| 基于MPI的分子对接并行算法 |
| |
| 引用本文： | 常珊,孔韧,李春华,陈慰祖,王存新.基于MPI的分子对接并行算法[J].计算物理,2008,25(2):241-246. |
| |
| 作者姓名： | 常珊 孔韧 李春华 陈慰祖 王存新 |
| |
| 作者单位： | 北京工业大学生命科学与生物工程学院,北京,100022 |
| |
| 基金项目： | 国家自然科学基金
,
北京市自然科学基金 |
| |
| 摘 要： | 基于消息传递接口(Message Passing Interface,MPI),用两种不同的并行程序设计方法对Autodock程序进行修改.将修改后的程序应用于HIV-1蛋白酶(Protease)和小分子抑制剂XK263的对接体系,测试了并行程序的加速比和并行效率.结果表明,两种改进的并行Autodock程序都可以很好地完成计算,尤其是方案Ⅱ并行程序的加速比和并行效率更高.
|
| 关 键 词： | 分子对接 拉马克遗传算法 消息传递接口 |
| 文章编号： | 1001-246X(2008)02-0241-06 |
| 修稿时间： | 2006年11月29 |
Molecular Docking Parallel Approaches Based on MPI |
| |
| CHANG Shan,KONG Ran,LI Chunhua,CHEN Weizu,WANG Cunxin.Molecular Docking Parallel Approaches Based on MPI[J].Chinese Journal of Computational Physics,2008,25(2):241-246. |
| |
| Authors: | CHANG Shan KONG Ran LI Chunhua CHEN Weizu WANG Cunxin |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | molecular docking Lamarckian genetic algorithm message passing interface |
| 本文献已被 CNKI 维普 万方数据 等数据库收录！ |
|
