p53-MDM2相互作用的分子力学和动力学研究

p53-MDM2相互作用的抑制已经成为治疗癌症的新方法. 本文将分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics/passion-Boltzman surface area)方法结合起来研究MDM2-p53相互作用机制. 结果证明范德华相互作用驱动了MDM2与p53的结合. 基于残基-残基相互作用的计算不仅证明p53的三个残基Phe19′, Trp23′和Leu26′与MDM2有较强的相互作用,而且还发现另外两个残基Leu22′和Pro27′也与MDM2有较强的相互作用,这为抗癌药物的设计提供了新靶标. 同时也证明CH-CH,CH-π和π-π相互作用驱动了p53在MDM2疏水性裂缝中的结合.     

The collision energy effect on the stereodynamics of the Ca + HCl→CaCl + H reaction

The stereodynamics of the reaction of Ca + HCl are calculated at three different collision energies based on the potential energy surface [Verbockhaven G et al. 2005 J. Chem. Phys. 122 204307] using quasi-classical trajectory theory. The polarization-dependent differential cross sections (PDDCSs) (2π/σ )(dσ 00 /dω t ), (2π/σ )(dσ 20 /dωt ), (2π/σ )(dσ 22+ /dωt ), (2π/σ )(dσ 21 /dω t ) and the distributions of P(θ r ), P(φr ), and P(θr ,φr ) are calculated. The results indicate that the rotational polarization of the CaCl product presents different characteristics for the different collision energies, and the effects of the collision energy on the vector potential, including the alignment, orientation, and PDDCSs, are not obvious.     

Time-dependent quantum dynamics study for reaction of D+CH4→CH3+HD

The semirigid vibrating rotor target (SVRT) model has been applied to the study of the reaction of D+CH_4→CH_3+HD using a time-dependent wave packet method. The energy dependence of the calculated reaction probability shows oscillatory structures similar to those observed in the abstraction reaction of H+H_2, H+CH_4 etc. We have also studied the influence of rotational and vibrational excitation of the reacting molecule (CH_4) on reaction probability. The excitation of the H－CH_3 stretching vibration gives significant enhancement of reaction probability, which rises significantly with the enhancement of rotational quantum number j. Finally, we have compared the cross section and the rate constant of the D+CH_4 system with that of the H+CH_4 system.     

CH4和CD4解离吸附的量子含时动力学研究

运用含时波包法(time-dependent wave packet method),对CH4和CD4在光滑静止的Ni(100)表面的解离吸附进行了量子动力学研究与计算.不同振动态下解离几率随平动能的变化曲线表明,反应分子的振动能对分子的解离有重要贡献,其反应趋势,与其它理论模型得到的结果一致.CH4与CD4解离几率的对数随平动能的变化曲线表明,CH4的解离几率比CD4的要高得多,这种同位素效应,是由它们不同的零点能和量子隧道效应引起的,且与实验结果符合得比较好.     

D+CD4→CD3+D2反应的四维量子散射计算

运用约化维数量子动力学理论 ,利用含时波包法 ,对反应D +CD4 →CD3+D2 进行了四维量子散射计算 .将反应多原子CD4 看作双原子D—CD3,反应D +CD4 →CD3+D2 看作单原子 双原子反应 ,把体系的反应简化为四维散射问题 .波函数的传播采用分裂算符法 ,为避免格点边界处含时波函数的边界反射 ,采用了光学吸收势法 ,在格点边界处引入光学势 ,消除边界反射 .根据CD4 分子的C3v对称性 ,选取了Jordan和Gilbert提出的半经验势能面 .计算结果表明 ,反应概率随平动能的变化图像 ,呈现出显著的量子共振特性 ,这是很多提取反应的共同特征 .而不同振动态下的反应概率随平动能的变化表明 ,随振动量子数的增大 ,反应概率有明显提高 ,且反应阈能明显降低 ,这说明反应分子的振动能对分子的碰撞反应有重要贡献 .而对基态和第一振动激发态时散射截面的计算 ,也证明了这一结论 .同时 ,还分别通过计算量子数j,k ,m对反应概率的影响 ,对该反应的空间取向效应进行了研究 ,并与H +CH4→CH3+H2 反应进行了比较 .     

