副猪嗜血杆菌的MLST分析及数据库建立

对副猪嗜血杆菌86个分离株的7个看家基因,包括ATP合成酶β链(atpD)、翻译起始因子IF-2(in-fB)、核糖体蛋白β亚基(rpoB)、苹果酸脱氢酶(mdh)、6-磷酸葡萄糖脱氢酶(6pgd)、3-磷酸甘油醛脱氢酶(g3pd)和延胡索酸还原酶B(frdB)进行了PCR扩增;对扩增产物进行了测序;对序列编辑、队列     

分子动力学模拟研究A1408G突变对核糖体16S rRNA片段的影响

利用分子动力学模拟方法, 研究了原核生物核糖体小亚基中的16S rRNA片段与氨基糖苷类抗生素巴龙霉素复合物结构的柔性. 结果表明, 16S rRNA片段中的1408位点的腺嘌呤(A)突变为鸟嘌呤(G), 改变了与tRNA中反密码子环识别相关的2个腺嘌呤A1492和A1493的空间构象, 阻碍了氨基糖苷类抗生素与核糖体的结合, 从而影响原核生物蛋白转录过程. 模拟结果与实验测定的晶体结构相吻合, 可为基于核糖体16S rRNA的药物分子设计提供较可靠的结构信息.     

通过确定初始电离位点预测吲哚类生物碱质谱的特征裂解规律

确定初始电离位点是EI源质谱解析中一个至关重要的环节. 本文提出了一种确定初始电离位点的新方法. 该法通过计算和分析分子离子自旋密度, 进而比较从中性分子到分子离子的电荷变化和键长变化, 从而确定初始电离位点. 对简单吲哚类生物碱质谱的特征裂解机理进行了预测, 结果与标准物质的质谱吻合. 在此基础上, 与传统的根据基团电离能确定电离位点的方法进行了比较. 结果表明, 该法优于电离能方法. 此法不仅可用于预测以α-裂解为主导的吲哚生物碱和其它含氮化合物的质谱裂解规律, 还为揭示其它小分子化合物以及气相多肽离子的裂解机理奠定了基础.     

Apicidin选择性抑制ClassⅠ HDACs分子动力学研究

采用模拟方法研究组蛋白脱乙酰酶抑制剂(Apicidin)选择性抑制组蛋白去乙酰化酶(Histone deacetylases, HDACs)中的HDAC1和HDAC8. 通过HDAC8晶体结构同源模建HDAC1三维结构模型, 将Apicidin分别与HDAC1和HDAC8对接并进行分子动力学模拟, 结果表明, HDAC1活性口袋入口处的Arg270是Apicidin-HDAC1形成稳定结构的重要因素; HDAC1中Tyr303及His178与Apicidin形成2个持续存在的氢键, 而在HDAC8中未发现, 这是Apicidin选择性抑制HDAC1高于HDAC8的另一重要原因.     

蛋白质功能的扩展与人工金属结合位点的理性设计

生物体系中金属离子在调节金属蛋白的结构和功能中发挥着至关重要的作用。本文综述了利用人工金属结合位点的理性设计来扩展蛋白质功能范围的研究进展,包括在蛋白分子内部通过探索潜在的结合金属位点、重新设计已有的金属结合位点、以及设计全新的金属结合位点的方法来设计人工金属结合位点,和在蛋白分子表面进行设计,来获得结构及功能的转化、研究与纳米材料间的相互作用、以及进行蛋白质分子的自组装。这些研究进展极大地丰富了我们对金属蛋白结构与功能关系的认识。同时,也赋予了我们控制及利用感兴趣蛋白的能力。     

精氨酸侧链和核酸碱基间离子氢键作用强度分析

采用MP2/6-31+G(d,p)方法优化得到了22个由精氨酸侧链与碱基尿嘧啶、 胸腺嘧啶、 胞嘧啶、 鸟嘌呤及腺嘌呤形成的氢键复合物的气相稳定结构, 使用包含BSSE校正的MP2/aug-cc-pVTZ方法计算得到了复合物的气相结合能, 通过MP2/6-31+G(d,p)方法和PCM模型优化得到了复合物的水相稳定结构, 采用MP2/aug-cc-pVTZ方法和PCM模型计算得到了复合物的水相结合能. 研究发现, 精氨酸侧链与碱基间的离子氢键作用强度与单体间电荷转移量、 氢键临界点电子密度及二阶作用稳定化能密切相关. 与中性氢键相比, 离子氢键作用具有更显著的共价作用成分. 研究还发现, 精氨酸侧链和碱基间形成的氢键复合物的稳定性次序可以通过氢键受体碱基分子上氧原子和氮原子的质子化反应焓变进行预测, 质子化反应焓变越负, 形成的氢键复合物越稳定.     

