基于MPI的分子对接并行算法

基于消息传递接口(Message Passing Interface,MPI),用两种不同的并行程序设计方法对Autodock程序进行修改.将修改后的程序应用于HIV-1蛋白酶(Protease)和小分子抑制剂XK263的对接体系,测试了并行程序的加速比和并行效率.结果表明,两种改进的并行Autodock程序都可以很好地完成计算,尤其是方案Ⅱ并行程序的加速比和并行效率更高.     

基于吡咯烷与正丁烷类衍生物CCR5拮抗剂的药效团模型构建

吡咯烷与正丁烷类CCR5(化学趋化因子受体5)拮抗剂可通过抑制人类免疫缺陷病毒(HIV-1)包膜蛋白与CCR5的相互作用而阻断病毒进入细胞. 本文使用已知拮抗剂结构和活性信息构建了一个三维药效团模型. 按照Catalyst/HypoGen模块的要求, 选择了25个结构和活性均具备差异性的分子作为药效团产生的训练集. 其中训练集分子以IC50值表示的生物活性值跨度为0.06到10000 nmol·L-1. 最好的药效团模型(Hypo 1)由两个正离子化特征以及三个疏水特征组成, 训练集预测相关系数为0.924, 均方根偏差为1.068. 模型用于预测由74个分子组成的测试集化合物活性, 结果表明模型可以提供较好的活性预测结果并用于新的拮抗剂的设计.