N+离子注入聚四氟乙烯表面改性研究

在剂量为1×1014—1×1017ions／cm2的范围内，在不同的温度条件下，用 能量为160keV氮离子对PTFE表面进行注入处理，处理后的样品用可见(514．5nm)和傅里叶红 外(1064nm)拉曼(Raman)光谱以及扫描电镜和x射线能谱仪进行检测.实验结果表明低剂量注 入可以增强PTFE晶体结构的取向和有序性；中等剂量时溅射损失效应明显，表面粗糙度加大 ：高剂量注入时微观结构强烈地变化并生成CC双键，导致表面碳化.另外温度对表面改性效 果有很大的影响.刻蚀率和表面的微观结构的变化随着温度的升高而增强.离子注入前，用喷 射技术使样品覆盖一层150nm的金膜，薄膜的黏结性和硬度用划痕和透明胶带测试配合扫描 电镜进行分析.分析结果表明，黏结性在注入剂量为1014ions／cm2时明显增强，这 个结果与表面亲水性测量结果是一致的.但表面硬度只在温度为180℃时才得到了增强. 关键词： 离子注入 聚四氟乙烯 表面改性     

双原子分子多光子电离强场效应的含时波包动力学研究

强激光非线性条件下分子的多光子电离过程呈现出较为明显的强场效应．由于这种效应不能用传统的量子微扰论来处理。“缀饰态”模型方法提供了物理图象清晰的处理光与物质相互作用的方案．本文基于含时波包动力学的基本理论，将激光场看作经典场，利用“缀饰态”模型研究了强场下双原子分子（NO、RbI等）的多光子电离过程．研究表明，激光场的强度、泵浦-探测脉冲延迟时间等对多光子电离光电子能谱的形状有着重要的影响。而这种影响是由光诱导势引起的．另外，在研究具有两个连续态的Rbl体系时，自电离现象的发生也与势能面的交叉密切相关，并受外场强度的影响．本文计算模拟外场中分子的光电子能谱时所得到的强场效应对理解和实现原子分子过程的激光搛控具有重要的意义．     

NeICl体系振动预解离的含时黄金规则近似处理

在相互作用绘景中运用含时黄金规则波包近似方法，对ＮｅＩＣｌ体系的振动预解离进行计算。这里的波包传播法消除了全量子方法中需要长的传播时间的困难，又由于采用了相互作用绘景，可以选取大的时间传播步长，只需很少的传播步数即可得到解高寿命及终产物的转动态分布。     

分子动力学模拟研究质子化态在HIV-1 Protease-Indinavir复合物中的作用

I 型人体免疫缺陷病毒(HIV-1)蛋白酶中Asp25/Asp25'的质子化对于理论研究HIV-1 蛋白酶和抑制剂的作用机制
以及氨基酸变异对抗药性的影响有重要意义. 分别对Protease-Indinavir (PR-IDV)复合物的六种可能的质子化态进行了
5 ns 的分子动力学模拟, 分析了不同状态对动力学特征和结构的影响, 用molecular mechanics/Possion-Boltzman surface
area (MM-PBSA)方法计算了PR 和IDV 在各种状态下的结合自由能. 计算结果说明A 链Asp25 的OD2 的质子化是最
为可能的状态. 对PR-IDV 复合物中起到媒介作用的水分子与PR-IDV 复合物形成的氢键进行了分析, 分析结果说明不
同的质子化态对水分子在PR-IDV 复合物中所起的媒介作用没有影响, 这一结果与我们先前对PR-BEA369 复合物的研
究不同. 我们的研究结果为更高效的PR 抑制剂的设计以及PR 氨基酸变异对药物抗药性的研究提供了理论上的指导.     

反应物振动激发对反应He＋H2^2→HeH^＋＋H影响的准经典轨线研究

基于PPA势能面（Palmieri,P.;Puzzarini,C．;Aquilanti,V．Mol．Phys．,2000,98：1835）,运用准经典轨线（quasi—classical trajectory）方法,对反应He＋H2^＋（v=0—2,j=0）→HeH^＋＋H的立体动力学性质进行了理论研究．结果表明,反应物振动激发对反应的k-j’两矢量相关和k—k’-j’三矢量相关分布都产生了较大影响．除此之外,极化微分反应截面对振动量子数”也非常敏感．