嗜盐古菌Haloterrigena thermotolerans JCM 11050Tbop基因序列研究

对标准菌株Haloterrigena thermotolerans JCM 11050^T，其编码螺旋C至螺旋G的细菌视紫红质（bacteriorhodopsin，BR）蛋白基因（bop基因）片断采用PCR方法进行了扩增，TA克隆并测定了其核苷酸序列．对翻译出的氨基酸序列进行亲水性分析，表明该菌株的BR蛋白与已报道相应序列具有类似的二级结构．蛋白序列聚合比对结果表明，该菌株BR蛋白与Natrinema属的BR蛋白具有一定相似性．在这一Haloterrigena属的标准菌株中证实bop基因，进一步丰富了bop基因资源．     

新疆伊吾湖嗜盐菌bop基因多样性

为了研究新疆中部地区伊吾湖嗜盐微生物和细菌视蛋白基因（bop）资源，分离纯化了95株嗜盐和耐盐菌．并从中挑选了10株红色的菌株，采用PCR和TA克隆的方法，扩增出bop基因螺旋C到螺旋G的核心序列，测定了基因的核苷酸序列．基于bop基因序列的同源性比较和系统发育学分析，发现9个序列分布在同一分支下，表明伊吾湖嗜盐菌bop基因具有一定的多样性和明显的自身地域性．     

嗜盐古生菌AJ6的分离及系统发育分析

从新疆阿尔金山国家自然保护区阿牙克库木湖分离纯化得到嗜盐古生菌AJ6,革兰氏染色呈阴性、杆状、少数球形、菌体大小为0.2～0.6 μm×1.6～4.2 μm,最适NaCl和Mg2+质量浓度分别为15%和0.6%,在pH为6.0～7.0条件下生长良好.在此基础上,进一步通过PCR方法扩增了菌株AJ6的16S rRNA基因(16S rDNA),测定了该基因的核苷酸序列,并利用"Clustalw"软件和"PHYLIP"软件包分析16S rDNA序列,对其进行同源性比较和系统发育学分析,建立了嗜盐古细菌的系统发育树.结果表明菌株AJ6与Nnm.pallidum、Nnm.pellirubrum和Nnm.versiforme分在同一类群中,16S rDNA序列同源性分别为97.47%,96.44%和98.12%,菌株AJ6是Na-trinema属中的一个新成员,命名为Natrinema altuensis.菌株AJ6的1 6S rDNA序列已登陆到GenBank,其序列号为AY277584.     

bop基因及其上游启动子的克隆与表达

应用重组PCR的方法，直接从盐沼盐杆菌(Halobactrium salinarium)S9的基因组DNA上扩增到了编码细菌视紫红质(bacteriorhodopsin)的基因——bop基因及其启动子部分(1196bp)，并将其克隆到表达载体pXLNovR后，在宿主菌株中得到了表达．测序结果表明，扩增得到的片段与NCBI数据库中的bop基因及启动子的序列完全相同，且其表达产物的分子量与野生型BR蛋白的分子量一致，并且在568nm处表现出BR蛋白特征吸收峰．本方法与其他方法(如逆转录PCR，建立基因文库后从中调取等方法)相比具有操作简便，成功率高的优点．     

乌龟线粒体细胞色素b基因片段的初步研究

于2004年3月从浙江省级中华草龟良种场采集5只乌龟（Chinemys reevesii）．参照鱼类的线粒体细胞色素b基因序列设计合成1对引物，扩增了乌龟的细胞色素b基因片段，并对扩增产物进行序列测定分析．结果在5个个体中都获得序列相同的细胞色素b基因片段，长度为408bp，其中A、T、G、C含量分别为125bp（30．6％）、113bp（27、7％）、51bp（12．5％）、119bp（29．2％），与其他水生动物相同基因片段碱基序列含量相似．     

