(α/β)_8桶状蛋白质中紧密接触对的统计性质研究

在计算蛋白质分子中的氨基酸紧密接触对时采用以氨基酸的重心代替Cα 原子的新方法 ,通过计算(α/β) 8桶状蛋白质中的中程和远程紧密接触对的数目 ,研究了不同氨基酸在形成紧密接触对时所具有的不同能力以及在蛋白质结构稳定性中所起的不同作用 .发现在 (α β) 8桶状蛋白质中氨基酸形成的远程紧密接触对数目与它的Fauchere Pliska疏水性实验数值 (FPH)存在着非常好的线性关系 ,而对于氨基酸所形成的中程紧密接触对数目不存在这种关系 .同时还研究了 (α β) 8桶状蛋白质分子大小 ,发现其回转半径大小与表示远程接触对数目的远程次序值LRO存在着关系 .表明这一类 (α β) 8桶状蛋白质具有相似的结构 ,分子的远程接触对数目越多 ,分子越紧密 ,分子尺寸就越小 .同时还研究了不同氨基酸之间形成紧密接触对的能力 .     

(α/β)8桶状蛋白质中紧密接触对的统计性质研究

在计算蛋白质分子中的氨基酸紧密接触对时采用以氨基酸的重心代替C^α原子的新方法，通过计算（α/β）8桶状蛋白质中的中程和远程紧密接触对的数目，研究了不同氨基酸在形成紧密接触对时所具有的不同能力以及在蛋白质结构稳定性中所起的不同作用．发现在（α/β）8桶状蛋白质中氨基酸形成的远程紧密接触对数目与它的Fauchere—Pliska疏水性实验数值(FPH)存在着非常好的线性关系，而对于氨基酸所形成的中程紧密接触对数目不存在这种关系．同时还研究了（α/β）8桶状蛋白质分子大小，发现其回转半径大小与表示远程接触对数目的远程次序值LRO存在着关系．表明这一类（α/β）8桶状蛋白质具有相似的结构，分子的远程接触对数目越多，分子越紧密，分子尺寸就越小．同时还研究了不同氨基酸之间形成紧密接触对的能力．     

类蛋白质分子形成紧密接触对的速率研究

采用Kolinski等建立的类蛋白质分子的格点模型,通过计算类蛋白质分子的末端距分布函数P(r)来研究类蛋白质分子形成紧密接触对的速率k .发现不同的氨基酸序列,其分布函数P(r)不同.对于序列(H) x和(P) x,分布函数P(r)有二个峰值;而对于序列(HP) x,分布函数P(r)只有一个峰值.对于类蛋白质分子形成紧密接触对的速率k ,当链长N <11,随着N的增加而增加;当N >11,形成紧密接触对的速率k随着N的增加而减少,这个趋势与实验结果一致,并存在关系k～N-α(N >11) ,系数α与氨基酸序列有关.这些研究能够帮助我们加深对蛋白质结构形成的了解.     

蛋白质分子的HNP格点模型

从 6 0种球形蛋白质的结构出发 ,采用Miyazawa Jernigan相互作用矩阵 ,计算了蛋白质分子中氨基酸之间的相互作用能 .发现构成蛋白质分子的 2 0种氨基酸可分成疏水 (Hydrophobic ,H)、中性 (Neutral,N)、亲水(Hydrophilic ,P)基团 .在计算它们之间相互作用能的基础上 ,建立了蛋白质分子的HNP格点模型 .用这个模型计算了二维蛋白质分子在自然态 (Nativestate)时的构象性质 .同时研究了氨基酸序列为HHNHNPNHPP HPNPPHPHPPHHPHNH的折叠过程 ,得到其基态能量为 - 6 4 89RT .这能为研究球形蛋白质的构象性质及折叠过程提供一种更合理的格点模型     

二维紧密蛋白质链折叠序列的特性研究

采用完全计数法,研究了二维紧密蛋白质链在不同HP序列时的构象性质,特别是具有唯一基态能量的折叠序列的性质.对于具有N个单体的紧密蛋白质链,发现有一定比例的序列为折叠序列.在这些折叠序列中,疏水基团(H)的数目比亲水基团(P)多20%,并同200种真实蛋白质分子的疏水基团和亲水基团的结果进行了比较.对于不同的折叠序列,根据序列中其疏水基团的数目,把具有相同疏水基团数目的序列归在同一类,发现这样的序列在总的序列中的相对含量满足高斯分布.同时还对序列中H(或者P)团族大小及其分别进行了研究,发现折叠序列与无规随机序列不同.还研究了不同折叠序列在不同链长时的比热情况,发现其相转变温度TC主要与链长有关,与折叠序列无关.     

