二氧化钚分子的多体展式势能函数

从导出基态PuO2分子的电子状态X5Σ g正确地判断其离解极限出发,采用MP2方法,应用相对论有效原子实模型(RECP)优化出PuO2(X5Σ g)分子稳定构型为线性OPuO(D∞h),其平衡核间距Re=0.18004nm.同时也计算出振动频率,并优化出存在亚稳态的Pu-O-O(C∞v)构型.使用多体项展式理论方法,导出了基态PuO2分子的分析势能函数.该势能表面准确地再现了O-Pu-O(D∞h)平衡结构和亚稳态的Pu-O-O(C∞v)构型.然后根据势能函数等值图讨论了O(3Pg) PuO反应的势能面静态特征.     

RuN2分子结构和振动光谱的理论研究

使用钌原子相对论有效原子实势LanL2dz和密度泛函理论B3LYP方法对RuN2分子结构与分子光谱进行理论研究。结果表明RuN2分子基态为线性C∞v端配结构,基态电子态为3△,平衡几何为RRu-N=0.1910 nm,RN-1=0.1120 nm。同时首次计算给出各种稳定结构的振动频率,红外强度,拉曼活性与退极化率和偶极矩。     

PuOn+的势能函数的稳定性

用密度泛函B3LYP方法对PuOn+（n=1,2,3）分子离子进行了理论研究,结果表明,PuO+\PuO2+分子离子能稳定存在,电子状态是Χ6Σ-(PuO+)、Χ5Σ-(PuO2+)、9Σ-(PuO2+)、7Σ-(PuO2+).导出了相应的几何性质、力学性质和光谱数据,PuO3+分子离子不能稳定存在。     

SiC(X~3Ⅱ)的结构与势能函数的从头计算

应用密度泛函理论B3LYP和B3P86以及组态相互作用方法 CCSD,CCSD(T),QCISD和QCISD(T),采用6-311g,6-311G(df),6-311+G(d,p),6-311++G(3df,3pd),aug-cc-pvdz和D95(d)多种基组,优化计算了SiC分子的平衡结构和能量.通过优化计算结果和实验数据R=0.171 82nm进行对比,选择B3LYP/6-311G(df),CCSD/6-311G(df)和QCISD/6-311G(df)方法对SiC(X3Ⅱ)分子进行单点能扫描,同时计算其光谱参数(Be,αe,ωe,ωexe)和力常数(f2,f3,f4),这些计算结果与实验数值相吻合,为研究SiC/SiC复合材料提供了理论数据参考.     

D2dC36的二聚体的结构和稳定性

用密度泛函理论(DFT)B3LYP方法,在6-31G*水平上系统研究了具有D2d对称性的C36分子形成的二聚体(C36)2的可能的稳定结构及其稳定性.结果表明,两个C36的六元环面对面、由两个C(2)-C(2)连接而成且具有C2v对称性的结构的能量最低.在所研究的二聚体(C36)2中,C36笼间键长在1.530×10-1～1.660×10-1 nm范围内,说明C36单体间仍以共价键结合.(C36)2的稳定性以及笼间键长与成键原子的位置密切相关.本文还给出了计算所得(C36)2的电子结构,并讨论了其对(C36)2性质的影响.此外,在B3LYP/6-31G*水平上对最稳定的二聚体C2v(C36)2结构作了振动频率分析,并对振动光谱特征进行了讨论.     

氯代苯阳离子的密度泛函理论研究

采用B3LYP方法及6-311G(d,p)和6-311+G(d,p)基组,对12种氯代苯阳离子进行了理论研究,优化其电子基态的结构,计算了对应分子的垂直电离势(VIP)和绝热电离势(AIP).依据Jahn-Teller理论,确定了1,3,5-C6H3Cl3+和C6Cl6+离子分别具有C2v(2B1)和D2h(2B2g)结构(对应分子分别为D3h和D6h结构).其余10个离子的构型的对称点群与对应分子相同,但构型参数值有明显差别.用B3LYP方法计算的各氯代苯分子的垂直电离势和绝热电离势与实验值符合得很好.     

氟代苯阳离子的理论研究

用B3LYP方法及6-311G(d，p)和6-311 G(d，p)基组，对十二种氟代苯阳离子做了理论研究，优化了它们的电子基态的结构，计算了对应分子的垂直电离势(VIP)和绝热电离势(AIP)．依据Jahn．Teller理论，计算确定了1，3，5-C6H3F^ 3和C6F^ 6离子分别具有C2v(2↑B)和D2h(2↑B2g)结构(对应分子分别为D3h和D6h结构)．其余十个离子的构型的对称点群与对应分子相同，但构型参数值有明显差别．自然布居分析计算表明这些离子的正电荷主要分布在与F原子相连的C原子和各H原子上．B3LYP／6-311 G(d，p)级别上计算的各氟代苯分子的VIP和AIP值和实验值符合得很好．     

