VEGFR2活性腔性质以及与抑制剂的结合模式研究

VEGFR2介导肿瘤诱导的血管生成作用, 是抑制肿瘤生长和转移的新靶点. 为深入探讨VEGFR2活性腔性质以及与抑制剂的结合模式, 采用多拷贝同时搜寻法(MCSS)研究VEGFR2活性腔的性质, 然后用分子对接方法对5个已上临床的VEGFR抑制剂与VEGFR2活性腔进行对接计算, 讨论它们的结合模式, 确定与配体结合相关的关键残基. 研究发现: 疏水腔I, II是配体结合的关键区域, 残基Glu915, Cys917是关键的氢键作用位点, Lys866, Glu883和Asp1044形成的极性区域对提高配体亲合力很重要, 疏水腔III和极性腔IV是额外增强配体结合力的区域, IV区的Arg1030可提供额外的氢键作用位点. 本研究可为全新VEGFR2抑制剂的合理药物设计提供理论依据, 为寻找新的抗肿瘤药物奠定基础.     

氨基噁唑啉呫吨类BACE1抑制剂的特征结构与作用机制

β-分泌酶(BACE1)是治疗阿尔兹海默症(AD)的潜在靶点,BACE1抑制剂的开发已成为治疗AD的重要方向。本文运用比较分子相似性指数(CoMSIA)和分子对接法对66个氨基噁唑啉呫吨类BACE1抑制剂进行模拟分析,建立了可靠的构效关系预测模型(Q~2=0.86,R_(ncv)~2=0.97,R_(pre)~2=0.88),揭示了影响分子抑制活性的重要特征结构信息,发现抑制剂通过与BACE1之间形成的氢键作用和π-π堆积作用占据了分泌酶的S3、S1和S2'三个活性位点。实验所得模型和信息为后续新型高效BACE1抑制剂的结构优化和改造提供了重要的理论指导。     

抗抑郁药DOV216303的合成方法改进

化合物DOV216303(1),化学名为(±)-1-(3,4-二氯苯基)-3-氮杂二环[3.1.0]己烷盐酸盐[1],是由美国DOV Pharmaceutical公司开发的新型单胺递质抑制剂.它可同时抑制脑神经突触间隙中去甲肾上腺素(NET)、5-羟色胺(SERT)和多巴胺(DAT)3种单胺递质的再摄取,是这3种单胺递质的三联抑制剂[2].目前,化合物1处于抗抑郁症的Ⅰ期临床开发阶段[3].药效学研究显示,与传统单作用靶点和双重作用靶点的抗抑郁药相比,化合物1可以缩短抑郁症治疗的起效时间,提高疗效,增加患者的依从性[4].因此,化合物1作为新型抗抑郁药的开发前景良好,关于它的合成研究也越来越引起人们的重视.     

氨基恶唑啉呫吨类BACE1抑制剂的特征结构与作用机制

β-分泌酶(BACE1)是治疗阿尔兹海默症(AD)的潜在靶点,BACE1抑制剂的开发已成为治疗AD的重要方向。本文运用比较分子相似性指数(CoMSIA)和分子对接法对66个氨基恶唑啉呫吨类BACE1抑制剂进行模拟分析,建立了可靠的构效关系预测模型(Q₂=0.86, R_ncv2=0.97, R_pre2=0.88),揭示了影响分子抑制活性的重要特征结构信息,发现抑制剂通过与BACE1之间形成的氢键作用和π-π堆积作用占据了分泌酶的S3、S1和S2"三个活性位点。实验所得模型和信息为后续新型高效BACE1抑制剂的结构优化和改造提供了重要的理论指导。     

一种磷酸酪氨酸拟似物类蛋白酪氨酸磷酸酶1B抑制剂的合成及体外活性评价

蛋白酪氨酸磷酸酶1B(PTP1B)是治疗2型糖尿病和肥胖症的新靶点.根据已报道的磷酸酪氨酸拟似物类PTP1B抑制剂A,通过计算机药物辅助设计,经Negishi偶联、亚磺酰亚胺烯醇式不对称加成及Dess-Martin氧化等11步反应成功合成了一个结构新颖的PTP1B抑制剂1,其对体外人重组PTP1B的半抑制浓度为54.17μmol?L-1.     

基于D-半乳糖衍生的小分子半乳糖凝集素抑制剂的合成及活性研究进展

半乳糖凝集素是一类能够特异性识别β-半乳糖苷结构的可溶性蛋白,广泛分布于正常组织和病变组织中,在细胞黏附、细胞凋亡、炎症反应和肿瘤转移等过程具有重要作用,是治疗肿瘤、炎症及神经性疾病等多种疾病的潜在靶点.根据衍生位点的差异,按照半乳糖单取代、双取代和多取代衍生物的顺序对近十多年来基于D-半乳糖衍生的小分子半乳糖凝集素抑制剂进行分类,总结了这些抑制剂的化学合成方法及活性研究进展,期望能为高活性和高选择性的半乳糖凝集素抑制剂的设计提供思路,为靶向半乳糖凝集素的新型药物开发提供参考.     

