直链共轭高分子的分子轨道理论(Ⅱ)——共轭体系的同系线性规律

应用差分方程法讨论了一类单连直链共轭高分子的本征方程的分解表达式。提出近似模型,用插入法得到具有交替键长的完整共轭多烯的能级和分子轨道的解析表达式,使许多单连同系列共轭分子的电离势线性关联,包括不同的能级都可用统一的参数处理。对双连体系做了类似研究,并提出了相关系数的严格评定判据。     

Molecular electronegativity in density functional theory (VI) --Atom-bond electronegativity equalization model

Ｒｅｃｅｎｔｌｙ,ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｎｄａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｏｆｄｅｎｓｉｔｙｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｔｈｅｏｒｙ(ＤＦＴ)ａｒｅｑｕｉｔｅａｔｔｒａｃｔｉｖｅｔｏｓｃｉｅｎｔｉｓｔｓ’ａｔｔｅｎｔｉｏｎ.Ｔｈｅｒｅｌｅｖａｎｔｐａｐｅｒｓａｒｅｉｎｃｒｅａｓｉｎｇｖｅｒｙｑｕｉｃｋｌｙ[1—11].ＳｉｎｃｅｔｈｅｅｌｅｃｔｒｏｎｅｇａｔｉｖｉｔｙｃｏｎｃｅｐｔｗａｓｐｒｏｐｏｓｅｄｂｙＰａｕｌｉｎｇ[12]ｔｏｄｅｓｃｒｉｂｅｔｈｅｐｏｗｅｒｏｆａｎａｔｏｍｉｎａｍｏｌｅｃｕｌｅｔｏａｔｔｒａｃｔｅｌ…     

应用ABEEM/MM蛋白质力场模型研究半胱氨酸二肽构象的性质

ABEEM/MM蛋白质力场模型是应用于蛋白质体系的原子-键电负性均衡方法(ABEEM)与力场(MM)相结合的浮动电荷模型.该模型能够准确地描述分子在环境变化时的静电极化,并能快速计算气态和溶液多肽的结构和能量.首次应用ABEEM/MM蛋白质力场模型研究半胱氨酸二肽构象的性质,如构象能、氢键等.此外,应用从头计算HF/6-31G**方法对其性质进行计算.ABEEM/MM蛋白质力场模型可以快速准确地得到半胱氨酸二肽分子不同稳定构象的性质,其结果可以和从头计算相媲美.以上研究有助于加深对半胱氨酸二肽构象性质的了解,从而也为进一步验证ABEEM/MM蛋白质力场模型的正确性以及参数的合理性提供可靠的依据.     

血红素近轴侧基氢键的ABEEM/MM分子动力学模拟

应用ABEEM/MM浮动电荷力场对鲸鱼肌红蛋白及突变体进行了分子动力学模拟. 结果表明, 血红素近轴侧基不存在稳定的双氢键, 该氢键对轴配体咪唑的取向不起决定性作用, 而咪唑的取向与键联的组氨酸有密切联系. 同时表明, 血红素轴配体的柔性与其邻近的氨基酸和咪唑体积有关.     

PdCO(OH)-体系中OH-助催化性能的成键能研究

本文使用相对论赝势从头计算方法和成键能判据[1 ] 研究了模型化合物 Pd CO(OH) -的电子结构 ,讨论了 OH-的助催化作用。得出 OH-对 Pd CO的助催化作用既可以通过其与金属 Pd形成化学键 (通过金属 )来实现 ,也可以通过空间电荷静电作用 (通过空间 )来实现。由分子轨道成键能分析指出 CO分子的强成键占据分子轨道 3σ和 1π的削弱是活化 CO的关键。     

青霉素基团性质的分析

以密度泛函理论和电负性均衡原理为基础,应用修正的电负性均衡方法,并自编程序,用最小二乘法,拟合确定了H,C,O,N,F和Cl以及S等各种类型原子的价态电负性、价态硬度和能量的相关参数;从电负性均衡原理的观点,利用这些参数确定了一些青霉素基团的电负性和电荷分布,并进行了讨论.     

密度泛函理论下的分子电负性——Ⅵ.原子键电负性均衡模型

以密度泛函理论和电负性均衡原理为基础 ,将体系的单电子密度分割为原子的单电子密度和键的单电子密度 ,得到了分子总能量、分子中原子以及键的有效电负性的表达式 .基于这些表达式 ,提出了直接计算体系的总能量和体系中电荷分布的新方法 .此模型比其他电负性均衡方法更合理 .对大量分子的总能量和电荷分布所进行的计算结果表明所提出的原子 键电负性均衡模型是可行的 ,可以应用于确定各类生物和有机大分子的总能量和电荷分布 ,给出较EEM和MEEM模型更近于从头计算的结果     

应用ABEEM/MM模型研究水分子团簇(H2O)n(n=7~10)的性质

应用ABEEM/MM模型计算了中等大小水分子团簇(H₂O)_n(n=7~10)的各种性质, 如: 优化的几何构型、氢键个数、结合能、稳定性、ABEEM电荷分布、偶极矩、结构参数的描述等, 并描述了六聚水区域中所反映的从二维结构(从二聚水到五聚水)到三维结构(n>6的水分子团簇)的过渡.     

Theoretical Study on Co^3＋ in Aqueous Solution in Terms of ABEEM/MM Model

A detailed theoretical investigation on Co^3＋ hydration in aqueous solution has been carded out by means of molecular dynamics （MD） simulations based on the atom-bond electronegativity equalization method fused into molecular mechanics （ABEEM/MM）. The effective Co^3＋ ion-water potential has been constructed by fitting to ab initio structures and binding energies for ionic clusters. And then the ion-water interaction potential was applied in combination with the ABEEM-7P water model to molecular dynamics simulations of single Co^3＋（aq.） solution, managing to reproduce many experimental structural and dynamical properties of the solution. Here, not only the common properties （radial distribution function, angular distribution function and solvation energy） obtained for Co^3＋ in ABEEM-7P water solution were in good agreement with those from the experimental methods and other molecular dynamics simulations but also very interesting properties of charge distributions, geometries of water molecules, hydrogen bond, diffusion coefficients, vibrational spectra are investigated by ABEEM/MM model.     

离子簇合物N+2Hen(n=1,2,3)的ab initio研究

利用Ｇａｕｓｓｉａｎ９２量子化学从头算程序，选择ＵＭＰ２／６－３１１Ｇ方法，对Ｎ＾＋２Ｈｅ，Ｎ＾＋２Ｈｅ２和Ｎ＾＋２Ｈｅ３等离子簇合物进行了几何优化，并通过频率分析确认了体系的稳定构型。