D38R突变对细菌视紫红质光循环后半程M态和N态的影响

用重叠PCR的方法，定点突变细菌视紫红质（bacteriorhodopsin，BR），克隆到单突变体BRD96N和双突变体BRD38R/D96N的基因，同源转化盐沼盐杆菌（Halobacterium salinarium）L33（BR），表达突变蛋白BRD96N和BRD38R／D96N通过显微视频方法对突变BR的M态光致变色特性进行记录，BRD38R／D96N的M态寿命为5s，约为BRD96N（M态寿命为3s）的1．7倍．对突变体的激光共聚焦拉曼光谱测定发现，在BRD96N中，1170cm^-1下移到1171cm^-1，1258cm^-1上移到1255cm^-1，而BRD38R/D96N中1170cm^-1下移到1173cm^-1；1258cm^-1。上移到1252cm^-1，而且BRD38R/D96N与BRD96N相比，1186cm^-1处的峰明显增强．近紫外区圆二色谱显示，两种突变体近紫外区的正负带虽然没有太大差别，但288nm和290nm处的极峰却差别显著．所有这些研究结果表明，细菌视紫红质Asp38（D38）突变为Arg（R）可以延长其光循环后半程M态和N态的寿命．     

人巨细胞病毒UL131A,UL130,UL128基因在先天感染患儿临床株中的变异

对18株临床低传代分离株和5株未传代的人巨细胞病毒（HCMV）临床标本分别进行HCMV UL131A，UL130，UL128基因全序列PCR扩增，并进行序列测定及分析．对23株HCMV临床株的UL131A，UL130，UL128基因编码区域进行比较，结果显示此3个基因核苷酸及其编码蛋白是高度保守的，3个基因的核苷酸同源性为96．2％，95．8％，96.0％，编码蛋白的同源性为97．2％，96．6％，96．9％．不同临床症状患儿的HCMV UL131A，UL130，UL128基因及其编码蛋白具有相似的结构．临床株HCMV UL130和UL128基因编码蛋白具有趋化因子的相似结构．所有结果表明临床株中的UL131A，UL130，UL128序列的保守性可能与HCMV在上皮细胞的增殖有关，也与HCMV转移到白细胞和树突状细胞相关．HCMV UL130和UL128基因编码蛋白具有趋化因子的相似结构可能与HCMV的感染相关．     

一株嗜盐严格厌氧细菌S191的分离与系统发育分析

采用Hungate滚管法,从东北太平洋结壳区深海沉积物中分离纯化得到中度嗜盐、严格厌氧发酵细菌S191,通过扩增及测定其16S rDNA基因序列,利用“Clustalx”和“Mega”软件对该序列作同源性分析及系统发育分析,建立了嗜盐严格厌氧细菌属的系统发育树,表明菌株S191的16S rDNA基因序列与Halanarobium属菌株的最高同源性为98．5％,革兰氏染色呈阴性、直杆状、0．3～0．6μm×1．8～3．0μm、无运动、不产生芽孢,生长NaCl质量浓度为5％～25％,最适NaCl质量浓度为7．5％～10％,生长PH值6．0～8．9,最适pH值为7．8～8．0,生长温度15～42℃,最适温度为32～37℃,最佳条件下代时约3．2h,初步鉴定为Halanarobium属内的一个新成员．     

阿牙克库木湖嗜盐菌的分离及功能酶的筛选

从新疆阿尔金山国家自然保护区阿牙克库木湖采集的泥样和水样中,分离培养了90株嗜盐菌,其中多数为中度和极端嗜盐菌,颜色以红色和白色为主,细胞形态多为杆状、球状,97％呈革兰氏阴性,研究结果表明该湖有着丰富的嗜盐微生物资源．对分离菌株进行了几种重要工业用酶的筛选,发现其中淀粉酶产生菌有4株,菌株AJ225和AJ243淀粉酶活性较高;蛋白酶产生菌有7株;脂肪酶生产菌有13株,菌株AJ238和AJ265具有较高的酶产量;在分离菌株中未检测到纤维素酶和木聚糖酶活性．     

