6及其碱金属配合物构象和稳定性的分子力学研究

１８－冠－６及其碱金属配合物构象和稳定性的分子力学研究张士国,李红,杨频（滨州师范专科学校滨州２５６６０４）（山西大学分子所太原０３０００６）关键词分子力学,冠醚,配合物,构象１８－冠－６及其大部分配合物的晶体结构已被测定,但由于存在晶体堆积能而使分...     

O，O—二（β，β′—二叠氮异丙基）—α—对甲苯磺酰氨基—间硝基苄基磷酸酯的合成及晶体结构

首次合成了标题化合物C20H23N14O7PS，并通过元素分析、IR和^1H NMR对化合物进行了表征，用X射线单晶衍射法测定了该化合物的晶体结构。晶体中一个不对称单元内有四个结晶学上独立的分子，这四个分子的构型基本相同。每两个分子之间以一对N－－H…O氢键连接，生成一个非中心对称的二聚体，组成二聚体的两个分子侧链局部权象存在明显的差异。整个晶体则是由这些二聚体以van der Waals作用力堆积而成。     

酵母AHAS酶与磺酰脲类抑制剂作用模型的分子对接研究

基于酵母乙酰羟酸合成酶(AHAS)与磺酰脲类抑制剂复合物的晶体结构, 用分子对接方法对AHAS与5个磺酰脲类抑制剂相互作用的方式进行了系统的分子对接研究. 晶体复合物对接和假复合物对接两种模式对接的结果基本相同, 并与实验结果吻合. 在进一步的对接中逐级考虑了辅酶FAD和TPP的影响, 结果表明, 辅酶FAD和TPP的加入, 对AHAS酶与磺酰脲类抑制剂的结合顺序基本没有影响. 其中FAD的加入使AHAS与抑制剂的结合更加稳定, 这主要是由于抑制剂的R2取代基与FAD中的平面基团Flavin环间存在的范德华相互作用所致; 抑制剂与TPP间存在的静电相互作用可能是加速TPP降解的原因.     

新磺酰脲类化合物的合成、结构及构效关系研究(I)——N-(2''''-嘧啶基)-2-甲酸乙酯-苯磺酰脲的晶体及分子结构

本文在合成标题化合物的基础上,测定了其晶体结构.晶体属单斜晶系,空间群为P2_1/a.晶胞参数a=0.7348(2)nm,b=2.1496(4)nm,c=0.9973(2)nm,β=90.19(2)°,V=1.576nm~3,Z=4.晶体结构由直接法解出,进行全矩阵最小二乘法修正,R=0.059.分子中的嘧啶磺酰脲、苯环及酯基三部分分别形成3个独立的平面共轭体系.S-N原子间形成d-pπ键并参加到第一个共轭体系中.分子中还存在着N与H原子间的分子内氢键.     

单嘧磺隆除草剂的晶体构象-活性构象转换的密度泛函理论研究

应用密度泛函理论在B3LYP/6-31G(d)水平上对新型除草剂单嘧磺隆绕脲桥部分两个C—N键的内旋转势能面进行计算, 然后对势能面上的驻点进行构型优化和过渡态搜索, 得到单嘧磺隆4种稳定构象和构象转换过程所涉及的8个过渡态结构. 研究结果表明, 单嘧磺隆晶体构象-活性构象转换过程中涉及4种稳定构象和8条转换途径, 脲桥部分NH基团与嘧啶环上N原子所形成的分子内氢键对于构象的稳定性及转换过程起着十分重要的作用. 应用极化连续介质溶剂模型(PCM)在B3LYP/6-31＋＋G(d, p)水平下进行溶剂化效应计算, 结果表明单嘧磺隆从晶体构象转换成活性构象主要是在水相中进行的.     

氮、氮双中心三电子键的分子力学力参数研究

1，n－氮、氮双环烷烃（n＝4－6）第一电离能很低（＜7eV）[1]．动力学和光谱学研究表明，当电离（氧化）后形成的阳离子游离基（I）是中间体，且其中某些分子存在三电子σ键[2]．成键轨道σ（N，N）有两个电子，反键轨道有一个电子（如），这些中间体的寿命短则几毫秒、几秒，长到几小时甚至几个月，存在干晶体或对质子有惰性的溶剂中．有人［1，3］还推测出该三电子σ键键能约本文尝试用分子力学uuz方法对阳离子游离基（！）进行计算，采用nontoger方法问得到了一些力场参数、用这些力场参数，选择文献已作报导的1，5一氮、氮双环（3，3…     

O,O-二(β,β'-二叠氮异丙基)-α-对甲苯磺酰氨基-间硝基苄基磷酸酯的合成及晶体结构

首次合成了标题化合物C20H23N14O7PS,并通过元素分析、IR和1H NMR对化合物进行了表征,用X射线单晶衍射法测定了该化合物的晶体结构.晶体中一个不对称单元内有四个结晶学上独立的分子,这四个分子的构型基本相同.每两个分子之间以一对N-H…O氢键连接,生成一个非中心对称的二聚体,组成二聚体的两个分子侧链局部构象存在明显的差异.整个晶体则是由这些二聚体以vander Waals作用力堆积而成.     

