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1.
氢键和极性相互作用在抑制剂-蛋白结合专一性识别过程中起到重要作用.抑制剂Benzamidine(BEN)与胰岛素trypsin相互作用机制的阐明有助于胰岛素高效抑制剂的研发.本文采用分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics-Poisson Boltzmann surface area)从原子层次上研究BEN与胰岛素的结合模式.结果表明抑制剂BEN的脒基不仅与Asp189的羰基产生静电相互作用,而且与残基Ser190和Gly214形成氢键相互作用.基于残基能量分解的计算表明抑制剂的苯基与残基His58,Cys191,Gln192,Trp211,Gly212和Cys215形成有利于抑制剂结合的疏水性相互作用.期望当前的研究能为胰岛素有效抑制剂的研发提供重要的理论指导.  相似文献   
2.
为了说明V82A和L90M变异对蛋白酶(PR)和茚地那韦(IDV)复合物的影响,进行了5.5ns的MD模拟.用MM-PBSA方法计算了体系的结合自由能,计算和实验结果一致.分解自由能为不同能量项说明,这两个变异引起熵的贡献变化大于焓的贡献变化.分解自由能到每个残基说明Wild,V82A和L90M具有相似的结合模式,结合能的贡献主要来源于A28/A28',I50/I50'和I84/I84'这六个残基组,详细分析了Wild和IDV的结合模式,对比分析了V82A和L90M变异引起结合模式的细小变化.V82A变异引起结合模式的变化是由于变异后位阻减小导致的.L90M变异引起D25和L90间的作用增强并引起结合模式的细小变化.研究结果有助于更好地理解变异对抑制剂和HIV-1PR结合模式的影响,并可以用来帮助设计更高效的PR抑制剂.  相似文献   
3.
HIV-1蛋白酶是治疗艾滋病的重要靶标酶之一.采用分子动力学模拟,运用MM-PBSA方法计算了HIV-1蛋白酶与三个抑制剂BE4,BE5和BE6的结合自由能,结果表明抑制剂P1/P11位置的苄基上双氟原子的不同位置对结合自由能产生不同的影响.通过能量分解的方法考察了HIV-1蛋白酶的主要残基与三个抑制剂间的相互作用与识别,结果表明三个抑制剂以相同的作用模式与HIV-1蛋白酶结合,计算结果与实验结果基本吻合.  相似文献   
4.
以铝酸镧(001)单晶为基片,采用两步法制备Tl2Ba2CaCu2Oy(Tl 2212)高 温超导薄膜.首先,利用脉冲激光沉积(PLD)工艺沉积Ba2CaCu2Ox非晶前驱体薄膜;然后,前驱体薄膜在高温(720—850℃)下密封钢容器里铊化结晶形成Tl 2212薄膜.XRD结果表明Tl2212 薄膜是沿c轴方向生长的,其相组成为Tl 2212,摇摆曲线(0012)的半高宽为0.72° ,SEM图像显示其表面光滑平整,其零电阻温度为106.2K. 关键词: Tl 2212超导薄膜 脉冲激光沉积  相似文献   
5.
以铝酸镧晶体为基片,采用两步法制备T1-2212超导薄膜,包括在低温(150℃)下利用激光脉冲沉积(PLD)工艺沉淀Ba2CaCu2Ox非晶前驱体薄膜和在高温(740~830℃)下前驱体薄膜的铊化结晶、取向生长过程,实验结果表明所制得的膜的相组成为T1-2212,表面存在大量均匀分布的成分为T12Ba2CaCu2Ox的亚微米颗粒,其零电阻温度为101K,薄膜与基片之间界面清晰,没有过渡层,薄膜具有良好的c取向外延条纹。  相似文献   
6.
