固氮酶Fe-Mo辅基模拟物Fe-Mo-S原子簇成键轨道的波函数图形分析

本文利用自编波函数绘图程序JDPLOT绘制了固氮酶Fe-Mo辅基模拟物Fe-Mo-S原子簇中FeS₂Mo四元环的成键轨道的波函数等值图和立体电子密度轮廓图,分析了Fe-Mo间的成键轨道的性质,进一步证实了Fe-Mo之间存在着较强的金属--金属键。     

绿豆胰蛋白酶抑制剂Lys活力片段-牛胰蛋白酶复合物的晶体结构测定——分子置换法及3分辨率电子云密度图

本文以修正过的牛胰蛋白酶分子的坐标为模型,应用旋转函数法和平移函数法成功地求得了牛胰蛋白酶分子在绿豆胰蛋白酶抑制剂Lys活力片段(以下简称MBILF)-牛胰蛋白酶(以下简称BTRY)复合物晶体晶胞中的取向和位置。从正确放置于MBILF-BTRY复合物晶胞中的BTRY分子的坐标出发,用Sim权重方法算得的一套相角作为MBILF-BTRY复合物的相角,以2丨F_0|—丨F_(?)丨为系数所得到的3分辨率的电子密度图中,除了投入计算的BTRY分子本身的电子密度外,在BTRY的活性部位附近可以清晰地看到MBILF分子所对应的电子密度及其边界,抑制剂片段的线度约为15×15×25。     

块定域波函数方法及其应用

提出了块定域波函数方法以定量分析分子内的电子定域现象或分子间的电荷传递效应。对于一个假想的严格定域的分子,我们通过将全部的电子和基轨道配分成几个子空间来构造其相应的波函数。其中每一个分子轨道只对某一个子空间展开,各子空间内的分子轨道相互正交,但不同子空间内的分子轨道间是非正交的。Hartree-Fock波函数和块定域波函数之间的能量之差即为分子内的电子定域能或分子间的电荷传递能。我们应用块定域波函数方法讨论了丁二烯分子中的旋转势垒。     

分子轨道图形理论的新进展

1977年,本刊发表了分子轨道图形理论一文,用切割图的边及除去图片断的观点,统一地讨论简单分子轨道理论(HMO)中能级与波函数的计算。十多年来,化学图论迅速发展,不局限于HMO传统模式,从微观上讨论分子行     

密度泛函活性理论中的Rényi熵, Tsallis熵和Onicescu信息能

根据密度泛函理论,分子的电子密度确定了该体系基态下的所有性质,其中包括结构和反应活性.如何运用电子密度泛函有效地预测分子反应活性仍然是一个有待解决的难题.密度泛函活性理论(DFRT)倾力打造这样一个理论和概念架构,使得运用电子密度以及相关变量准确地预测分子的反应特性成为可能.信息理论方法的香农熵和费舍尔信息就是这样的密度泛函,研究表明,它们均可作为反应活性的有效描述符.本文将在DFRT框架中介绍和引进三个密切相关的描述符, Rényi熵、Tsallis熵和Onicescu信息能.我们准确地计算了它们在一些中性原子和分子中的数值并讨论了它们随电子数量和电子总能量的变化规律.此外,以第二阶Onicescu信息能为例,在分子和分子中的原子两个层面上,系统地考察了其随乙烷二面角旋转的变化模式.这些新慨念的引入将为我们深入洞察和预测分子的结构和反应活性提供额外的描述工具.     

