连续格上的分析性质

在完备格中给出两个收敛性定义并且证明了这两个收敛性定义是等价的。把连续格和诱导拓扑与积拓扑的等价性建立了联系,并讨论了连续格上的拓扑性质。     

基于分子描述符和机器学习方法预测和虚拟筛选MMP-13对MMP-1的选择性抑制剂

基质金属蛋白酶-13(MMP-13)为预防和治疗骨关节炎(OA)提供了充满希望的靶标.通过抑制剂来阻断MMP-13的活性将会对治疗OA疾病产生潜在的作用.然而,宽谱抑制剂同样抑制MMP家族的其它成员,特别是MMP-1,这将会导致肌与骨的综合症.因此,设计和发现潜在的MMP-13相对于MMP-1的高效选择性抑制剂,在对治疗OA新型药物的研发中具有相当重要的现实意义.本研究通过两种机器学习方法(ML):支持向量机(SVM)和随机森林(RF)来建立分类模型,用于预测不同结构的MMP-13对MMP-1的选择性抑制剂.所建这些模型的预测效果都已经达到了令人满意的精度.在这两种ML模型中,RF对于MMP-13选择性抑制剂和非抑制剂的精度分别达到97.58%和100%.同时,与MMP-13对MMP-1的选择性抑制最相关的分子描述符也基于不同的特征选择方法被两种模型挑选出来.最后,用预测效果最好的RF模型虚拟筛选了ZINC数据库的"fragment-like"子集,从而得到了一系列潜在的候选药物.研究表明,机器学习方法,特别是RF方法,对于发现潜在的MMP-13选择性抑制剂十分有效.同时还得到了一些与MMP-13的选择性抑制相关的分子描述符.     

脂肪酰胺水解酶催化三联体膦酰化失活的机理：一个模型体系的理论研究

甲基花生四烯基氟代膦酸酯(MAFP)是脂肪酰胺水解酶(FAAH)的一个抑制剂. FAAH的丝氨酸241(Ser241)-丝氨酸217(Ser217)-赖氨酸142(Lys142)催化三联体被MAFP膦酰化后将导致FAAH失活. 本文采用B3LYP/6-311G(d,p)和MP2/6-311G(d,p)方法及一个简化的计算模型体系对这个膦酰化抑制反应进行理论研究. 考虑了两种反应途径. Path A涉及FAAH的催化三联体的所有残基, 是一个分步的加成-消除过程, 形成两性离子的三角双锥中间体, 其中第一步反应是决速步骤. 在这个反应途径中, Ser217和Lys142对亲核试剂Ser241起到碱催化活化的作用, 而Ser217充作Lys142和Ser241之间的桥梁. 此外, 溶剂中的一个水分子作为Lys142和MAFP间的“氢桥”具有关键的作用, 通过给出和接收质子促进了长距离的质子转移. Path B是催化三联体中的残基Lys142被突变为丙氨酸以后的膦酰化反应, 也是一个分步过程. 水的本体溶剂效应通过极化连续介质模型(PCM)估算. 计算结果显示膦酰化反应的Path A是优势途径, 在水溶液中其决速步骤的活化能垒为64.9 kJ·mol-1. FAAH催化三联体中残基Lys142的变异会降低膦酰化反应的速率, 这与实验结果相一致.     

基于机器学习方法的激素敏感脂肪酶抑制剂活性预测(英文)

脂肪组织中,激素敏感脂肪酶(HSL)被认为是调节脂肪酸代谢的关键限速酶.HSL在糖尿病的发病过程中起重要作用,抑制HSL活性有助于糖尿病的治疗,因此探索新颖的HSL抑制剂成为当前研究的热门.在激素敏感脂肪酶的作用机制和三维结构缺乏的情况下,需要发展预测HSL抑制剂的方法.本文采用几种机器学习方法(支持向量机(SVM)、k-最近相邻法(k-NN)和C4.5决策树(C4.5DT))对已知的HSL抑制剂与非抑制剂建立分类预测模型.252个结构多样性化合物(123个HSL抑制剂与129个HSL非抑制剂)被用于测试分类预测系统,并用递归变量消除法选择与HSL抑制剂相关的性质描述符以提高预测精度.本研究对独立验证集的总预测精度为75.0%-80.0%,HSL抑制剂的预测精度为85.7%-90.5%,非HSL抑制剂的预测精度为63.2%-68.4%.支持向量机方法给出最好的总预测精度(80.0%).本研究表明支持向量机等机器学习方法可以有效预测未知数据集中潜在的HSL抑制剂,并有助于发现与其相关的分子描述符.     