C_3O_2分子结构和光谱的密度泛函理论研究

使用密度泛函理论,在B3LYP/6-31G(d)和B3LYP/6-311G(2d)水平上,研究了C_3O_2分子的可能几何构型,并在6-31G(d)水平上计算了其中2种总能量最小的构型的振动频率,同时与实验观察值进行了比较, 计算结果当C_3O_2分子具有C2v对称性的W型弯曲结构（键角C－C－C和C－C－O分别为162.3°和178.8°）时,振动频率的计算值和实验观察值非常吻合。     

基态UC2分子的结构和势能函数

采用密度泛函理论(DFT)的B3LYP方法和相对论有效原子实势理论模型(RECP),对UC2分子可能的结构进行优化计算,得到UC2分子稳定构型为角形C-U-C(C2v);由微观可逆性原理,判断了UC2分子的离解极限;并且导出了基态UC2分子(X 5B1)的多体项展式势能函数,其势能面等值图展现了C-U-C(C2v)稳定结构;根据势能面等值图,讨论了C+UC(X 3П)反应和U+C2(X 1∑+g)反应的势能面静态特征.     

InnNa和InnNa+(n=2-8)的团簇结构和电子性质

在密度泛函理论B3LYP水平上, 对InnNa和InnNa+(n=2-8)团簇进行了结构优化和振动频率计算. 计算结果表明, InnNa(n=2、3、4、6)最稳定结构中的对称性分别为C2v、C3v、C4v和C2v, 而InnNa(n=5、7、8)的最稳定结构的对称性为C1点群. 从InnNa(n=4-8)的最稳定结构可以看出, Na原子均位于四个In原子形成的四边形面上. 对于InnNa+(n=2-8), 除了In2Na+、In4Na+和In7Na+, 其它结构都与其中性结构相似. 进一步计算InnNa(n=2-8)团簇的平均结合能、能量的二阶差分以及绝热电离能表明, InnNa(n=2-8)团簇能量的二阶差分呈现奇偶交替特征, In4Na和In6Na较其它团簇更为稳定, 而且理论计算得到的绝热电离能和实验结果吻合得很好.     

Photosynthesis and Molecular Structure of2—Amino—3H—phenoxazin—3—one

1 INTRODUCTION 2-Amino-3H-phenoxazin-3-one (APX) is related to the naturally occurring antineoplastic actinomycin D and has been used as a chemical model of actinomycin D[1]. Usually APX is synthesized from 2-aminophenol with the phenoxazinone synthase in human body[2]. A variety of artificial synthesis methods of APX via the oxidation of 2-aminophenol have also been reported, but each method needs some artificial condition such as chemical catalysis[3～7], natural enzyme[8], UV…     

Molecular Docking and 3D-QSAR Research of Biphenyl Carboxylic Acid MMP-3 Inhibitors

The molecular docking by LigandFit docking of Discovery Studios 2.5 was employed to the three-dimensional quantitative structure-activity relationship(3D-QSAR) studies of biphenyl carboxylic acid MMP3 inhibitors.A significant correlation coefficient was obtained between dock scores and biological activities.Based on the optimal docking conformations,3D-HoVAIF was employed to the QSAR studies of 51 biphenyl carboxylic acid MMP-3 inhibitors.R2 and Q_CV2(leave-one-out,LOO) of the optimal 3D-HoVAIF-PLS model were 0.873 and 0.841 respectively.The conclusions obtained from the PLS analysis were in agreement with the docking results.     

趋化因子CCR2的同源模建,分子对接和3D-QSAR研究

趋化因子CCR2参与炎症反应、免疫移植排斥和肿瘤的发生,已成为新的研究热点。本文以CCR5的晶体结构为模板,同源模建CCR2的结构,并用CCR2小分子抑制剂与其进行分子对接以得到小分子的最优构象。在对接叠合的基础上建立了QSAR模型,采用比较分子场分析(Co MFA)以及比较分子相似性分析(Co MSIA)研究得到Co MFA和Co MSIA模型最佳评价参数分别为q2=0.743,r2=0.968和q2=0.68,r2=0.978。3D-QSAR模型的等势图分析表明,改造配体R3基团可提高化合物活性。所建模型稳定性好、预测性强,对基于CCR2的小分子抑制剂的设计、优化和改造提供了参考。     

HIV-1逆转录酶抑制剂的3D-QSAR研究及分子设计

采用Topomer Co MFA方法对24个二芳基苯胺衍生物进行三维定量构效关系研究,建立了3DQSAR模型,所得优化模型的非交叉相关系数、交互验证系数以及外部验证的复相关系数分别为0.928,0.654和0.940,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力。采用分子对接技术对药物与受体的作用机制进行了研究,结果显示,药物与HIV-1逆转录酶的LYS172,GLU138,LYS101等位点作用明显。运用这些信息进行分子设计,在理论上获得了一些具有较高活性的新的二芳基苯胺类抗艾滋病药物,该QSAR的研究结果可为新药合成提供理论参考。     