乙硼烷分子的结构与化学键讨论

用量子化学方法研究了B2H6分子结构与化学键。绘制了B2H6分子的分子图及电子密度梯度径图。计算了分子的立体构型,键鞍点处的电荷密度,Lap lac ian量及椭圆度。形象直观地说明了B2H6分子中B—H键的性质。     

单环多烯烃的离域π分子轨道波函数表达式不是唯一的

探讨了单环多烯烃(CnHn)的π分子轨道(πMO)波函数ψi表达式与分子对称性的相互关系,用HMO法处理单环多烯烃,其离域πMO由于有简并能级出现,相应的波函数ψi的组合系数(Ci)不是惟一的,Ci值的取得与分子的对称面选择密切相关,使得同一分子体系会有不同的波函数表达式出现。     

核自旋偶合常数的计算 Ⅴ.取代苯偶合常数的计算

我们曾研究烃类分子以及1,2-双取代乙烯分子偶合常数的计算.本文提出取代苯偶合常数的计算方法. 苯分子中的氢原子被某些基团取代后,分子中碳原子间的电子密度将发生变化,当然,分子的几何构型和整个分子的电子结构也会发生变化.如果我们只考虑取代基对碳原子间电子密度的影响,据前文的公式,可以得到取代苯偶合常数的计算公式:     

轨道去除方法及其应用

介绍了能对正碳离子及硼烷化合物中的电子离域现象作定量研究和分析的轨道去除方法 .一般的分子轨道方法能得到电子离域体系的波函数 ,而轨道去除方法则能得到电子离域效应被湮灭之后的假想定域体系的波函数 .通过对两者的对比分析 ,可定量而又清晰地了解分子内的电子离域是如何影响分子结构、能量及其他分子性质的 .具体讨论了正碳离子中烷基的超共轭现象和三卤化硼的Lewis酸性 .结果表明 ,轨道去除方法可非常有效地解释一些传统的化学问题     

第2周期双原子分子及其离子共价键结构比较

绘制了C2，N2，O2，CN，CO，NO及其阳离子、阴离子的电子密度图，计算了各键鞍点处的电子密度，形象直观地说明了第2周期双原子分子及其对应的阳离子、阴离子的共价键结构。     

化学反应势能面理论研究及其新发展(Ⅱ)

五、用分子轨道法,逐点优化求位能面1.自洽场分子轨道法大意对闭壳层分子(电子均成对地排在占据的 M.O.上),多电子(2n 个电子)分子的波函数可用单行列式表示:     

应用分子形貌理论研究类SN2反应

应用分子形貌理论, 研究了类SN2反应过程中的沿着IRC路径上固定点的分子形貌的特征, 计算给出了形状和电子密度特征参数以及各键的Dpb值. 应用Matlab程序绘制了分子特征边界轮廓上的电子密度分布的三维图像, 即分子形貌像, 给出了这类反应的动态变化过程.     

通过价层电子密度分析展现分子电子结构（英文）

迄今已有众多实空间函数被提出用来揭示化学上感兴趣的分子电子结构特征,例如化学键、孤对电子和多中心电子共轭。在这些分析方法中,电子定域化函数(ELF)、电子密度的拉普拉斯(▽~2p)和变形密度(rdef)被广泛用于实际研究。众所周知,分析分子的总电子密度无法像以上提及的方法那样展现出与分子电子结构有关的丰富的信息。但是,在本文中,通过数个实例以及通过与ELF、▽~2p和rdef的对比,我们指出若只关注价层电子密度分布,分子电子结构特征也是可能被探究的。我们发现对大多数情况,对非常简单的价层电子密度的分析也可以给出与ELF、▽~2p和rdef分析类似的信息,并且这种分析具有计算复杂度更低的额外优点。我们希望本文的工作可以使得化学家们关注长期被忽视的价层电子密度所具有的重要价值。也值得注意的是,价层电子密度分析并非完全没有缺点,当这种方法无法提供丰富信息的时候,研究者仍需借助于其它类型的分析手段。     

共轭体系及其特性

一、引言人們早就注意到,具有共軛体系的分子常常表現出一系列不同于其他化合物的特性。对于这些分子的結构及其性质的研究,在理論上和实用上都具有非常重要的意义。大家知道,分子的性质依赖于它的化学結构;从电子观点来說,分子的化学結构是与它的电子密度分布情况相适应的。在共軛体系中,由于存在着特殊的原子间的相互影响,使分子中电子密度的分布发生了一定程度的变化。变化的情况由共軛体系的化学結构所决定。在共軛体系中所发生的电子密度分布的改变,与一般的誘导效应有着本貭上的区別,通常称为共軛效应。     

过渡金属化合物的CNDO计算VI: NiCp2和Ni2Cp3^+的电子结构

用CNDO法计算了单核金属茂络合物NiCp2和双核金属茂络合物Ni2Cp3^+的电子结构,根据波函数和电子密度等值图的组成分析讨论了二个化合物的成键,在Ni2CP3^+和NiCP2之间进行了比较,指出了它们的化学键特征.     