O,O-二(β,β′-二叠氮异丙基)-α-对甲苯磺酰氨基-间硝基苄基磷酸酯的合成及晶体结构

首次合成了标题化合物C2 0 H2 3 N14 O7PS ,并通过元素分析、IR和1HNMR对化合物进行了表征 ,用X射线单晶衍射法测定了该化合物的晶体结构。晶体中一个不对称单元内有四个结晶学上独立的分子 ,这四个分子的构型基本相同。每两个分子之间以一对N—H…O氢键连接 ,生成一个非中心对称的二聚体 ,组成二聚体的两个分子侧链局部构象存在明显的差异。整个晶体则是由这些二聚体以vanderWaals作用力堆积而成。     

痂囊腔菌素A分子构型和分子内氢键的理论研究

用半经验量子化学AM1方法对天然苝醌化合物痂囊腔菌素A(EA)的分子构型和分子内氢键进行了研究;从EA可能的64种构型中选择16种进行了计算.结果表明,EA的X射线晶体结构对应的构型是II型左旋(A)a,a型(II-L-A-a,a);小的生成热差值可以使得异构体间的转换容易进行,有利于发生分子内质子传递.尽管采用AM1方法计算得到的EA各种构象的平面性有所差别,但都很接近晶体的平面性.此外,EA分子内氢键键能的平均值为22.9kJ/mol;II型的氢键键能比I型的大,(9,10)位的氢键键能比(3,4)位的大;EA的平面性是由苝醌环上的侧链取代所决定,而与分子内是否存在氢键无关.     

应用分子图形学,分子力学,量子化学及静电势研究农药分？…

测定了标题化合物的晶体结构，它是由２个相似结构的化合物分子组成，晶体属单斜晶系，空间群为Ｐ２１，晶胞参数：ａ＝０．８４３１（３）ｎｍ，ｂ＝０．７２９７（１）ｎｍ，ｃ＝２．１８８０（７）ｎｍ，β＝１００．９０（３）°），Ｖ＝１．３２２（１）ｎｍ＾３，Ｚ＝２，应用分子力学程序ＭＭＸ及逐步旋转单键法探讨了它的构型和共它可能的优势构象，还应用ＭＮＤＯ方法计算了电荷分布及ＣＮＤＯ／２方法计算了静电势，结果有     

苝醌类光敏剂构象的分子力学研究

用分子力学方法,计算了苝醌类光敏剂竹红菌甲素(HA),乙素(HB)等不同构象的生成热及酚羟基质子解离前后生成热的变化.发现:(1)1(1)HA,HB4种构象导构体的生成热相近,因而室温下即可相互转化;(2)2(2)HA,HB酚羟基质子解离能力有差别,HA强于HB.(3)3(3)HA,HB存在两个分子内氢键,键能均在8kJ/mol左右,而且Ⅰ型构象键能低于Ⅱ型构象,HA低于HB;(4)4(4)当酚羟基键从形成氢键位置扭转180°左右时存在一能量低点,提示这种构象也是可能存在的;(5)5(5)HBMC的酚羟基氢与相邻的氮原子之问也形成分子内氢键,这是HBMC仍有光敏活性的结构基础.     

新磺酰脲类化合物的合成、结构及构效关系研究(Ⅱ)——N-[2-(4-甲基)嘧啶基]-2-甲酸乙酯-苯磺酰脲的晶体及分子结构

本文报道了标题化合物的合成和晶体结构.该晶体由标题分子与溶剂分子CH_2Cl_2组成,属三斜晶系,空间群为。晶胞参数.晶体结构由直接法解出,进行全矩阵最小二乘法修正,R=0.067.标题分子中存在3个独立的平面共轭体系,还存在N、H原子间的分子内及分子间氢键.     

有机非线性光学晶体NPP的AFM研究

有机二阶非线性光学活性晶体的分子设计和晶体工程是复杂而又引人注目的课题．有机非线性光学晶体N一忡硝基苯基）－LWe脯氨醇（NPP）是一个极为成功的自］子山．由于在＊＊P分子中引入了含手性碳原子和可形成分子间氢键的电子给体脯氨醇，使得其分子跃迁偶极矩与单科P21晶体结构的二重轴之间的夹角为586”．接近于理论优化值（54．74”），因此，＊＊P具有很高的宏观二阶非线性光学活性，其粉末二次谐波强度为尿素的150倍．自1984年首次报导以来，对它的晶体生长门和物理性质已进行了广泛深入的研究．原子力显微镜（＊＊M）能够以极高…     

N-[2-(4-甲基)嘧啶基]-N′-2-硝基苯磺酰脲的合成、晶体结构、生物活性及其与酵母AHAS的分子对接

合成了磺酰脲化合物N-[2-(4-甲基)嘧啶基]-N′-2-硝基苯磺酰脲, 用元素分析、红外、核磁共振氢谱对产物进行了表征, 培养并测定了其晶体结构. 晶体属三斜晶系, 空间群, 晶胞参数a＝0.54159(1) nm, b＝1.1533(3) nm, c＝1.1857(4) nm, α＝83.907(6)°, β＝81.048(5)°, γ＝77.637(4)°, V＝0.7126(4) nm³, D_c＝1.572 g/cm³, Z＝2, F(000)＝348, R＝0.0659, wR＝0.1217. 在晶体结构中, 杂环上的一个N原子与脲桥上邻近的N原子上的H构成分子内氢键. 测定了对酵母AHAS的离体抑制活性, 其抑制常数K_i为(2.48±0.35)×10^－7 mol/L. 用分子对接方法, 将目标化合物晶体结构对接到靶酶酵母AHAS的活性位点, 发现对接完毕目标化合物的构象与复合物晶体中的磺酰脲分子构象接近, 并得到了合理的生物活性预测值. 该研究为进一步理解磺酰脲类的分子结构、药物活性并设计新的分子提供了帮助和指导.