鳞状上皮细胞癌抗原2与组蛋白G的柔性对接研究

蛋白质与蛋白质间的相互作用在生物体内具有极其重要的意义 .确定蛋白质间的相互作用的机制对生物调节和药物设计都是关键的步骤 .近年来 ,随着计算机和软件技术的发展 ,使建立蛋白质 -蛋白质复合物模型成为可能 ,为研究蛋白质间的相互作用提供了直观和比较准确的参考 .目前的蛋白质 -蛋白质对接软件将对接的两个蛋白质看成刚性 ,并不考虑蛋白质对接时的柔性 ,即没有考虑由于界面氨基酸间的相互作用而导致的界面结构的变化 .本文在直接的蛋白质 -蛋白质刚性对接的基础上 ,应用动力学模拟的方法 ,对刚性对接的结构进行蛋白质界面的构象搜索 ,…     

自由基C69N及双体(C69N)2结构和电子光谱的理论研究

用INDO系列方法对自由基C₆₉N(Cs)及双体(C₆₉N)₂(C₂h)进行了理论研究,结果表明:笼骨架上N的掺入使C₇₀笼发生畸变,N向笼外突出,与氮相连的碳(6-6环上的C)自旋密度较大,2个C₆₉N自由基在这个碳上以C-C单键连接,形成双体为C₂h对称性,N与附近的3个碳均以单键连接,并不断开。理论计算的电子光谱与实验吻合较好,(C₆₉N)₂易分解为单体C₆₉N.     

双笼羰基化合物C120CO的理论研究

用INDO系列方法对双笼化合物C₁₂₀CO进行了理论研究,结果表明,C₁₂₀CO中O具有较大的电负性,在此位置可形成氢键.分子内电荷转移较大,非线性光学系数可能较大.C₁₂₀CO的电子光谱与C₁₂₀CH₂和C₁₂₀O的相似.     

C~4~0, C~4~0^+, Nb@C~4~0^+, NbC~3~9^+, Nb@C~4~0H~4^+的 量子化学研究

用量子化学从头计算方法研究了C~4~0,C~4~0^+,Nb@C~4~0^+,NbC~3~9^+,Nb@C~4~0H~4^+的几何构型、电子结构和C~2~8一样,C~4~0(T~d)基态也为^5A~2态,笼骨架上具有四个悬挂键。计算结果表明C~4~0和C~4~0^+比NbC~3~9^+和Nb@C~4~0^+稳定,与实验结果一致。     

C~1~2~0O的分子结构和光谱性质的理论研究

用INDO系列方法对双笼氧化物C~1~2~0O进行了理论研究,结果表明:双笼氧化物C~1~2~0O的形成缓解了C~6~0O中环氧三元环的角张力,并形成了呋喃型五元环将两碳笼连接在一起。两碳笼的直接键连使两笼距离较近,有较弱的相互作用,但仍各自表现一定的独立性,C~1~2~0O可发生分解生成新的化合物,C~1~2~0O的电子光谱与母体分子C~6~0相似。     

C120CH2的电子结构和光谱的理论研究

用ＩＮＤＯ系列方法对双笼亚甲基化合物Ｃ１２０ＣＨ２进行了理论研究：Ｃ１２０ＣＨ２的形成缓解了Ｃ６０ＣＨ２中亚甲基处三元环的角张力,从而较稳定,两碳笼的直接键连使两笼间有较弱的相互作用,Ｃ１２０ＣＨ２的电子光谱与母体Ｃ６０及其单加成产物相似。     

P32（Oh）原子簇的电子结构

利用量子化学从头算方法研究了具有Ｏｈ对称性的笼状Ｐ３２原子簇的电子结构，对比具有相同结构的Ｃ３２，发现Ｐ３２（Ｏｈ）原子簇化学热力学稳定性差，而动力学性质稳定，其ＬＵＭＯ能量为负值，是好的电子受体。     

硅氮烷的合成与应用研究进展

硅氮烷根据原料以及合成方法的不同可分为链硅氮烷、环硅氮烷、聚硅氮烷等. 有机硅氮化合物由于其含有的硅氮键、氮氢键的独特性质, 在陶瓷前驱体制备、耐热材料的制备、辉光放电反应、高效液相色谱等方面有了越来越重要的应用.介绍了硅氮烷的一些最新合成与应用研究进展.     

Mo2C8簇的量子化学研究

用量子化学从头计算方法，研究了Ｍｏ２Ｃ８簇各种异构体的几何构型和电子结构。所得最稳定结构具有Ｃ２ｈ对称性，其中两个Ｍｏ原子直接相连且每个Ｍｏ还原与４个Ｃ原子相连。计算结果能较好地解释实验事实。     

Theoretical study on the [Si, C, N, O] potential energy surface

The structures, energetics, spectroscopies, and stabilities of the doublet [Si, C, N, O] radical are explored at the density functional theory and ab initio levels. Sixteen isomers are located, connected by 29 interconversion transition states. At the CCSD(T)/6-311+G(2df)//QCISD/6-311G(d)+ZPVE level, the lowest lying isomer is a linear SiNCO 1 (0.0 kcal/mol) mainly featuring a cumulene | . Si = N = C = O. The second and third low-lying isomers are bent OSiCN 2 (8.8) and bent OSiNC 3 (11.1), respectively. All the three low-lying isomers 1, 2, 3, and another high-lying species 5 (75.4) with a linear SiCNO structure are shown to have considerable kinetic stability and may be experimentally observable. The predicted results of isomers 1 and 2 are consistent with the previous mass spectrometry experiments. Moreover, the fourth low-lying species SiOCN 4 (23.9) with bent structure is expected to be observable in low-temperature environments. The bonding nature of the five isomers 1, 2, 3, 4, and 5 is analyzed. The calculated results are compared with those of the analogous molecules C(2)NO and Si(2)NO. Implications in interstellar space and N,O-doped SiC vaporization processes are also discussed.