二维HP格点模型中的紧密高分子链构象及其热力学性质的研究

采用二维HP模型用精确计数法和MonteCarlo方法研究了链长为N(≤ 2 2 )的紧密高分子链的构象和热力学性质 .发现不同HP序列的紧密高分子链的平均自由能和平均配分函数与链长N存在关系 :〈F〉=aN+b ,　ln〈Z〉=a′N +b′ .同时发现对于可折叠成基态且简并度为 1的紧密高分子链 ,其平均自由能和平均配分函数与链长N也存在相似的关系 .在HP模型中对于链长为N的紧密高分子链 ,存在着 2 N + 1 个不同的HP序列 .我们发现可以折叠成基态且简并度为 1的蛋白质分子的HP序列数目NS 为NS =a× 2 N+ 1 　 (a =0 0 2 5 ) ,对应的HP序列中 ,疏水基团 (H)数目的含量为 4 0 %～ 6 0 %的序列出现的几率最大 .同时在这些紧密高分子链中有些具有相同的结构 ,发现结构的‘简并度’为 3 3～ 4 0 (10≤N≤ 16 ) .在紧密高分子链折叠过程中 ,折叠的初期能量下降比较快 ,折叠的中期能量下降比较缓慢 ,折叠的后期能量下降也是比较快     

N_2H_4-CH_3OH氢键团簇体系的从头计算

用从头计算法研究了 (N2 H4-CH3OH)氢键团簇体系。分别在HF/6 31G 和HF/6 31G 水平上对它们的中性和离子团簇进行几何全优化 ,得到了 3种中性混合团簇稳定构型和离子混合团簇稳定构型 ,并对其能量和稳定性进行了比较。讨论了 3种不同构型离子团簇可能的解离通道。给出了质子化混合团簇的稳定构型 ,并对其可能的解离通道进行了讨论。文中最后计算出N2 H4,CH3OH ,(N2 H4-CH3OH)团簇的质子亲和能 (PA) ,分别为 :2 0 6.7kcal/mol,1 78.3kcal/mol,2 2 7.5kcal/mol,其中质子亲和能PAcalc[N2 H4]与实验值PAexp[N2 H4]=2 0 4 .8kcal/mol符合得很好。     

环糊精与烷基钴配合物分子识别作用的DFT研究

用密度泛函理论(DFT)的B3LYP方法对Costa型烷基钴配合物[n-C6H13Co(C11H19N4O2)·H2O]+(A)和烷基钴肟配合物n-C6H13Co(C8H14N4O4)·H2O(B)进行计算研究,探讨了环糊精对它们的分子识别作用与其电荷分布之间的关系.结果表明,由于A和B的轴向烷基都是中性的,而且它们的烷基均插入环糊精腔内,而使A或B与环糊精形成包结物,因此,在环糊精边上修饰负离子不能加强其对+1价的Costa型配合物的识别作用,平面配体的类型及电荷对分子识别影响也不大.     

Pd(Ⅱ)与色氨酸、酪氨酸及苯丙氨酸相互作用的荧光光谱

当Pd(Ⅱ)与色氨酸(Trp)、酪氨酸(Tyr)及苯丙氨酸(Phe)等芳香族氨基酸相互作用时,能观察到3种氨基酸的荧光均发生猝灭. 从吸收光谱的变化,温度对猝灭作用的影响以及猝灭常数Ksv,可以判定荧光猝灭作用是由于Pd(Ⅱ)与上述氨基酸形成基态配合物而导致的静态猝灭过程. 并认为在一定浓度的Cl-存在下,Pd(Ⅱ)与氨基酸分别以N, N配位和N, O配位形成以下混配型三元配合物Pd(HR)Cl2 (Trp和Phe体系)和Pd(H2R)Cl2(Tyr体系),并推测了配合物相应的结构. 该荧光猝灭体系不仅可用于研究钯(Ⅱ)与上述芳香族氨基酸的相互作用,也可成为以氨基酸(特别是Trp)作探针高灵敏荧光猝灭法测定钯的基础.     

4-芳叉-2-(4-甲基-1,2,3-噻二唑-5-基)-5(4H)-噁唑酮的合成

5(4H)-噁唑酮是非常重要的有机合成中间体,可以用于合成不同的含氮杂环[1]和不同的α-氨基酸,如脂环α-氨基酸、不对称和非对称的α-氨基酸与肽类等,它们都具有广泛的生物活性[2],近年来受到人们的日益重视.此外,5(4H)-噁唑酮也具有很好的生物活性[3],如2-乙氧甲叉-2-苯基-5(4H)-噁唑酮具有很强的T细胞响应,并在抗体识别分析中用作半抗原.     