利用PCR-RFLP技术分析拟穴青蟹抗菌肽基因SCY2的SNP位点

本研究根据公布的锯缘青蟹SCY2基因序列设计引物SCY2-RFLPs和SCY2-RFLPa,利用PCR-RFLP技术分析了5个地理群体（宁德、汕头、万宁、东方、三亚）共计148个拟穴青蟹SCY2基因的多态性.结果表明,所扩增的SCY2基因片段含有2个StuⅠ内切酶识别位点,位于第一外显子的位点没有多态性,位于第一内含子的位点存在多态性.在148个个体中共检测到AA和AB两种基因型,等位基因B的出现频率非常低,只在三亚群体的1个个体中检测到,而在其他4个群体中均未检测到,其等位基因频率为0.003 4.序列分析结果表明,扩增片段长度为1 016 bp,包含部分5′非翻译区（282 bp）、第一外显子（131 bp）和部分第一内含子（603 bp）.AA基因型表现为3条带（从大到小依次为509,356,151 bp）,AB基因型表现为4条带（从大到小依次为660,509,356,151bp）.B等位基因是由于867 bp处发生了C→G的单碱基突变导致StuⅠ内切酶失去了1个识别位点而形成的.     

泥蚶线粒体COI和16S rRNA基因片段序列研究

采用PCR技术扩增了泥蚶线粒体DNA的COI和16S rRNA基因片段,PCR产物经T载体连接后进行克隆、测序,用MEGA version 3.0软件计算这2个基因片段序列碱基组成.结果显示：COI和16S rRNA基因删除引物序列后分别得到660bp和548bp的核苷酸序列,T,C,A和G碱基含量分别为40.4%,14.7%,20.6%,24.3%和23.2%,25.9%,30.3%,20.6%.COI和16S rRNA基因片段对泥蚶不同地理种群的遗传分化的研究具有一定的应用价值.     

用PCR技术检测生物硝化池污水中硝化细菌(Nitrobacteria)的研究

从生物硝化池污水水样中分离了硝化细菌ＤＮＡ,以其为模板,针对其１６ＳｒＲＮＡ基因及２３ＳｒＲＮＡ基因而设计合成了两对引物并分别进行了ＰＣＲ扩增,扩增产物的２％琼脂糖凝胶电泳结果显示,硝化细菌ＤＮＡ模板得到了特异性扩增．参照分子量标准（Ｍａｒｋｅｒ）的电泳结果,被扩增的ＤＮＡ条带大小分别约为４００ｂｐ和７３０ｂｐ．实验结果表明ＰＣＲ技术可用于污水中硝化细菌的快速检测     

太平洋多金属结核区深海沉积物细菌多样性分析

从太平洋多金属结核区东区两个站点沉积物中直接提取环境总基因组,通过PCR及TA克隆分别构建了16S rRNA基因文库．经序列分析结果表明,2个文库共93个克隆分属13个类群,包括α变形菌纲、β变形菌纲、γ变形菌纲、δ变形菌纲、浮霉菌门、酸杆菌门、噬纤维菌-黄杆菌-拟杆菌群、硝化螺旋菌门、放线菌门、绿弯菌门、厚壁菌门、异常球菌-栖热菌门和OP11类群．其中,γ变形菌纲的细菌在2个站点沉积物中都是优势种群,变形菌纲、浮霉菌门、放线菌门、噬纤维菌-黄杆菌-拟杆菌群、硝化螺旋菌门是2个站点共有的细菌类群．DOTUR和LIBSHUFF数据分析结果表明,两个站点的沉积物均具有丰富的细菌多样性,并且物种组成具有显著性差异．     

伪狂犬病毒糖蛋白H基因片段的克隆、序列测定和分析

对伪狂犬病毒湖北地方株(PRVHB株)糖蛋白H基因片段进行了扩增、克隆、序列测定和分析,比较了该序列与PRVKa株及NIA-3株三者之间的同源性.结果显示,克隆片段长1396bp,G+c含量75.6%,包括糖蛋白H(gH)N端283个氨基酸编码区及上游调控序列和胸苷激酶(TK)C端136个氨基酸编码区.gH基因ORF上游调控区存在有TATA框和CAT框的真核启动子特征结构.PRVHB株gH基因片段序列与PRVKa株和N1A-3株相应序列的核苷酸同源性相同,为99.6%.推导的gH多肽N端第1～30位氨基酸组成的肽段富含疏水性氨基酸,具有真核信号肽的序列特征.     