DCN1-UBE2M相互作用抑制剂的3D-QSAR、分子对接和分子动力学研究

类泛素化是一种蛋白质翻译后修饰,其异常会导致神经退行性疾病和多种肿瘤的发生,因此它被视为有希望的抗肿瘤靶标。研究表明,抑制DCN1-UBE2M相互作用可选择性阻遏类泛素化。本文基于哌啶基脲类DCN1-UBE2M相互作用抑制剂进行3D-QSAR、分子对接和分子动力学模拟研究。利用3D-QSAR中的CoMFA和CoMSIA方法构建了相关模型,其交叉验证系数q~2分别为0.686、0.682,拟合验证系数r~2分别为0.966、0.931,表明模型是可靠的且预测能力较好。接着运用分子对接分析哌啶基脲类化合物与DCN1的相互作用,结果表明,它们主要通过氢键和疏水作用与靶蛋白结合。通过分子动力学模拟研究进一步了解结合模型和验证对接结果。本文所得的研究结果可为今后此类化合物的结构优化提供有效信息。     

表面功能化的介孔分子筛SBA-3的表征

采用γ-氨丙基三乙氧基硅烷（AM）,通过表面硅烷化反应,对脱模板后的纯 硅六方介孔分子筛SBA-3进行了表面功能化,并通过XRD,TEM,低温N_2吸附, FTIR和吸附染料分子的UV-vis漫反射光谱等对功能化样品的结构、孔性质和表面极 性等进行了详细表征。结果表明,功能分子锚接后,样品的六方结构基本保持。样 品的表面硅羟基由于被消耗而明显减少,导致表面极性降低。另外,由于功能分子 占据了部分孔道空间,样品的孔容、表面积和孔径下降。     

Molecular structure of 1-phenyl-2-trifluoromethyl-3-benzoylaziridine

1-Phenyl-2-trifluoromethyl-3-benzoylaziridine has been studied by X-ray structural analysis. Protons of the aziridine cycle are intrans positions. The C(1)-N(1) bond is the shortest of the corresponding bonds in aziridine derivatives, which have been studied by X-ray structural analysis previously.Translated fromIzvestiya Akademii Nauk. Seriya Khimicheskaya, No. 10, pp. 1975–1977, October, 1995.     

酪氨酸蛋白磷酸酯酶1B抑制剂的分子对接和三维定量构效关系研究

用一种柔性分子对接方法(FlexX)将12个2-草酰胺苯甲酸类抑制剂和酪氨酸蛋白磷酸酯酶(PTP1B)活性口袋进行分子对接,对接程序预测的抑制剂和酶之间的相互作用能与抑制活性之间有很好的相关性(非线性相关系数R²达0.859),这说明对接结果可以比较准确地预测抑制剂和PTP1B之间的结合模式.然后,将33个同类抑制剂的骨架叠合在分子对接预测的结合构象上,用比较分子力场分析方法(CoMFA)对其进行三维定量活性构效关系研究,得到的CoMFA模型具有很好的统计相关性(交互验证回归系数q²为0.650),并可以准确地预测测试集6个化合物的活性(平均标准偏差为0.177).同时,由CoMFA模型得出的抑制剂改造信息与用FlexX预测的结合模式是一致的,进一步证明我们预测的结合模式是正确的.为研究这类抑制剂和PTP1B的结合模式及对抑制剂进行结构改造提供了信息.     

Agonist–PPARγ interactions: Molecular modeling study with docking approach

Docking simulation of 18 agonists with the ligand binding pocket (LBP) of PPARγ has been performed. The binding conformations and binding affinities of these agonists were obtained by use of the flexible docking protocol FlexX. Test compound calculations indicated that FlexX can reproduce the binding conformation of the crystal structure (root mean square deviation = 1.43 Å); moreover, the predicted binding affinities correlate well with the activities of these agonists. The interaction model and pharmacophore of PPARγ agonists were derived and the difference in biologic activities of these agonists can be well explained. The PPARγ agonists must have both polar head and the hydrophobic tail, which form hydrogen bonds and hydrophobic contacts with hydrophilic and hydrophobic regions of the LBP of PPARγ, respectively. In addition, a suitable linker is also necessary. © 2003 Wiley Periodicals, Inc. Int J Quantum Chem 93: 405–410, 2003     

ITQ-3分子筛中二元混合分子扩散性质的模拟

采用平衡分子动力学方法先是模拟研究了纯组分Ar、SF_6以及CF4在ITQ-3分子筛中的扩散行为,结果表明,在窄孔道中Ar的扩散系数随负载的增加呈现先增加再减小的变化趋势,在宽孔道中则随负载逐渐减小。纯组分的大分子SF_6以及CF4只在y方向扩散,扩散系数与小分子在z方向的变化规律一致。随后,又模拟了二元混合组分SF_6和CF4在ITQ-3分子筛中的扩散行为,模拟结果与各自纯组分SF_6和CF4进行了对比,发现二元混合的SF_6和CF4整体变化趋势与其单组分保持一致,在y方向的扩散系数都是随着负载的增加而先增大后减小,但是两者之间还存在一种相互作用,使得在整个负载范围内扩散较快的CF4的扩散系数比纯组分的扩散系数相对小一些,而纯组分时扩散相对缓慢的SF_6在二元混合中的扩散系数则相对增大。