中药材全息指纹谱图库的建立

 设计并建立了中药材全息指纹谱图库软件 ,用于存放各种指纹谱及其相关信息。该数据库将为中药分析及其质量控制提供帮助与参考。     

化学数据库工作会议在京召开

建立化学数据库是“一九七八年至一九八五年全国基础科学发展规划纲要”重点项目的一项内容。一九七九年十一月,中国科学院批准了《化学数据库建库方案》(暂定)。今年五月四日至八日,在北京召开了化学数据库第二次工作会议,讨论了化学数据库工作,评议了建库工作取得的主要成绩。对《化学数据库建库     

含磷蛋白激酶的五配位磷化学结构分析方法

我们在大量实验基础上认为,五配位磷化学结构可能是分析磷酸化蛋白质活化过程的关键结构.本文报道了用一种自主开发的软件对国际蛋白质数据库中收录的激酶及其ATP抑制剂进行分析,寻找其可能形成五配位磷化学结构的结果.国际蛋白数据库(PDB库)已知398个与磷相关蛋白激酶中,有382个蛋白激酶(96%)在活化过程中可能经历了五配位磷化学过渡态.本文中的软件下载地址为:ftp:∥166.111.28.228,软件版权登记号2002SR2943.     

碳-13核磁共振波谱数据库系统

碳-13NMR共振波谱数据库是通过计算机存储已知化合物的谱图及有关数据。将实验制得的化合物数据通过一定的计算方法与库中已存化合物相比较,即可得知与何种化合物相同或相似。该库不仅效率高,而且可延伸人对谱图和结构的判断能力。长春应化所经过近两年半的努力现在已建立起一个功能较强的CIAC-碳-13NMR数据库检索系统。     

蛋白激酶的五配位磷化学结构分析

基于实验合成的五配位磷氨基酸晶体的平方锥和三角锥的结构, 以及氨基酸侧链参与形成五配位磷化学结构实验的基础上, 设计了软件来搜索国际蛋白数据库中可能形成五配位磷结构的含磷蛋白. 利用自主编写的软件研究发现, 国际蛋白质数据库(PDB库)收录的398个含磷的蛋白激酶中, 有382个蛋白激酶(96%)在活化过程中可能经历了五配位磷化学过渡态或中间体. 例如1H8E蛋白的Lys16的N_Z原子与GNP2的P原子形成了可能的五配位化学结构, 将该结构与实验得到的氨基酸小分子晶体的实际五配位磷结构进行叠加, 结构符合很好, 相关结构的偏差RMSD值为0.71 Å. 文中的软件下载地址为: ftp://166.111.28.228, 软件版权登记号2002SR2943.     

化学数据库进展

化学数据库的应用已成为当前化学研究中的一种必要手段。近二十年来国际上化学数据库的研究进展很快,并在化学领域中发挥了越来越大的作用。化学数据库虽然在我国的起点晚于其它国家10—15年,但科学数据库及其系统的研究开发已列入国家计划并在积极进行。本文将对近年来化学数据库的特点及应用加以论述,同时也提出当前国际与国内的发展趋势。     

红外光谱微机数据库

PC-IR大型红外光谱微机数据库系统 ,包含了全套标准红外光谱集的 6万张光谱数据 ,是世界上最大的一种纯化合物红外光谱微机数据库。系统已通过省级鉴定。鉴定指出 :“其规模和性能已达到国际先进水平。”该成果先后获福建省医卫科技进步一等奖 ,福建省政府科技进步二等奖 ,卫生部优秀软件奖。按照未知样品的红外谱图 ,根据系统的屏幕提示 ,用户由键盘输入各主要吸收峰的波数和透过率值 ,即可进行自动检索。系统给出库中与样品光谱相同或最相近的若干种化合物的图谱序号 ,熔点状态 ,分子式及相似性得分。该系统可在 3 86,486,5 86等微机或 …     

气相色谱-四极杆飞行时间串联质谱的使用与维护保养

高分辨气相色谱-四极杆飞行时间串联质谱（GC-QTOF）可以在单飞行时间质谱（TOF）采集模式下,利用采集到的精确质量数离子对未知物进行分析和结构鉴定.GC-QTOF主要利用低分辨的美国国家标准与技术研究院质谱库（NIST）和高分辨的个人自建库（PCDL）进行搜索匹配,也能利用QTOF的碎片离子来倒推未知化合物,其主要利用分子结构推导软件（MSC软件）和Chemspiders（web）等数据库来搜索匹配.在做好仪器操作使用的同时也要经常性对仪器进行维护保养,确保仪器处于良好的使用状态,保证检测数据的准确、有效.主要介绍了安捷伦GC-QTOF的使用与维护保养.     

