从头计算研究乙酰胆碱构象和分子静电势

在Hartree－Fock和二级Moller－Plesset微扰理论MP2水平，用6－31G对乙酰胆碱进行了从头计算研究，发现了旁式和反式两种稳定构象．经零点振动能校正后，在Hartree－Fock级别旁式较反式稳定0．24kJ·mol~(-1)；而在MP2级别，反式较旁式稳定2．07kJ·mol~(-1).谐振动频率在HF／6－31G水平计算.还给出了两种构象的MP2分子静电势图.     

Abinitio方法研究2，4－二甲基－1，3－戊二烯结构

用ａｂｉｎｉｔｉｏ方法研究２，４－二甲基－１，３－戊二烯各种构象异构体的结构，找到ｓ－ｔｒａｎｓ和ｓ－ｃｉｓ两种稳定构象，且ｓ－ｔｒａｎｓ更稳定．对稳定构象的几何结构、电荷分布进行了研究，讨论了不同的电子基组对优化几何的影响，并计算了稳定构象的热力学常数，与实验结果进行了比较．     

Ab initio方法研究2,4—二甲基—1,3—戊二烯结构

用ａｂｉｎｉｔｉｏ方法研究２，４－二甲基－１，３－戊二烯各种构象异构体的结构，找到ｓ－ｔｒａｎｓ和ｓ－ｃｉｓ两种稳定构象，且ｓ－ｔｒａｎｓ更稳定，对稳定构象的几何结构、电荷分布进行了研究，讨论了不同的电子基组对优化几何的影响，并计算了稳定构象的热力学常数，与实验结果进行了比较。     

1, 3-二氟丙烷构象和电子结构的从头算和 密度泛函理论计算

用从头算和密度泛函数理论研究了1,3-二氟丙烷的构象和电子结构。在计算的各种理论水平下,GG构象是最稳定构象,AG构象次之。利用分子力场的非键作用定量化旁式效应,由MM2力场的非键参数计算的结果较为合理。对于GG和AG构象,在HF/6-31G^*和HF/6-31+G^*^*水平预测的构象分布与实验值接近。     

自组装小肽RADA16-1的构象研究

研究自组装小肽RADA16-1的稳定构象具有一定挑战性,为了解决这个问题,分别利用经典分子动力学(MD)模拟方法和温度副本交换分子动力学(REMD)模拟方法进行对比研究.采用CHARMM力场参数,研究小肽RADA16-1在生理温度310 K左右的稳定构象.其中利用REMD完成26 ns时长水溶性小肽RADA16-1的模拟,利用MD完成3次160 ns时长小肽的模拟.之后,对比分析了RADA16-1小肽能量、氢键、回转半径(RGYR)和溶剂可及表面积(SASA)的变化特征.通过模拟结果的对比,发现REMD计算较MD计算能够使用更少的计算量搜索到相对明确的稳定构象信息,从而通过对能量、氢键、RGYR和SASA的结果分析,确定疏水作用和氢键相互作用共同稳定小肽的空间构象.     

分子力学计算中的分形现象

在分子力学计算中,归属各稳定或亚稳构象的点在构象空间混杂分布,可形成分形结构.计算表明,(1)此分形结构有两个层次:在无镜面对称性吸引子周围,归属该吸引子及其镜面对映体的点相混杂形成第1层次分形结构,在各吸引区边界上,归属各吸引子的点混杂,形成第2层次分形结构.(2)分子力学参数对吸引区结构及大小有很大影响.上述结果可能为解决分子势能面上多能量极小点问题提供帮助.     

液态聚乙二醇CH_2剪切振动和扭转振动——拉曼光谱和密度泛函理论计算

提出了一种新方案,以有效洞察液态中共存构象异构体对聚氧乙烯(PEO)实际振动光谱的贡献。通过定义6种-(CH_2CH_2O)-重复单元构象,构建并优化得到4种全同EO构象组合[(TGT)_(10)、(TTT)_(10)、(TTG)_(10)和(GTG)_(10)]和3种其它EO构象组合的构象异构体结构,并在PCM溶剂模型和B3LYP/6-31G(d)理论水平下,对结构进行了优化和振动频率计算。通过振动模式分析,提出描述PEO400各构象异构体的不同CH_2剪切振动和CH_2扭转振动模式的统一标准,确定了4种CH_2CH_2-O-CH_2CH_2链段构象和相关振动模式,以及它们与振动频率大小的关系,并应用于实际拉曼光谱的指认。     

气相硝酸及过氧亚硝酸的结构和光电子能谱

采用了B3LYP方法和6-311G(d) 基组，并辅以MP2方法详细地计算了硝酸(HONO2)和过氧亚硝酸(HOONO)及相应正离子的各种可能构象、能量、振动频率等，分析了它们的相对稳定性、电离势、光电子能谱，探讨了用光电子能谱去探测HOONO的可能性.结构优化结果表明， HOONO和HOONO＋均有三种稳定的构象， HOONO有三个一阶鞍点的结构.作出了HOONO和HOONO＋的能量随O－O键旋转的变化曲线图，定性地讨论了可能存在的物种以及各构象之间几何结构的变化.     

单嘧磺隆除草剂的晶体构象-活性构象转换的密度泛函理论研究

应用密度泛函理论在B3LYP/6-31G(d)水平上对新型除草剂单嘧磺隆绕脲桥部分两个C—N键的内旋转势能面进行计算, 然后对势能面上的驻点进行构型优化和过渡态搜索, 得到单嘧磺隆4种稳定构象和构象转换过程所涉及的8个过渡态结构. 研究结果表明, 单嘧磺隆晶体构象-活性构象转换过程中涉及4种稳定构象和8条转换途径, 脲桥部分NH基团与嘧啶环上N原子所形成的分子内氢键对于构象的稳定性及转换过程起着十分重要的作用. 应用极化连续介质溶剂模型(PCM)在B3LYP/6-31＋＋G(d, p)水平下进行溶剂化效应计算, 结果表明单嘧磺隆从晶体构象转换成活性构象主要是在水相中进行的.     

2－（1，11－十一亚甲基）－5－取代亚胺基－△^3-1,3,4-噻二唑啉的构象

用NMR分子力学计算和单晶X射线衍射的方法对2-(1，11-十一亚甲基)-5-取代 亚胺基-△^3-1，3，4-噻二唑啉（1）的构象进行了分析，结果表明，标题化合物 1的十二员环采取D4对称的[3333]构象，噻二唑啉环与十二员环近似平面几乎垂直 构成螺环，位于[3333]构象的一个角碳，亚胺基上的取代基对母体十二员环内架的 构象及^13C NMR化学位移影响极小。