Placevent: An algorithm for prediction of explicit solvent atom distribution—Application to HIV‐1 protease and F‐ATP synthase

We have created a simple algorithm for automatically predicting the explicit solvent atom distribution of biomolecules. The explicit distribution is coerced from the three‐dimensional (3D) continuous distribution resulting from a 3D reference interaction site model (3D‐RISM) calculation. This procedure predicts optimal location of solvent molecules and ions given a rigid biomolecular structure and the solvent composition. We show examples of predicting water molecules near the KNI‐272 bound form of HIV‐1 protease and predicting both sodium ions and water molecules near the rotor ring of F‐adenosine triphosphate (ATP) synthase. Our results give excellent agreement with experimental structure with an average prediction error of 0.39–0.65 Å. Further, unlike experimental methods, this method does not suffer from the partial occupancy limit. Our method can be performed directly on 3D‐RISM output within minutes. It is extremely useful for examining multiple specific solvent–solute interactions, as a convenient method for generating initial solvent structures for molecular dynamics calculations, and may assist in refinement of experimental structures. © 2012 Wiley Periodicals, Inc.     

Hydrothermal Synthesis and Crystal Structure of a Three-dimensional Cadmium（II） Complex

A metal-organic coordination polymer [Cd2(PDC)2(bix)(H2O)2]n ·nH2O(H2PDC=2,4-pyridinedicarboxylic acid, bix=1,4-bis(imidazol-1-ylmethyl)-benzene) 1 has been hydrothermally synthesized and characterized by elemental analysis, IR, TG, fluorescence spectrum and single-crystal X-ray diffraction. Brown crystals crystallize in the orthorhombic system, space group P2 12 12 1 with a=11.741(3), b=14.190(4), c=18.963(5) , V=3159.4(14) 3 , C28H26Cd2N6O11, Mr=847.35, Dc=1.781 g/cm3 , F(000)=1680, Z=4, μ(MoKα)=1.415 mm 1 , the final R=0.0381 and wR=0.0882 for 5472 observed reflections (I >2σ(I)). The structure of 1 exhibits a threedimensional network structure.     

随机需求下两条供应链的货架展示量竞争与链内协调研究

针对两条分别由单生产商单零售商组成的替代产品供应链,假定两种产品的随机总需求依赖于总货架展示量、而每种产品的市场份额与其货架展示量成正比,利用均衡分析方法研究两条供应链在货架展示量与订货量方面的竞争均衡,分别建立了对应两条供应链均为分散式供应链、均为集中式供应链、一条为分散式供应链一条为集中式供应链的EPEC、MPEC和Nash均衡模型。随后分析了供应链竞争下的链内协调合同设计问题,给出了同时协调零售商的货架展示量和订货决策的回购加线性补贴合同和收益共享加线性补贴合同。最后的算例表明,协调是供应链竞争下的占优策略,但两条供应链均协调时的利润反而低于均不协调时的利润,即存在囚徒困境现象。     

风险规避供应商参与下基于实物期权的供应链协调

研究不确定性需求下,由风险规避的供应商和占主导地位的零售商组成的二级供应链的协调问题。构建了基于实物期权的协调机制,给出了实现协调的最优期权价格和期权执行价格的求解算法,分析了供应商风险规避特性对各方订货量和利润的影响。结果表明,在供应商风险规避条件下,基于实物期权的契约可以实现不确定需求下的供应链协调。     

退货量依赖销售量和价格的供应链协调性

在假设零售商允许顾客退货且退货量依赖销售量和销售价格的条件下,本文研究了一个制造商和一个零售商组成的供应链的协调问题。研究表明:只有回购与回馈惩罚的联合契约能协调此供应链。最后给出了数值例子,并对主要参数进行了灵敏度分析。     

供应链协作创新模式比较与协调

从供应链中居于核心地位的供应商出发,基于下游制造商对上游创新的影响,在需求对价格敏感情况下考虑了供应商、制造商、第三方研发机构协作创新的博弈过程,对供应链创新协作的三种模式进行了建模分析。研究结果发现在创新能力相当的情况下,无论从创新力度、各方期望利润,还是从满足需求量等来看,供应商与供应链上关系紧密的下游协作创新的模式不仅可以降低自己创新的投资和创新风险,而且提高了整个供应链创新力度和水平,又可以在收益上双赢,其优于不进行协作创新和委托第三方研发机构的协作创新模式。最后进一步提出了供应链协调策略。     

基于实物期权的双源供应链柔性采购协调策略

在需求不确定下,由风险规避的供应商和占主导地位的零售商组成的二级供应链中,构建了在现货市场影响下基于实物期权的双源柔性采购协调模型,给出了实现供应链协调的最优期权参数的求解算法,探讨了现货市场价格不确定性和供应商风险规避特性对零售商采购策略和双方利润的影响。研究结果表明,在考虑现货市场影响和供应商风险规避的条件下,实物期权契约可以实现供应链协调。     

稀土三元催化剂作用下正辛酸缩水甘油酯-二氧化碳-环氧丙烷的三元共聚合研究

本工作研究了稀土三元催化剂(三氯乙酸稀土配合物/二乙基锌/甘油)催化下的正辛酸缩水甘油酯、二氧化碳和环氧丙烷三元共聚合。红外光谱、核磁共振和差示扫描结果表明所获得的聚合物是一种新型的三元共聚物。随着反应单体中正辛酸缩水甘油酯比例的增加,所得聚合物在20℃下的断裂伸长率由二氧化碳－环氧丙烷共聚物的31.0%增大到二氧化碳－正辛酸缩水甘油酯共聚物的983.9%,相应的玻璃化转变温度由39.6℃降低至-12.3℃。所得三元共聚物中长碳链侧基单元含量为5.6%时,其断裂伸长率就已经达到481.1％,而拉伸强度仍然维持在24.9MPa的较高水平。     

具有切割DNA活性的铬配合物*

铬配合物切割DNA的活性在医学、药学及生物学领域引起了广泛关注。本文综述了具有切割DNA活性的铬配合物的研究进展,介绍了不同价态铬的多种配位模式配合物切割DNA的活性,总结了铬配合物切割DNA的作用机理,展望了不同价态铬配合物的研究和发展方向。     

2-巯基乙磺酸铜配位聚合物的合成与晶体结构

以2-巯基乙磺酸钠为配体,2,2'-联吡啶,4,4'-联吡啶为辅助配体,与硝酸铜反应,得到一种一维链状配位聚合物 [CuL(4,4'-bipy)(2,2'-bipy)H2O]n (L=-O3S-CH2-CH2-S-S-CH2-CH2-SO-3),通过元素分析、红外光谱对其进行了表征,并用X射线衍射测定了其结构.结果表明:该配合物属于单斜晶系,P2(1)/c空间群,晶胞参数为:a=0.8385(2) nm,b=1.3764(3) nm,c=2.1719(5) nm,β = 93.391(3) °,V = 2.5023(10) nm3,Z = 4.