密度泛函理论下的分子电负性——Ⅵ.原子键电负性均衡模型

以密度泛函理论和电负性均衡原理为基础 ,将体系的单电子密度分割为原子的单电子密度和键的单电子密度 ,得到了分子总能量、分子中原子以及键的有效电负性的表达式 .基于这些表达式 ,提出了直接计算体系的总能量和体系中电荷分布的新方法 .此模型比其他电负性均衡方法更合理 .对大量分子的总能量和电荷分布所进行的计算结果表明所提出的原子 键电负性均衡模型是可行的 ,可以应用于确定各类生物和有机大分子的总能量和电荷分布 ,给出较EEM和MEEM模型更近于从头计算的结果     

F-+CH3Cl→CH3F+Cl-反应过程中的分子形貌变化

双分子亲核(SN2)反应是重要的基本有机反应之一,其中电子从亲核基团向离去基团的转移发挥着关键作用.利用从头计算方法CCSD(T)/aug-cc-pVDZ和我们发展的分子形貌理论,对反应F-+CH3Cl→CH3F+Cl-进行了研究,给出了反应过程中分子形状和电子转移的动态变化图像.结果表明,沿内禀反应坐标,从反应开始到生成反应前复合物,亲核试剂F-的分子内禀特征轮廓在缓慢收缩,而其上的电子密度在缓慢增大.此后,F的轮廓迅速膨胀,电子密度急剧下降,尤其是从过渡态到产物复合物的过程中.而在反应过程中,离去基团Cl的轮廓一直在收缩,其上的电子密度一直在增大.对反应过程中电子所受到作用势的研究表明,随着反应的进行,电子在F与C间受到的作用势逐渐降低,而在C与Cl间受到的作用势逐渐升高,清楚地展现反应过程中F与C间化学键生成和C与Cl间化学键断裂的动态过程.     

cAMP和cGMP与蛋白激酶相互作用的量子生物学研究(Ⅰ)——cAMP及cGMP分子中糖—磷酸环部分的电荷分布

以CNDO/2法计算了cAMP和cGMP分子中糖一环磷酸部分的电荷分布.结果表明与磷原子相连的两个环外氧原子具有很高的电子密度,而且轴向氧的稍大于平伏氧的.因此,很可能是两个环外氧原子而不是一个环外氧原子为蛋白激酶调解亚基束缚部位识别。以-CH_2取代O5′,可引起环外两个氧原子电子密度的增加,但仍然保持轴向氧的电子密度稍高于平伏氧电子密度的特点。     

天花粉蛋白2.6分辨率的晶体学修正

本文报道了用溶剂过滤法改善电子密度图,依据Collins提出的一级结构,重新建立天花粉蛋白分子模型。使用2.6分辨率衍射强度数据和约束参数最小二乘法,对处于晶体学不对称单元中两个天花粉蛋白分子(共3828个非氢原子)进行晶体学修正。修正结果,偏离因子R=0.223,键长根均方误差r.m.s=0.023,新的分子模型和以2F_0-F_o为系数的电子密度图符合甚好。     

对成键时电子几率密度分布的改变的讨论

对N电子波函数Ψ, ρ(q)=N∫|Ψ|~2dσ_1dν_2dσ_2…dν_Ndσ_N表示在q处发现一个任意自旋(σ_i是自旋变量)的电子的几率密度,称为电子几率密度(电子密度、电荷密