一种光响应性热敏聚合物的合成及性能表征

合成了偶氮单体 2 [4 (4′ 乙氧基苯基偶氮 )苯氧基 ]乙基丙烯酸酯 (EAPEA) ,利用核磁共振、傅立叶红外和元素分析法对其分子结构进行了表征 .利用该单体与异丙基丙烯酰胺共聚得到一种对温度和光敏感的共聚物 .共聚物中少量的EAPEA单元能够显著降低聚异丙基丙烯酰胺 (PNIPA)的相转变温度 .当EAPEA的摩尔含量为 2 94%时 ,相转变温度从PNIPA均聚物的 31 8℃下降为 2 2 0℃ .在波长为 36 5nm的紫外光照射下 ,共聚物中的偶氮基团能够从反式构型转变为顺式构型 .在紫外光下照 30s后 ,EAPEA摩尔含量为 0 98%的聚 {异丙基丙烯酰胺 共 2 [4 (4′ 乙氧基苯基偶氮 )苯氧基 ]乙基丙烯酸酯 }的相转变温度从 2 7 2℃上升到2 9 3℃     

THE DISTRIBUTION FUNCTION OF RESIDUE-RESIDUE CONTACTS IN PROTEIN MOLECULES

In protein molecules each residue has a different ability to form contacts.In this paper,we calculated the number of contacts per residue and investigated the distribution of residue-residue contacts from 495 globular protein molecules using Contacts of Structural Units(CSU)software.It was found that the probability P(n)of amino acid residues having n pairs of contacts in all contacts fits Gaussian distribution very well.The distribution function of residue-residue contacts can be expressed as:P(n)=P_0+aexp[-b(n-n_c)~2].In our calculation,P_0=-0.06,α=11.4,b=-0.04 and n_c=9.0.According to distribution function,we found that those hydrophobic(H)residues including Leu,Val,Ile,Met,Phe,Tyr,Cys,and Trp residues have large values of the most probable number of contact n_c,and hydrophilic(P)residues including Ala,Gly,Thr, His,Glu,Gln,Asp,Asn,Lys,Ser,Arg,and Pro residues have the small ones.We also compare with Fauchere-Pliska hydrophobicity scale(FPH)and the most probable number of contact n_c for 20 amino acid residues,and find that there exists a linear relationship between Fauchere-Pliska hydrophobicity scale(FPH)and the most probable number of contact n_c, and it is expressed as:n_c=a+b×FPH,here α=8.87,and b=1.15.It is important to further explain protein folding and its stability from residue-residue contacts.     

STATISTICAL PROPERTIES OF LONG-RANGE CONTACTS IN GLOBULAR PROTEINS

The analysis of residue-residue contacts in protein structures can shed some light on our understanding of the folding and stability of proteins. In this paper, we study the statistical properties of long-range and short-range residue-residue contacts of 91 globular proteins using CSU software and analyze the importance of long-range contacts in globular protein structure. There are many short-range and long-range contacts in globular proteins, and it is found that the average number of long-range contacts per residue is 5.63 and the percentage of residue-residue contacts which are involved in long-range ones is 59.4%. In more detail, the distribution of long-range contacts in different residue intervals is investigated and it is found that the residues occurring in the interval range of 4-10 residues apart in the sequence contribute more long-range contacts to the stability of globular protein. The number of long-range contacts per residue, which is a measure of ability toform residue-residue contacts, is also calculated for 20 different amino acid residues. It is shown that hydrophobic residues (including Leu, Val, Ile, Met, Phe, Tyr, Cys and Trp) having a large number of long-range contacts easily form long-range contacts, while the hydrophilic amino acids (including Ala, Gly, Thr, His, Glu, Gln, Asp, Asn, Lys, Ser, Arg, and Pro) form long-range contacts with more difficulty. The relationship between the Fauchere-Pliska hydrophobicity scale (FPH) and the number of short-range and long-range contacts per residue for 20 amino acid residues is also studied. An approximately linear relationship between the Fauchere-Pliska hydrophobicity scale (FPH) and the number of long-range contacts per residue CL is found and can be expressed as     

