基于几何不变量的蛋白质三维分子结构比对

为了解决蛋白质三维结构比对需要处理大量的旋转、平移变换，直接用动态规划将变得十分繁琐这一问题，在保留蛋白质空间结构属性特征的基础上，对蛋白质三维数据进行了预先的处理．通过计算蛋白质结构在旋转和平移下的几何不变量，将蛋白质的三维结构坐标变换为具有旋转、平移不变性的一维序列．进一步给出了“距离”以及“相似得分”的定义．在此基础上采用动态规划方法给出了新的蛋白质结构比对算法．对专家分类的蛋白质结构数据库进行测试，结果显示准确、快速．     

空间随机行走比对问题的动态规划算法

受计算生物学中两个蛋白质结构比对问题的启发,定义了三维空间随机步以及两个随机步同构等的概念.研究了步长为k的随机步非同构意义下的个数.最后提出了两个非同构随机步对齐的优化问题,通过研究随机步的同构,采用动态规划给出了将一个随机步对齐到另一个随机步所需最少的操作步数的算法.