HIV-1蛋白酶已经成为艾滋病治疗药物设计的重要靶标。本文采用分子动力学模拟和MM-PB/SA方法计算了抑制剂3G3与HIV-1蛋白酶的结合自由能,结果表明范德华作用驱动了3G3与蛋白酶的结合。同时也采用了基于残基的自由能分解方法计算了抑制剂-残基相互作用,结果证明残基Ala28,Val32/Val32′,Ile47,Gly49,Ile50/Ile50′,Ile84/Ile84′和Pro81′ 能与蛋白酶产生较为强烈的相互作用,同时也表明CH-π,π-π和 CH-O相互作用控制了3G3与蛋白酶的结合。我们期望这个研究能为抗艾滋病的药物设计提供理论上的指导。  相似文献   
7.
Asp25质子化有利于HIV-1蛋白酶与抑制剂GRL02031结合   总被引:1,自引:1,他引:0  
GRL02031是人体免疫缺陷病毒(HIV-1)天冬氨酸蛋白酶的抑制剂,是潜在的治疗艾滋病药物,HIV-1蛋白酶中Asp25/Asp25'的质子化状态对于理解HIV-1 蛋白酶和抑制剂的作用机制以及氨基酸变异对抗药性的影响有重要意义。本文对Protease-GRL02031(PR-031)复合物的最可能的四种质子化状态进行了5ns分子动力学模拟,分析了Asp25/Asp25'不同的质子化状态对动力学特征和作用机制的影响,用MM-PBSA的方法计算了PR-031复合物在各种质子化状态下的结合自由能,同时对作为PR-031作用桥梁的水分子与PR-031复合物形成氢键的分析,表明水分子在ASP25质子化状态下最为稳定。结果显示A链ASP25中OD2质子化更有利于蛋白酶与抑制剂GRL- 02031的结合,是最可能的质子化状态。这对更高效的抗变异药物的设计提供了理论上的指导。  相似文献   
8.
以铝酸镧 (0 0 1)单晶为基片 ,采用两步法在两种密封条件下制备 Tl2 Ba2 Ca Cu2 Ox(Tl- 2 2 12 )高温超导薄膜。首先利用脉冲激光沉积 (PL D)工艺沉积非晶 Ba2 Ca Cu2 Ox 前驱体薄膜 ;然后前驱体薄膜分别在半密封的氧化铝坩埚和密封的高温钢容器内铊化、结晶形成 Tl- 2 2 12薄膜。在两种密封条件下 ,都可以制备出纯相的 Tl- 2 2 12超导薄膜。但是 ,在坩埚内制备的 Tl- 2 2 12薄膜的 TCo和 SEM均明显好于在钢容器中制备的超导薄膜  相似文献   
9.
本文采用分子动力学模拟和结合自由能计算研究了抑制剂G4G与HIV-1蛋白酶的作用机制。研究结果表明范德华作用主导了抑制剂G4G与HIV-1蛋白酶的结合。基于残基的自由能计算表明残基Gly49、Ile50、Val82、Ile84、Gly27′、Ala28′、Ile50′和Ile84′与G4G产生了较强的相互作用,同时研究也表明CH-π,CH-O相互作用和氢键是其主要的作用形式。该研究能为以HIV-1蛋白酶为靶标的抗艾滋病药物设计提供理论上的指导。  相似文献   
10.
摘要:脂肪细胞脂肪酸结合蛋白A-FABP(Adipocyte fatty-acid binding protein)是治疗脂质调节生物过程相关疾病的重要靶标. 分子动力学模拟和MM-PBSA方法被采用研究抑制剂8CA与A-FABP结合模式. 研究结果表明静电相互作用和范德华作用驱动了抑制剂8CA与A-FABP的结合。基于残基的能量分解表明抑制剂8CA与R126间的极性相互作用为抑制剂与A-FABP的结合提供了重要贡献. 该残基与8CA的相互作用较好地稳定了抑制剂与A-FABP复合物的稳定性. 我们期望这个研究能为治疗炎症、动脉硬化和代谢病药物设计提供一定的理论指导。  相似文献   
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