PCR技术检测海运船舶压载水病原弧菌初探

船舶压载水引起的外来物种入侵,及由此引发的经济、环境和卫生等方面的灾害性后果,已成为当前世界海洋所面临的最大威胁之一.弧菌作为一种广泛存在于海洋环境的病原微生物,其数量已成为船舶压载水是否可以排放的一项指标.本文采用PCR扩增病原弧菌特征基因技术,结合弧菌相关16S rRNA基因文库,初步探讨压载水中病原弧菌快速检测技术.从采集自舟山远洋船舶压载水水样S1中,检测到hlyA和vvh基因,表明样品中含有霍乱弧菌(Vibrio cholerae)和创伤弧菌(V.vulnificus)的毒力基因.文库序列分析结果显示,重组克隆子中部分序列与副溶血弧菌(V.parahaemolyticus)和费氏弧菌(V.fischeri)相似性较高.研究结果表明,压载水样品S1中含有多种对人和动植物有害的病原弧菌,对海洋生态平衡、公共卫生安全和海洋养殖业具有潜在危害.     

嗜盐古菌中氯视紫红质基因序列的遗传分析

采用PCR方法扩增了嗜盐古菌AB19、AB30和AJ5编码螺旋C至螺旋G的氯视紫红质（halorhodopsin，HR）蛋白基因片断和168rRNA基因（168rDNA），测定了它们的核苷酸序列，与已报道的，hr基因序列差异显著．获得AJ5 HR蛋白基因序列在Halobiforma属中尚属首次．对hr基因序列进行的遗传分析，包括GC含量、转换与颠换的比值、密码子使用偏好，表明hr基因面临进化选择和偏倚突变压的双重制约，是一类进化程度较高的基因．对比br基因编码蛋白螺旋C到G的序列发现它们具有相似的种属特征．采用BR和HR蛋白螺旋C到G序列构建系统发生树比传统的168rDNA序列具有优势，BR和HR可以作为两种新型的分子指标．     

太平洋多金属结核区深海沉积物细菌多样性分析

从太平洋多金属结核区东区两个站点沉积物中直接提取环境总基因组,通过PCR及TA克隆分别构建了16S rRNA基因文库．经序列分析结果表明,2个文库共93个克隆分属13个类群,包括α变形菌纲、β变形菌纲、γ变形菌纲、δ变形菌纲、浮霉菌门、酸杆菌门、噬纤维菌-黄杆菌-拟杆菌群、硝化螺旋菌门、放线菌门、绿弯菌门、厚壁菌门、异常球菌-栖热菌门和OP11类群．其中,γ变形菌纲的细菌在2个站点沉积物中都是优势种群,变形菌纲、浮霉菌门、放线菌门、噬纤维菌-黄杆菌-拟杆菌群、硝化螺旋菌门是2个站点共有的细菌类群．DOTUR和LIBSHUFF数据分析结果表明,两个站点的沉积物均具有丰富的细菌多样性,并且物种组成具有显著性差异．