蒙脱土基氮掺杂多孔碳@聚苯胺复合材料的制备及电化学性能

分别在盐酸和樟脑磺酸-盐酸混酸溶液中,在蒙脱土基新型氮掺杂多孔碳表面原位聚合苯胺,以制备氮掺杂多孔碳@聚苯胺复合电极材料,采用红外光谱(FTIR)、X射线衍射(XRD)和扫描电子显微镜(SEM)表征复合材料的组成和形貌。 盐酸掺杂的复合材料呈短棒状形貌,樟脑磺酸-盐酸掺杂材料形貌呈颗粒状及交联片状,樟脑磺酸-盐酸掺杂的结晶性能优于盐酸掺杂。 电化学测试结果表明,樟脑磺酸-盐酸掺杂的复合材料在0.5 A/g电流密度下的质量比电容为412.5 F/g,比盐酸掺杂的(332.4 F/g)高24.1%,等效串联电阻(R_s)和电荷迁移电阻(R_ct)小;但盐酸掺杂的复合材料在大电流下电容保持率为81.4%,高于混酸掺杂的58.4%。     

费托合成Co/SiO2催化剂的粒子尺寸效应:TPD和DRIFTS的研究

以不同配比的乙二醇(EG)/水溶液作溶剂, 用初湿含浸法制备了Co粒子尺寸分别为6、8、12、19 nm 的Co/SiO₂模型催化剂. 采用N₂物理吸附、X射线粉末衍射(XRD)、透射电子显微镜(TEM)、程序升温脱附(TPD)、漫反射红外光谱(DRIFTS)、程序升温表面反应(TPSR)等表征和微分固定床反应器费托(F-T)反应评价实验, 考察了Co粒子尺寸对F-T反应性能的影响. 评价结果显示随着Co粒子尺寸的增大, CO转化率降低, 表观TOF在Co粒子尺寸为8 nm时出现高点. TPD和DRIFTS研究结果表明: 较小的Co粒子对CO的吸附和解离能力较强, 其表面碳物种会覆盖部分表面活性位, 使有效反应位点减少; 较大Co粒子对CO的吸附能力较弱, 表面C*较易脱附及CO*/Co_s比例较高, 导致催化剂加氢能力减弱, CO₂的选择性增高. 当Co粒子尺寸为8 nm左右时, CO_ads和C*在Co粒子表面吸附强度适中并且比例恰当, 使得催化剂表现出较高的F-T活性和产物选择性.     

CH3OH在ZnO(0001)表面的光催化解离

本文利用266 nm波长的激光及程序升温脱附的方法研究了甲醇在ZnO(0001)表面的光催化反应. TPD结果显示部分的CH₃OH以分子的形式吸附在ZnO(0001)表面,而另外一部分在表面发生了解离. 实验过程中探测到H₂,CH₃^·,H₂O,CO,CH₂O,CO₂和CH₃OH这些热反应产物. 紫外激光照射实验结果表明光照可以促进CH₃OH/CH₃O^·解离形成CH₂O,在程序升温或光照的过程中它又可以转变为HCOO^-. CH₂OH_Zn与OH_ad反应在Zn位点上形成H₂O分子. 升温或光照都能促进CH₃O^·转变为CH₃^·. 该研究对CH₃OH在ZnO(0001)表面的光催化反应机理提供了一个新的见解.     

锐钛矿型TiO2(001)-(1×4)表面还原型缺陷对乙醛偶联反应的作用

本文利用程序升温脱附技术(TPD)研究了乙醛吸附在锐钛矿型TiO₂(001)-(1×4)表面的化学性质. 实验结果表明完整晶格位点对乙醛反应表现极为惰性,而表面上的还原型缺陷位点在热驱动下可有效地使乙醛分子通过碳-碳偶联反应生成2-丁酮和丁烯. 提出了乙醛在锐钛矿型TiO₂(001)-(1×4)表面偶联反应主要是通过表面还原型缺陷位吸附成对的乙醛分子,因为表面已有的钛原子对还原型缺陷为乙醛分子提供了合适的吸附位点.