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胰岛素样生长因子(insulin-like growth factor,IGF),主要由IGF1和IGF2、胰岛素样生长因子受体(IGF receptor,IGFR)I型和II型,以及胰岛素样生长因子结合蛋白(IGF binding protein,IGFBP)家族组成.实验中发现IGFBP可以抑制IGF2促肿瘤生长的活性,但二者之间的结合位点并不清晰.计算化学可以对蛋白质的结合亲和力进行预测,在药物设计领域中具有非常重要的作用.因此使用分子动力学(molecular dynamics,MD)模拟对IGFBP6与IGF2之间的结合位点进行了扫描式搜索,通过对RMSD(Root Mean-Square Displacement)、相互作用能、有效吸附残基、接触面积等分析,发现IGF2与IGFBP6的结合位点主要集中于C端结构域,其中Arg、Gln、His、Asp、Glu、Asn等极性残基贡献最多,它们主要通过静电相互作用来促进IGFBP6-IGF2复合体系之间的结合.这些结果不仅有助于构建IGFBP6与IGF2二者相互作用的网络图谱,还可以用于推测IGF家族中蛋白质的未知功能,对了解生命活动的本质具有重要意义. 相似文献
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本文报道了离子簇合物HeN2+的电子光谱的从头算结果。在MCSCF/6-31G(d,p)水平上,对其基态进行了几何优化,用该构型.在SDC1/6-31(d,p)水平上计算了基态的总能量。用SDCI方法计算得到HeN2+从基态到选择激发态的垂直跃迁能、振子强度、跃迁频率、辐射寿命以及Einstain系数。该结果可以较好的验证maier的实验。 相似文献
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用量子化学从头算方法 ,在RHF/STO - 3G水平上 ,对 2_三氰基乙烯基蒽 (2_TCVA)分子进行了理论计算 ,优化得到了它的平衡几何构型 ,并计算了它的谐振动频率 .结果表明 :2_TCVA存在两种旋转异构体 :2_TCVA(1)和 2_TCVA(2 ) ,2_TCVA(2 )的总能量比 2_TCVA(1)的略高 .在PM3/CIS水平上计算了它们的电子光谱 ,得到了由基态到各激发态的垂直跃迁能和相应的振子强度 .研究表明 :2_TCVA(1)和 2_TCVA(2 )的强度最大的吸收波长分别为 2 4 9.72nm和 2 89.4 1nm ,2_TCVA(2 )的强度最大的吸收波长比 2_TCVA(1)的要长 .计算结果与实验结果符合得较好 相似文献
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用密度泛函方法(DFT)和全活化空间自洽场方法(CASSCF)以及耦合簇理论(CCSD)优化了反式和顺式HOOOH的平衡几何构型, 用DFT计算了HOOOH顺反异构化反应的势能曲线和谐振动频率. 用含时密度泛函理论(TD-DFT)和二阶全活化空间微扰理论(CASPT2)计算了反式和顺式HOOOH垂直激发能. 计算结果表明: (1)反式异构体比顺式异构体稳定; (2)两种稳定构型的异构化反应有两种路径; (3)对于垂直跃迁能最低的单态和叁态, 反式的垂直跃迁能比顺式的低; (4)在单激发态中, CASPT2方法预测的顺式HOOOH寿命最长的激发态为21A′′, 其跃迁能是167.43 nm, 寿命为 1.44×10−5 s; 反式HOOOH寿命最长的激发态为21A, 其跃迁能是165.52 nm, 寿命为 2.07×10−5 s. 相似文献
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线性BC2nB (n=1~12)的结构特征和电子光谱的理论研究 总被引:2,自引:0,他引:2
应用密度泛函理论, 在B3LYP/6-31G*水平上优化得到了线性簇合物BC2nB (n=1~12, D(h)的平衡几何构型, 并计算了它们的谐振动频率. 在优化平衡几何构型下, 通过TD-B3LYP/cc-pvDZ和TD-B3LYP/cc-pvTZ计算, 分别得到了n=1~12和n=1~7的电子跃迁的垂直激发能和对应的振子强度. 在B3LYP/6-311+G*水平上计算得到了簇合物BC2nB (n=1~12, D(h)的电离能. 基于计算结果, 导出了BC2nB体系电子跃迁能以及第一电离能与体系大小n的解析表达式. 相似文献
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线性簇合物SC2nS2-(n =1~12)电子吸收光谱 总被引:2,自引:0,他引:2
应用密度泛函理论,在B3LYP/6-31G*水平上优化了线性簇合物SC2nS2-(n =1~12)的基态平衡几何结构,并计算了它们的谐振动频率.在基态平衡构型下,通过TD-B3LYP/cc-pvTZ和TD-B3LYP/cc-pvDZ计算,确定了簇合物SC2nS2-(n =1~10) 电子跃迁的垂直激发能和对应的振子强度.基于计算结果,导出了电子跃迁吸收波长与体系大小n的解析关系式,以及SC2nS2-体系第一电离能与体系大小n的解析表达式,并讨论了不同端位原子对碳链体系激发态性质的影响. 相似文献
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应用密度泛函理论,在B3LYP/6-31G水平上优化了线性簇合物SC2nS2-(n=1~12)的基态平衡几何结构,并计算了它们的谐振动频率.在基态平衡构型下,通过TD-B3LYP/cc-pvTZ和TD-B3LYP/cc-pvDZ计算,确定了簇合物SC2nS2-(n=1~10)X1Σ g→11Σ u电子跃迁的垂直激发能和对应的振子强度.基于计算结果,导出了X1Σ g→11Σ u电子跃迁吸收波长与体系大小n的解析关系式,以及SC2nS2-体系第一电离能与体系大小n的解析表达式,并讨论了不同端位原子对碳链体系激发态性质的影响. 相似文献