棉浆黑液生物处理系统中嗜碱细菌的多样性

以棉浆黑液为细菌分离培养基,从某化纤厂黑液生物处理系统中分离到16株嗜碱细菌,对其形态及生理生化等特征的研究结果表明,所分离的嗜碱细菌以产芽孢的革兰氏阴性细菌占优势,在个体形态和生理生化特性方面具有丰富的多样性.扩增rDNA限制性分析(ARDRA)结果表明,棉浆黑液中的嗜碱细菌分为2大类群,不同菌株之间的酶切图谱具有较大的差异.测定黑液生物处理系统中6株占优势的嗜碱细菌的16S rDNA序列,与国际上已报道的细菌的16S rDNA序列进行比较,结果表明:它们的序列与芽孢杆菌属(Bacillus)或副球菌属(Paracoccus)中的参比菌株的同源性达到98%以上.以16S rDNA序列为基础的Bacillus属嗜细菌的系统发育分析结果显示,其中3个菌株与B.halodurans和B.wakoensis的相似性大于99%.     

稀有鮈鲫（Rare gudgeon）Sox基因的克隆及序列分析

根据人的SRY基因中HMG-box保守区设计引物，采用PCR技术在稀有鮈鲫雌雄个体基因组DNA中分别扩增，发现3个大小分别为220、700和1500bp的片段，经过克隆和测序分析，从220bp的片段中获得两个基因片段，证明为稀有鮈鲫的Sox1和Sox21基因片段，无性别差异，其DNA序列与人及斑马鱼相应Sox基因相似性分别为Sox1：80．4％和97％；Sox21：77．3％和9l％，其编码的氨基酸序列与人及斑马鱼相应SOX蛋白相似性分别为Sox：96％和98％；Sox21：88％和100％，显示了其高度的保守性．此外，从GenBank、MEBL和DDBJ数据库获得了92个已克降的物种SRY和Sox基因全长核苷酸编码序列及HMG保守区序列数据．通过对这些数据进行序列比对及策类树的构建，分析了Sox基因家族成员的分类及分子进化模式，对稀有鮈鲫的性别决定进行了探讨，为Sox基因的进化研究提供分子基础．     

9号染色体上海洛因依赖易感基因的定位

目的:筛查和定位9号染色体上海洛因依赖易感基因的位点.方法:在10例海洛因依赖者和其正常同胞对照者中用覆盖第9号染色体的20个短串联重复序列(Short Tandem Repeats,STR)进行荧光标记的基因组扫描.结果:D9S286, D9S167和D9S164位点等位基因在海洛因依赖组和其正常同胞对照组之间分布有显著性差异(x2检验,P＜0.05).其它17个STR位点D9S288,D9S285,D9S157, D9S171,D9S161,D9S1817, D9S273,D9S175,D9S283,D9S287,D9S1690,D9S1677,D9S1766, D9S1682, D9S290,D9S1826,D9S158的等位基因在海洛因依赖组和其正常同胞对照组之间分布没有显著性差异(x2检验,P＞0.05).结论:D9S286,D9S167和D9S164位点附近可能存在海洛因依赖的易感基因,多巴胺β-羟化酶基因可以作为候选基因.     

用PCR技术检测生物硝化池污水中硝化细菌(Nitrobacteria)的研究

从生物硝化池污水水样中分离了硝化细菌DNA,以其为模板,针对其16Sr RNA基因及23Sr RNA基因而设计合成了两对引物并分别进行了PCR扩增,扩增产物的2%琼脂糖凝胶电泳结果显示,硝化细菌DNA模板得到了特异性扩增．参照分子量标准（Marker）的电泳结果,被扩增的DNA条带大小分别约为400bp和730bp．实验结果表明PCR 技术可用于污水中硝化细菌的快速检测．