红外光谱微机数据库

PC-IR大型红外光谱微机数据库系统 ,包含了全套标准红外光谱集的 6万张光谱数据 ,是世界上最大的一种纯化合物红外光谱微机数据库。系统已通过省级鉴定。鉴定指出 :“其规模和性能已达到国际先进水平。”该成果先后获福建省医卫科技进步一等奖 ,福建省政府科技进步二等奖 ,卫生部优秀软件奖。按照未知样品的红外谱图 ,根据系统的屏幕提示 ,用户由键盘输入各主要吸收峰的波数和透过率值 ,即可进行自动检索。系统给出库中与样品光谱相同或最相近的若干种化合物的图谱序号 ,熔点状态 ,分子式及相似性得分。该系统可在 386 ,486 ,5 86等微机或…     

红外光谱微机数据库

PC-IR大型红外光谱微机数据库系统 ,包含了全套标准红外光谱集的 6万张光谱数据 ,是世界上最大的一种纯化合物红外光谱微机数据库。系统已通过省级鉴定。鉴定指出 :“其规模和性能已达到国际先进水平。”该成果先后获福建省医卫科技进步一等奖 ,福建省政府科技进步二等奖 ,卫生部优秀软件奖。按照未知样品的红外谱图 ,根据系统的屏幕提示 ,用户由键盘输入各主要吸收峰的波数和透过率值 ,即可进行自动检索。系统给出库中与样品光谱相同或最相近的若干种化合物的图谱序号 ,熔点状态 ,分子式及相似性得分。该系统可在 386 ,486 ,5 86等微机或…     

色质联用仪生物标志物数据库的建立与扩展

随着我国石油工业的发展和色质联用仪广泛应用，生物标志化合物的鉴定与研究越来越重要。由于目前缺少完整的和系统的生物标志物数据资料．研究人员往往要花费大量的时间寻查文献，许多化合物无法鉴定，本谱库针对有机地球化学家们鉴定生物标志物的迫切需要以及弥补现有商业质谱数据库的不足，作者长期积累和广泛收集各类生物标志物的质谱数据文献，建立了有机地球化学研究工作中各类生物标志物的质谱库。该库提供化合物名称、分子式、分子峰、基峰、质谱强度等。     

相图热力学数据库及其计算软件:过去、现在和将来

相图热力学信息是材料设计和研发的重要基础之一.基于热力学数据库的CALPHAD (CALculation of PHAse Diagram)方法使得多元多相材料的相图热力学计算成为可能.随着材料基因组工程(Materials Genome Initiative, MGI)和集成计算材料工程(Integrated Computational Material Engineering, ICME)的发展,各种材料的热力学数据库及计算软件不断涌现.本文结合本课题组在该方向的研究工作对相图热力学数据库及其计算软件的过去进行了简单回顾,并对现状以及未来的发展趋势进行了讨论.     

无机热化学数据库

化学数据库自七十年代以来,在美国、加拿大、日本、澳大利亚、南斯拉夫、西德、法国等地已有发展。目前正开始广泛应用于科研与生产之中。科学院化冶所负责开发的无机热化学数据库(Inorganic Thermoche-mistry Data Base)简称ITDB于1979年底初步完成建库工作,并在80年、81年两年内,对院内外许多单位提供服务,开办了推广学习班,逐步建立起一套应用     

高放废物地质处置中的模型

我国将采用深地质处置的方法处理核能发展所产生的大量高水平放射性废物。为了准确地预测核素的迁移行为,评估处置库的安全性,除了实验之外,还必须使用模型。本文对高放废物地质处置中所涉及的模型,以及与模型相关的软件、数据库做了综述,重点叙述了用于化学种态分析的地球化学模型,扼要介绍了多场耦合模型。此外还简要报告了本实验室核素迁移实验数据的处理方法和程序。     

基于药物数据报道数据库的虚拟组合片段库构建

对药物数据报道数据库中142553个药物分子进行统计分析, 提取得到了这些药物分子的共同结构特征. 根据药物分子的结构特征将其拆分为环结构、侧链和连接子, 共整理得到32017个片段结构, 其中环结构13642个、侧链10076个、连接子8299个. 为更好地指导全新药物设计, 利用拆分片段构建了三个虚拟组合片段数据库: 用环结构和侧链组合方式构建了药效基团库, 含有34244个片段; 用环结构的刚性特点构建了基本骨架库, 含有片段13574个; 直接利用连接子构建了连接片段库, 含有连接片段8051个. 库中所有片段都经过能量优化, 均具有合理的构型和构象, 可以用于虚拟组合库的构建和全新药物设计.     

