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氢键和极性相互作用在抑制剂-蛋白结合专一性识别过程中起到重要作用.抑制剂Benzamidine(BEN)与胰岛素trypsin相互作用机制的阐明有助于胰岛素高效抑制剂的研发.本文采用分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics-Poisson Boltzmann surface area)从原子层次上研究BEN与胰岛素的结合模式.结果表明抑制剂BEN的脒基不仅与Asp189的羰基产生静电相互作用,而且与残基Ser190和Gly214形成氢键相互作用.基于残基能量分解的计算表明抑制剂的苯基与残基His58,Cys191,Gln192,Trp211,Gly212和Cys215形成有利于抑制剂结合的疏水性相互作用.期望当前的研究能为胰岛素有效抑制剂的研发提供重要的理论指导. 相似文献
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The autocorrelation function is an important quantity that can reflect the dynamical properties of the Rydberg wave packet and can be measured in experiments. Applying time-dependent perturbation theory and rotating wave approximation, we derive the autocorrelation function of the double-pulse laser describing the evolution of a Rydberg wave packet of hydrogen atoms in magnetic fields. The resulting expression is written as a sum of the modified Caussian terms. Each Caussian term comes from a parent semiclassical closed orbit. It provides a direct explanation and experimentally controllable measurement scheme, which allows us therefore to recognize the closed orbit and to determine its returning time in high precision. 相似文献
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近几年,量子台球问题引起人们的广泛兴趣.以前有很多对二维量子台球做过研究,相对于二维台球来说,三维台球更接近实际体系.本文以三维正方体量子台球为例,利用半经典闭合轨道理论计算了正方体量子台球中的经典开轨道,并研究量子谱函数与经典轨道长度之间的对应关系,发现他们之间对应的很好.这将有助于我们分析开放型量子台球中输运性质问题.利用这种方法物理图像清晰,计算量小并且可以帮助理解一些混沌体系的性质.这是半经典理论为联系量子力学与经典力学起桥梁作用的又一证明. 相似文献
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摘要:脂肪细胞脂肪酸结合蛋白A-FABP(Adipocyte fatty-acid binding protein)是治疗脂质调节生物过程相关疾病的重要靶标. 分子动力学模拟和MM-PBSA方法被采用研究抑制剂8CA与A-FABP结合模式. 研究结果表明静电相互作用和范德华作用驱动了抑制剂8CA与A-FABP的结合。基于残基的能量分解表明抑制剂8CA与R126间的极性相互作用为抑制剂与A-FABP的结合提供了重要贡献. 该残基与8CA的相互作用较好地稳定了抑制剂与A-FABP复合物的稳定性. 我们期望这个研究能为治疗炎症、动脉硬化和代谢病药物设计提供一定的理论指导。 相似文献
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利用散射矩阵理论,结合扩展的半经典闭合轨道理论和多通道量子亏损理论,计算了磁场中高里德堡H2分子的回归谱.该方法使用了两个空间散射矩阵来描述里德堡电子的动力学性质,计算中可以包括所有阶的实散射的作用.回归谱的每一个尖峰对应着一条闭合轨道,新的额外峰是由于弹性散射和非弹性散射所引起的通道内和通道间的轨道组合,进一步证明了体系通道间和通道内的散射具有同等的重要性. 相似文献
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利用半经典方法研究了平行电磁场中里德堡氢原子的分形自相似现象. 通过研究平行电磁场中里德堡氢原子的逃逸时间和初始出射角间的关系, 发现了逃逸时间图的自相似结构, 并通过研究与图中冰柱对应的逃逸轨道, 得到了自相似结构和逃逸轨道之间的关系, 发现了该类自相似逃逸轨道满足的规律. 进一步研究了标度能量和标度磁场对体系动力学的影响, 表明标度能量和标度磁场均控制体系的分形自相似结构. 当标度能量或标度磁场比较小时, 没有自相似现象, 随着标度能量或标度磁场的增大, 自相似出现, 体系变复杂. 相似文献