蛋白质-蛋白质分子对接中打分函数研究进展

分子对接是研究分子间相互作用与识别的有效方法.其中,用于近天然构象挑选的打分函数的合理设计对于对接中复合物结构的成功预测至关重要.本文回顾了蛋白质-蛋白质分子对接组合打分函数中一些主要打分项,包括几何互补项、界面接触面积、范德华相互作用能、静电相互作用能以及统计成对偏好势等打分项的计算方法.结合本研究小组的工作,介绍了目前普遍使用的打分方案以及利用与结合位点有关的信息进行结构筛选的几种策略,比较并总结了常用打分函数的特点.最后,分析并指出了当前蛋白质-蛋白质对接打分函数所存在的主要问题,并对未来的工作进行了展望.     

倾转旋翼过渡状态的尾迹及气动力特性计算与分析

建立了倾转旋翼机倾转过渡状态旋翼尾迹和气动力的计算方法.该方法中,桨叶的气动模型采用Weissinger-L升力面理论模拟,尾迹的控制方程考虑了旋翼倾转运动对速度分量的影响,并采用时间步进方法求解旋翼自由尾迹,为提高计算精度,使用了4阶Adams-Moulton预测-校正数值算法.同时,该方法中还推导了能适用于倾转过渡状态的旋翼桨叶挥舞运动方程,并结合了旋翼配平模型.利用所建立的方法,首先计算了悬停和前飞状态时的旋翼自由尾迹几何形状,并通过与可得到的实验结果对比,验证了计算方法的有效性.然后,计算和分析了旋翼在不同倾转状态下的尾迹滞后及弯曲特征,以及倾转旋翼的拉力、俯仰和滚转力矩随时间的变化,在此基础上,得出了一些有意义的结论.     

真型B半群的结构定理

本文首先引入了左容许三元组的概念,得到了左型B半群的刻画.进而,建立了真型B半群的结构,得到了一些结果.     

保偏光纤传输损耗与光偏振状态的研究

本文对截止波长为0.85μm的椭芯保偏光纤测试了其传输损耗系数与入射光波长及偏振态的关系。给出了测试原理和实验装置,并分析了实验结果。     

用分子模拟方法研究HIV-1整合酶与咖啡酰基类抑制剂的相互作用

用分子对接和分子动力学(MD)模拟方法研究了一类咖啡酰基和没食子酰基类HIV-1整合酶抑制剂与整合酶之间的相互作用模式, 结果表明该类抑制剂分子上的两个侧链基团(咖啡酰基或没食子酰基)与整合酶的DDE基序之间的相互作用对抑制整合酶活性起到关键作用. 当侧链基团为没食子酰基时, 可以提高该类抑制剂与整合酶的结合能力. 采用线性相互作用能方法(LIE)计算了该类抑制剂与整合酶之间的结合自由能, 预测值与实验值相吻合, 均方根偏差RMSD为1.39 kJ•mol^-1, 以上结果可为基于结构的HIV-1整合酶抑制剂设计提供有用的信息.     

针对蛋白质复合物Other类型的打分函数

在不同类型复合物结合界面的物理化学特征不同的基础上, 针对较难预测的Other 类型复合物设计出特异性打分函数, 用于在对接过程中挑选出有效结构. 该函数由原子接触能(EACE)、范德华和静电相互作用能组成,通过多元线性回归方法获得各项的权重系数. 对来自CAPRI benchmark1 中17 个Other 类复合物例子进行打分测试. 结果表明,组合打分能够刻画出Other 类型复合物单体间相互作用的特征, 反映出复合物形成前后的能量变化, 具备一定的从众多样本中筛选出有效结构的能力. 相对于残基成对势(RP), 该组合打分获得了更高的打分成功率. 对CAPRI 第八轮竞赛中两个结构预测模型进行打分排序, 该组合打分也体现出强于RP 的鉴别有效结合模式潜力.     

太阳能固体吸附-喷射制冷联合循环系统研究

本文提出了一种新型太阳能固体吸附-喷射制冷联合循环系统,并建立了相应的物理模型.通过对系统运行原理和热力参数的分析与计算,认为该系统为解决太阳能固体吸附制冷系统的不连续性问题提供了一种行之有效的方法.同时,由于对吸附热的有效回收,系统的COP有一定的提高.     

基于模态匹配法的接触刚度

提出一种间接测量平面接触刚度的方法，准确量化粗糙表面的接触刚度，使得整个支架系统的固有频率模拟与测试结果得到良好的匹配。基于接触刚度模型、ANSYS有限元模拟方法以及模态测试方法，以地脚螺栓固定方式的测试件为例，验证了间接测量方法的准确性，使接触刚度得到准确量化。该方法可以为提高加速器磁铁支架系统的整体刚度提供依据。     

考虑公众参与第三方国际环境审计的三角模糊博弈分析

推动公众参与第三方国际环境审计平台，有助于降低信息不对称，加大企业环境治理的驱动力。如何在公众参与下使企业环境治理动机能够更加积极是第三方国际环境审计面临的重要一环。本文结合三角模糊理论和博弈论，构建了公众参与下企业加入第三方国际环境审计的博弈模型，探讨了公众监督与企业加入第三方国际环境审计博弈策略选择的影响因素及其互动机制。研究结果表明：公众健康损失赔偿、公众参与监督成本、公众好感度增加而给企业带来的隐性收益以及加入第三方国际环境审计前后的收益差、成本差等因素均对企业是否决定加入第三方国际环境审计起着重要作用。本文的研究验证了第三方国际环境审计在降低信息不对称中的重要作用，拓宽了从第三方国际环境审计视角降低环境信息不对称的研究领域，从而能够促进企业实施绿色环境行为。最后，利用三角结构元法和可能度方法为具体数值算例求解，并进行了敏感性分析，加以验证研究结论的正确性及可行性。     

脉冲电磁驱动低温螺旋流注放电机理

特定脉冲放电参数条件下,原来沿直线传播的低温等离子体射流放电通道会在脉冲电磁驱动下发生放电模式转换,形成螺旋形态的流注通道.与传统的螺旋波放电不同,实验中并没有外加恒定磁场等破坏介质管极向对称性的因素,而且螺旋的手性方向会随放电参数变化.为深入了解等离子体射流中螺旋结构的电磁作用机理,探索其导致螺旋形态和决定手征性的极向电场来源及影响因素,本文通过建立完备自洽的等离子体理论模型,对螺旋流注的手性方向、螺距变化、分叉等复杂放电特性和电磁机理进行分析.研究发现击穿时极向电场波模的初始相位对螺旋流注的手性选择存在影响,电子密度对螺旋流注的螺距参数存在影响,放电的脉冲重复频率对螺旋流注分叉的分叉点位置存在影响.以上放电特性及其影响因素对探明电磁波与等离子体的相互作用机制具有重要科学意义,同时也为低温等离子体的手性应用提供实验和理论支撑.