二维蛋白质模型分子在折叠过程中的构象研究

蛋白质在折叠过程中其构象要发生明显变化 .采用精确计数法 ,计算了在蛋白质折叠的不同阶段其尺寸大小及其分布情况 .发现在折叠的初期 ,分子的尺寸比较大 ,其分布也比较宽 .在折叠的后期 ,分子的尺寸比较小 ,其分布比较窄 .不同的氨基酸序列 ,其分子尺寸的分布也不同 .对于可折叠的氨基酸序列 ,在平均尺寸大小附近出现的几率特别大 .同时还计算了比值SN DN.这里SN 为可设计序列数目 (Thenumberofdesigningsequences) ,DN 为可设计构象数目 (Thenumberofdesignableconformations) ,并有关系- 1 6 8 4 +0 32 5 5N≤SN DN ≤- 0 86 6 4 +0 312 5N　 (N ≥ 13)通过这些研究以提高对折叠过程的认识     

三乙四胺六乙酸钆单核配合物的合成及晶体结构

在水溶液中合成了三乙四胺六乙酸(H₆ttha)钆单核配合物(NH₄)₂[Gd(Httha)]·6H₂O,获得了单晶,并测定了其结构.晶体属单斜晶系,P2₁/c空间群.晶胞参数a=1.0400(4)nm,b=1.2761(4)nm,c=2.3132(4)nm,β=90.89(3)°,V=3.070(2)nm³,Z=4,D_c=1.709g/cm³.R₁=0.0394,F(000)=1612.配合物是单核分子,每个钆离子与来自同一个三乙四胺六乙酸的4个氮原子和5个羧基氧原子配位,配位数为9,形成单帽四方反棱柱型配位多面体.     

甲壳素类液晶高分子的研究Ⅱ-侧基长度和取代度对羧酰化壳聚糖的液晶性的影响

五种羧酰化壳聚糖即乙酰化、丙酰化、丁酰化、己酰化和庚酰化壳聚糖在二氯乙酸溶液中均呈现胆甾型溶致液晶相．临界浓度随侧基长度的增加而增加,但取代度（ 从０－２１ 变化到０－９４） 对临界浓度没有影响．在两相共存浓度区内,均呈现典型的滴状织构．从两相共存到完全液晶相的转变浓度也随侧基长度的增加而增加．     

完全脱乙酰化壳聚糖与Zn(Ⅱ)的配位作用

在均相反应条件下 ,完全脱乙酰化的壳聚糖与ZnSO4 进行配位反应 .用元素分析、IR、固体13 C NMR、UV vis、TGA和X 衍射等表征方法研究了Zn(Ⅱ )与壳聚糖所形成配位聚合物的组成和结构 .在pH =7时 ,一个Zn(Ⅱ )与二个壳聚糖重复单元中的氨基和仲羟基进行了配位     

超细SiO2负载型水溶性铑膦配合物催化剂研究

用超细SiO2负载水溶性铑膦配合物,并研究其对1-已烯氢甲酰化的催化性能。结果表明,粒径为10-20nm的超细SiO2负载水溶性铑膦配合物所表现的催化活性比颗粒SiO2负载型催化剂高3倍多,且可在较宽的含水量范围内保持高反应活性。当膦铑摩尔比为50,超细SiO2负载型催化剂含水量为25%-55%（质量分数）、烯铑摩尔比为2500、反应温度373K和CO/H2（1/1,体积比）压力4.0MPa的反应条件下,其1-已烯氢甲酰化的反应转化数为450h^-1,产物醛的选择性为100%,醛的n/i比值达3.2。     

微乳液聚合制备聚 N-异丙基丙烯酰胺温敏超细微粒

通过微乳液聚合制备了未交联及交联的聚N 异丙基丙烯酰胺 (L PNIPAM及CL PNIPAM)超细微粒 .CL PNIPAM的聚合动力学方程为 :Rp=k[M]1 1 6 [E]- 1 2 0 [I]0 5 3.测得其平均微粒粒径约 10 0nm .用SEM ,迎头色谱法测得交联的CL PNIPAM超细微粒的内比表面积为 49 0 48m2 g ,孔径大小为 1～ 10nm .气体吸附量为1784 8cm3 g .用浊度法及目视法研究了其在水介质中的温敏特性 ,测得其相变温度为 31 5℃     

Kristall- und Molekülstruktr von N,N′, N″- Trimethyl-N″- methylcarbamoylguanidiniumchlorid

N, N′, N″- Trimethyl-N″-Methyl-Carbamoylguanidinium Chloride The title compound is formed in small amounts by the chlorination of N, N′-dimethylurea with phosgene as a consecutive product, which crystallizes in the triclinic space group P1 with two formula units per cell. The cross-linkage of these two molecules with relative short N? H…?Cl…?H? N- bridges forming large, 16- membered ring systems is remarkable. The structure was refined to an R-value of 0.03.