靶向VEGFR受体抑制剂齐墩果酸衍生物的合成及初步抗肿瘤活性研究

以天然产物齐墩果酸为母体,设计合成齐墩果酸衍生物,采用计算机辅助药物设计,对C-3、C-28位结构改造,设计合成12个未见文献报道的靶向VEGFR受体抑制剂; 采用噻唑蓝(MTT)法,用人肝癌细胞(HepG2)和乳腺癌细胞(MCF-7)对其进行初步体外抗肿瘤活性筛选;其结构经1H-NMR、13C-NMR谱确证。活性测试得出化合物I7、II1与阳性对照药相比有较强抑制作用,其抗肿瘤活性高于母体OA,分子对接结果显示I7和II1 与 VEGFR 受体具有较好的结合能力,值得进一步研究。     

2′,3′-乙氧甲撑基腺苷5′-硫代磷酰氨基酸酯的合成和谱学分析

核苷磷酰氨基酸酯化合物是一类倍受重视的药物 ,特别是它可作为寡聚核苷酸的类似物用于反义药物 [1] .HIV逆转录酶是治疗艾滋病的有效靶点 ,目前普遍使用的抗 HIV核苷类似物中 ,2′,3′-双脱氧核苷 (dd Ns)具有良好的疗效 [2 ] .苯氧基取代的核苷 -磷酰氨基酸酯是 HIV逆转录酶的有效抑制剂[3 ] ,其药物毒性比 dd Ns低 ,但容易在体内被核酸酶水解 .由于硫代磷酸对核酸酶具有抵抗性 ,它可以抑制核酸酶对它的水解 [4 ] ,因此我们设计合成了核苷 5′-硫代磷酰氨基酸酯化合物 ,希望开发出一种全新的 HIV逆转录酶抑制剂 .由于分子中引入氨基…     

4-氯-6-甲氧基-7-(N-甲基-4-哌啶甲氧基)喹唑啉的合成

凡德他尼(vandetanib)是由阿斯利康公司研发的口服小分子多靶点酪酸激酶抑制剂,可同时作用于肿瘤细胞EGFR、VEGFR和RET酪氨酸激酶[1,2],2006年1月获欧洲罕见病药品委员会(COMP)批准推荐,用于治疗髓甲状腺癌、乳腺癌、骨髓瘤等[3].     

新型吡啶苯磺酰胺联喹啉基异羟肟酸类PI3K/HDAC双靶点抑制剂的设计、合成和生物活性研究

多靶点药物已成为一种有广阔前景的药物,特别是对抗肿瘤药物的研发.基于候选药物GSK2126458和上市药物Vorinostat的结构特点,设计并合成了一系列新型的磷脂酰肌醇3-激酶(PI3Ks)和组蛋白脱乙酰酶(HDACs)双重抑制剂.生物活性研究发现,化合物GYB-4对PI3Kα和HDAC1的IC50分别为1.0和4.2nmol/L;化合物GYB-5对PI3Kα和HDAC1的IC50分别为1.3和4.8nmol/L.对所有化合物在HCT116,PC3和A2780细胞株上进行了增殖抑制活性研究,相关的构效关系研究将为PI3K和HDAC双靶点抑制剂的进一步优化提供思路.     

Combretastatin A-4衍生物的设计、合成及抗乳腺肿瘤活性初探

Combretastatin A-4(CA-4)是一个天然的秋水仙碱结合位点的微管蛋白抑制剂,具有抗肿瘤活性。PI3K信号通路是细胞内重要的信号转导通路之一,也是癌细胞中常见的异常表达信号通路。微管蛋白抑制剂和信号通路激酶抑制剂均为抗肿瘤药物研发的热点。设计、筛选并合成了具有秋水仙碱和PI3K双靶点的CA-4衍生物。利用SBDD技术,采用活性基团协作的方法,对CA-4进行秋水仙碱和PI3K双靶点结构改造。结合CA-4的构效关系,保留A环及3个甲氧基,以羰基取代连接双键碳以保证顺式构型,苯并呋喃环取代B环,B环侧链引入卤素增效,依据结合活性自由能打分值筛选出9种靶点活性高的衍生物进行分子对接分析及可视化分析,并通过碘代、溴代、Rap-Stoermer偶联反应和Heck偶联反应合成目标化合物CA-4,其结构经¹H NMR、¹³C NMR和MS确证。活性测试结果表明：目标化合物对乳腺癌MCF-7和MDA-MB-231 2种肿瘤细胞具有抑制作用。     

