L1 β-Lactamase催化反应机理研究

用混合量子力学和分子力学(QM/MM)方法和密度泛函理论讨论了L1 β-Lactamase催化Nitrocefin水解的过程, 研究结果表明, 反应为多步反应: 第一步亲核进攻反应为反应的决速步骤, 并且伴随着酰胺键的断裂, 第二步反应为质子迁移反应. 同时讨论了金属锌在反应中的作用.     

SO2基态势能面和振转能级的理论研究

在键长-键角坐标下,精确求解SO₂的核振动方程,并通过与实验数据比较来优化势能参数,由所得势能面计算得到38个振动能级,与实验值相比,均方根误差为0.93cm^-1.计算了³⁴SO₂的部分振动能级以及³²SO₂的J=6以下的部分振动能级,所得结果均与实验值较为吻合     

鸟嘌呤红外光谱的密度泛函理论研究：标度量子力学（SQM） …

用密度泛函理论ＤＦＴ（Ｂ３ＬＹＰ）／６－３１Ｇ＾＊方法对鸟嘌呤分子的酮－胺式和醇－胺式异构体的几何结构、振动谐性力场和红外光谱进行了研究。理论力场由迁移自相关分子异胞睡咪唑的力学数标度因子进行标度。     

基于分子动力学和自由能计算研究小分子对HIF-VHL相互作用的抑制机理

蛋白-蛋白相互作用涉及多种生理过程. 其中HIF-VHL作为局部缺血性心脏病的重要靶标得到了学术界和工业界的广泛关注. 本文使用分子动力学模拟和结合自由能计算研究pro-like的小分子抑制剂对VHL-HIF的抑制机理. Pro-like抑制剂能够与HIF竞争性地结合在VHL蛋白上,从而破坏VHL-HIF相互作用. 基于抑制机理给出了pro-like抑制剂的优化策略.     

鸟嘌呤红外光谱的密度泛函理论研究──标度量子力学(SQM)力场处理

用密度泛函理论DFT(B3LYP)/6-31G^*方法对鸟嘌呤分子的酮-胺式和醇-胺式异构体的几何结构、振动谐性力场和红外光谱进行了研究.理论力场由迁移自相关分子异胞嘧啶和咪唑的力常数标度因子进行标度.算得振动频率与鸟嘌呤的实验基质隔离IR光谱比较平均偏差对酮-胺式和醇-胺式分别为6.6和6.0cm^-1.根据振动频率的势能分布和DFT计算的光谱强度值对鸟嘌呤分子的实验振动基频进行了理论归属.