二苯基乙二酮结构和电子光谱的理论研究

基于二苯基乙二酮结构优化,在TD-B3LYP/6-31+G*水平上讨论了两个异构体在气相和液相中的吸收和发射光谱.溶液中的计算采用可极化连续介质模型.结果表明,溶剂极性增加更有利于顺式非平面构型的形成,两个异构体的T1和S1态以及顺式非平面结构的S2态都源于双羰基上的n→π*.     

氟磺酸氟振动光谱的从头算

采用从头算HF／SCF方法以6-31G基组研究了FOSO2F分子的几何结构、振动谐性力场和红外光谱强度．理论力场由Pulay的标度量子力学方法进行标度,计算得到的振动频率与实验值比较平均偏差为6．3cm-1．根据振动频率的势能分布和从头算红外光谱强度值对此分子的振动基频进行了理论归属．     

N,N-二甲基-N′-(2′, 3′-二脱氧-3′-硫代胞苷)甲脒水解机理的理论研究

采用密度泛函理论B3LYP/6-31+G(d, p)方法研究了 N,N-二甲基-N′-(2′,3′-二脱氧-3′硫代胞苷)甲脒(甲脒-3TC)分子在气相和水溶液中的水解反应机理. 考虑了两条可能的反应途径: 水分子首先进攻C=N双键的途径(Path A)和先进攻C—N单键的过程(Path B). 计算结果表明气相中两条途径的第一步均是速率控制步骤, Path A比Path B更有利. 采用自洽反应场极化连续模型(CPCM模型)在B3LYP/6-31+G(d, p)水平上研究了反应体系在水溶液中的溶剂化效应. 溶液中第一条途径Path A仍是最优途径.     

光CLAISEN重排反应的非绝热分子动力学研究

采用Ｈｕｃｋｅｌ－Ｈｕｂｂａｒｄ理论构造了协同的Ｃｌａｉｓｅｎ重排反应的Ｈｕｃｋｅｌ和Ｍｏｂｉｕｓ两种反应途径的基态和低激发态势能面，并用非绝热分子动力学理论的经黄轨迹方程结合Ｌａｎｄａｕ－Ｚｅｎｅｒ模型，计算了从Ｓ１→Ｓ０非绝热耦合项，讨论了热反应的立体选择性和光化学的应的非绝热相互作用问题。     

Ab initio studies on vibrational spectra of XSO_2NCO (X=F,Cl):harmonic force fields and frequency assignments

ＴｈｅｆｌｕｏｒｏｓｕｌｆｏｎｙｌｉｓｏｃｙａｎａｔｅａｎｄｃｈｌｏｒｏｓｕｌｆｏｎｙｌｉｓｏｃｙａｎａｔｅｍｏｌｅｃｕｌｅｓａｒｅｔｈｅｍｏｓｔｒｅａｃｔｉｖｅｍｏｌｅｃｕｌｅｓｆｏｒｔｈｅｔｒａｎｓｆｅｒｅｎｃｅｏｆｔｈｅＮＣＯｇｒｏｕｐａｎｄａｒｅｖｅｒｙｉｍｐｏｒｔａｎｔｉｎｓｙｎｔｈｅｔｉｃｃｈｅｍｉｓｔｒｙ.Ｄｕｅｔｏｔｈｅｉｒｖｅｒｓａｔｉｌｉｔｙｉｎｃｈｅｍｉｃａｌｒｅａｃｔｉｏｎｓ,ｔｈｅｙｈａｖｅａｌｓｏｂｅｃｏｍｅｔｈｅｓｕｂｊｅｃｔｏｆｍａｎｙｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｓｔｕｄｉ…     

SYNTHESIS OF POLY(VINYLIDENE FLUORIDE) WITH LOW CONTENTS OF HEAD-TO-HEAD CHAIN

The relations between polymerization conditions of vinylidene fluoride and contents of head-tohead chain in the polymer have been studied. It shows that the contents of head-to-head chain of the polymer are related to its polymerization temperature, but are not related with the kinds of initiators used. Therefore, poly(vinylidene fluoride) with low contents of head-to-head chain (ca. 3%) can be prepared under lower polymerization temperature. Plot of the contents of A chains against melting points of the polymer is linear, which can be expressed by an equation: A=24.8 + 0.362 T_m(%).