基于解卷积报告软件数据库的GC/MS方法快速确证玩具中160多种有毒有害有机物质

自主建立了基于解卷积报告软件的含有160多种有毒有害有机物质的数据库,作为标准的GC/MS数据库来确证化合物,不用1 min解卷积报告软件即可帮助确证谱图中隐藏的上述有毒有害有机物质.该方法已经在众多玩具有机化学安全检测项目中得到了应用,不仅在某检测项目目标化合物如禁用偶氮物质等确证方面全面优于目前基于GC/MS化学工...     

高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱快速筛查鉴别食品中非法添加的62种中药材北大核心CSCD

建立了高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱快速筛查鉴别食品中非法添加的62种中药材的方法。依据卫生部关于进一步规范保健食品原料管理的通知(卫法监发[2002]51号)中可用于保健食品的物品名单,确定食品中可能非法添加的62种中药材原料清单,再从62种中药材中筛选其特征组分,获得不同中药材对应的特征组分清单。62种对照药材经甲醇超声提取后,于Thermo Accucore aQ色谱柱(150 mm×2.1 mm,2.6μm)上分离,在电喷雾正负离子扫描模式下,分别以0.1%(v/v)甲酸水溶液-乙腈和水-乙腈为流动相梯度洗脱,进行一级质谱和二级质谱全扫描检测,采用Library View软件建立不同中药材对应的特征组分的一级精确质量数据库和二级碎片质谱库。样品同法处理后上样分析,采用Peak View软件将样品高分辨数据与自建数据库中的质谱图、精确分子离子质量数、碎片离子质量数、保留时间等相关参数进行快速筛查鉴别分析。该工作通过建立“中药材-特征组分”对应清单,构建了食品中易非法添加的62种中药材中共388种特征组分的高分辨质谱库,每种中药材包括5~10种特征组分,通过对实际食品样品配制酒、代用茶及饮料进行筛查分析,1批次配制酒样品与淫羊藿中药材的7种特征组分匹配一致,推断该配制酒样品中加入了淫羊藿中药材。该法可实现无标准品情况下中药材的定性筛查,具有高通量、准确、简便、快捷的特点,解决了食品中非法添加中药材难以识别和确证的难题,可以实现食品中非法添加中药材的快速筛查鉴别分析。     

岛津台式光电直读光谱仪PDA-MF

正2017年4月岛津公司首次推出台式光电直读光谱仪PDA-MF系列。该系列新品特别为东南亚等新兴市场应用所设计,能够快速分析固体金属样品中的元素。PDA-MF具有以下特点:1)单次分析即可鉴定未知样品PDA-MF以高灵敏度的电荷耦合元件(CCD)为探测器,并利用新开发的软件和针对铁和有色金属的特殊数据库,     

药物发现中常用化合物库特征描述与对比分析

随着计算技术的发展和分子模拟软件的日趋成熟, 虚拟筛选已经在药物发现过程中发挥着越来越重要的作用. 在虚拟筛选过程中, 所使用化合物库的质量对先导化合物发现的成功率起着至关重要的作用. 本文通过对已知药物库、天然产物库、中药原植物化学成分库、筛选常用商业化合物库以及研究者所在实验室建立的化合物库的分析比较, 从化合物库的分子多样性、化学空间和分子骨架等多个方面提取并对比每一种化合物库的特征, 发现了已知药物库与中药原植物化学成分库的特征相似性, 揭示了中药原植物化学成分库作为筛选库的类药性优势, 并且深化了对几种筛选用化合物库特征的认识和理解.     

非电解质体系汽-液相平衡数据库(NEDB)及基团贡献法

本工作完成了非电解质体系汽-液相平衡数据库(NEDB)的全线联通,使之成为一个对用户透明的、较为完整的体系,并使对数据及数据规律的研究以库的形式结合起来,提出了在线利用数据库资源的概念,为流体相平衡的研究奠定了基础。