2',3'-双脱氢-2',3'-双脱氧胸苷(d4T)5'-硫代磷酰氨基酸酯的合成和谱学分析

HIV逆转录酶是治疗艾滋病的有效靶点，核苷-磷酰氨基酸酯是HIV逆转录酶的 有效抑制剂，但是这类化合物容易在体内被核酸酶水解。本研究设计合成了对核酸 酶具有抵抗作用的2',3'-双脱氢-2',3'-双脱氧胸苷5'-硫代磷酰氨基酸酯化合物， 这类化合物可以有效地透过细胞膜经过细胞激酶的作用，进入HIV逆转录酶的作用 位点，病毒实验表明该类化合物对MT-4细胞具有较好的抗HIV病毒活性。报道了2', 3'-双脱氢-2',3'-双脱氧胸苷5'-硫代磷酰氨基酸酯化合物的合成，及利用NMR， IR和ESI-MS谱进行的结构表征和构象分析。     

非核苷类HCV NS5B聚合酶抑制剂

全球约有1.7亿人感染丙型肝炎病毒(HCV),至今尚无有效的疫苗和治疗药物。目前干扰素-α和利巴韦林联用抗HCV 的标准治疗方案存在严重不良反应。近年来,新型抗HCV的研究主要集中于针对病毒感染的特异性靶点寻找新的抑制剂。NS5B聚合酶因其在HCV RNA基因组复制中的关键性作用,是目前抗HCV药物设计的重要靶点之一。NS5B聚合酶抑制剂可分为核苷类抑制剂(NIs)和非核苷类抑制剂(NNIs)。自从第一个NS5B NNIs苯并咪唑类化合物被报道以来,大量不同结合位点NS5B NNIs相继被报道,一些化合物在临床研究中表现出了可喜的疗效。本文综述了苯并噻二嗪类、苯并咪唑类、吲哚类、噻吩羧酸类、喹啉酮类、二氢吡喃类和二酮酸类等 NS5B NNIs的研究进展,旨在为该类抑制剂的开发研究提供参考。     

新型吡啶苯磺酰胺联喹啉基异羟肟酸类PI3K/HDAC双靶点抑制剂的设计、合成和生物活性研究（英文）

多靶点药物已成为一种有广阔前景的药物,特别是对抗肿瘤药物的研发.基于候选药物GSK2126458和上市药物Vorinostat的结构特点,设计并合成了一系列新型的磷脂酰肌醇3-激酶(PI3Ks)和组蛋白脱乙酰酶(HDACs)双重抑制剂.生物活性研究发现,化合物GYB-4对PI3Kα和HDAC1的IC50分别为1.0和4.2nmol/L;化合物GYB-5对PI3Kα和HDAC1的IC50分别为1.3和4.8nmol/L.对所有化合物在HCT116,PC3和A2780细胞株上进行了增殖抑制活性研究,相关的构效关系研究将为PI3K和HDAC双靶点抑制剂的进一步优化提供思路.     

人类蛋白激酶组的多靶点分子对接系统

蛋白激酶在信号转导、基因转录和蛋白翻译等生物过程起关键性作用,因而与大量人类疾病密切相关。所以,蛋白激酶的抑制剂筛选是抗肿瘤药物开发的热点,正在向基于全激酶组的高通量多靶点筛选模式发展。为了降低大规模实验筛选的成本,提高成功率,本文构建人类蛋白激酶组的多靶点分子对接系统,对抑制剂-激酶组的相互作用进行预测。我们首先利用同源模建方法,对人类激酶组约500个激酶变异体的催化域进行结构建模;接着以催化域结构模型为受体,用已知激酶抑制剂进行分子对接,对抑制剂与各激酶变异体的结合亲和力进行了定量计算。结果显示,本文所建立的多靶点分子对接系统可以准确预测抑制剂与激酶变异体的相互作用,结合自由能的计算值与实验值有很强的相关性。所以,该分子对接系统可用于多靶点激酶抑制剂的计算筛选,为激酶抑制剂开发与抗肿瘤药物设计提供理论依据。     

环肽类组蛋白去乙酰化酶抑制剂

组蛋白去乙酰化酶抑制剂是一类以组蛋白去乙酰化酶为靶点的新型靶向抗肿瘤药物,在抗增殖、促凋亡、促分化、阻滞细胞生长周期、抗血管生成等方面有很好的作用。组蛋白去乙酰化酶抑制剂以其独特的抗肿瘤作用机理,在研发肿瘤治疗药物中占有重要地位。在组蛋白去乙酰化酶抑制剂分类中,环肽类抑制剂结构最为复杂,对多种类型的实体瘤及血液学癌细胞均具有良好的对抗作用。本文针对天然和化学合成的环肽类组蛋白去乙酰化酶抑制剂中金属结合区、表面识别区以及连接区的结构特点进行了综述,并描述了各类抑制剂对酶的抑制活性和抗肿瘤增殖活性。对抑制剂不同结构区的修饰、改造可以使抑制剂对不同肿瘤细胞具有高效性和特异性作用,通过构效关系研究寻找具有高效低毒、靶向性环肽类抑制剂的结构规律,可为研究开发抗肿瘤药物提供帮助。     

基于流式微球分析技术的超高灵敏度蛋白激酶活性分析

蛋白激酶引发的蛋白质磷酸化在细胞信号转导过程中发挥着极其重要的调控作用。研究表明,众多的人类疾病和蛋白激酶的活性异常密切相关,蛋白激酶也因而成为治疗癌症、炎症和其它免疫调控紊乱等复杂性疾病的重要药物靶点,开发、筛选小分子蛋白激酶活性抑制剂是当前新药研发的重要方向。因此,建立操作简单、成本低廉、灵敏度高的蛋白激酶活性检测方法是实现以蛋白激酶为靶点进行疾病诊断及新药开发的先决条件。传统激酶活性分析方法主要是依赖放射性32P标记或对特定磷酸化     

电化学发光分析法测定糖尿病相关二肽

将纳米金粒子负载于氧化铟锡导电玻璃(ITO)表面作为电化学发光(ECL)工作电极,建立了简单、快速测定二肽的方法.采用透射电镜、扫描电镜、电化学和光谱等技术方法表征材料和所制备电极的性能.在最优条件下,组氨酸-丙氨酸二肽分子(His-Ala)对鲁米诺在此电极上的ECL有显著的猝灭作用,从而可以对二肽进行检测.在2.44×10-11~1.22×10-7 mol/L浓度范围内,ECL响应和二肽浓度有良好的线性关系,检出限为2.42×10-12 mol/L(S/N=3).人体内胰高血糖素样肽-1(GLP-1)在二肽基肽酶IV(PDD-IV)作用下失去活性并释放出同量的His-Ala二肽,因此,本方法可通过测定血液中二肽浓度间接测定GLP-1,以及评估PDD-IV和其抑制剂的活性.上述DPP-IV抑制剂可调节2型糖尿病人血液GLP-1在正常水平,是糖尿病研究和治疗中具有潜在价值的药物设计靶点.     

二氢异喹啉类BACE1抑制剂的特征结构及结合模式研究

β-分泌酶(BACE1)是水解淀粉样前体蛋白生成β-淀粉样多肽的关键限速酶,近年来已成为治疗阿尔茨海默症的一个理想靶点。本文以34个二氢异喹啉类BACE1抑制剂为研究对象,采用比较分子相似性指数(CoMSIA)法定量研究其结构与生物活性间的构效关系,并建立可靠的3D-QSAR预测模型,运用分子对接法分析其与受体BACE1间的结合模式。结果显示,基于立体场、疏水场和氢键供体场建立的CoMSIA模型稳定性良好、预测能力强(Q~2=0.47,R_(ncv)~2=0.93,R_(pre)~2=0.95)。本研究所得模型和信息较好地解释了二氢异喹啉类BACE1抑制剂的结构特征及其与受体间的结合模式,为后续新型BACE1抑制剂的设计开发提供理论指导。     

复方心可舒治疗冠心病多靶点作用的分子对接

心可舒为治疗冠心病的常用中药复方,临床疗效确切,但是其效应物质基础和作用机制一直没有得到明确的解释.本文以从心可舒中直接鉴定出的51个化学成分和过氧化物酶体增生物激活受体γ(PPAR-γ),血管紧张素I转化酶(ACE),羟甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR),环氧合酶2(COX-2)以及凝血酶(thrombin)等5个冠心病相关靶点为研究对象,采用LibDock和AutoDock2种分子对接程序联合对接的方法对以上化学成分和靶点的相互作用进行探讨.首先用均方根偏差(RMSD)和富集因子(EF)考察了2种程序对于5个靶点受体配体结合体系的适用性,进而发现当2种程序联合使用时,各靶点的富集因子较程序单独使用时有明显的提高,因而最终使用LibDock和AutoDock联合进行筛选.计算结果表明心可舒中的葛根苷A、葛根苷B、丹酚酸A和丹酚酸C4个化合物可能作用于2个或者2个以上的靶点,另外还有8个化合物能够分别作用于5个靶点的其中1个靶点.本研究初步阐释了心可舒多靶点作用的分子机制,为心可舒的后期开发提供了一定的参考.