基于Nafion-L-赖氨酸-溶胶-凝胶膜的电催化型多巴胺传感器

基于Nafion-L-赖氨酸-溶胶-凝胶膜的电催化型多巴胺传感器     

4-氧代-2-亚胺基噻唑烷-5-亚基乙酸乙酯类化合物的设计、合成及抗癌活性（英文）

以胺、异硫氰酸酯和炔酯为原料,通过三组分偶联环化制备了一系列4-氧代-2-亚胺基噻唑烷-5-亚基乙酸乙酯类化合物.采用噻唑蓝(MTT)法研究了目标化合物对人肝癌细胞Hep G2和人乳腺癌细胞MCF-7的体外抗癌活性,结果发现大多数化合物显示出明显的抗癌活性.与顺铂相比,(Z)-2-((Z)-2-((3,4-二氯苯基)亚氨基)-3-(3-(4-甲基哌嗪-1-基)丙基)-4-氧代噻唑烷-5-亚基)乙酸乙酯(4r)表现出最好的细胞毒性,对Hep G2和MCF-7的IC50值分别为0.88和0.80μmol/L,并且讨论了药物的初步构效关系.这些化合物对肿瘤细胞具有良好的生物活性,是一类有应用前景的化学治疗药物,值得进行后续研究.     

基于配体、受体和复合物指纹的虚拟筛选方法比较

近年来, 作为基于配体和基于受体两种方法的补充, 以复合物指纹为基础的药物筛选方法相关研究正受到广泛的重视. 那么这种新兴的方法相对于传统方法在筛选结果准确率上是否具有优势? 同时, 由于复合物指纹可以通过复合物结构测定和将相应蛋白和配体进行分子对接两种方式获得, 那么基于这两种方式获得的复合物指纹所得的筛选结果准确率是否有显著性差异呢? 通过对一系列HIV-1蛋白酶复合物晶体结构同时进行基于配体的相似性搜索、分子对接传统的能量打分、基于复合物晶体结构的复合物指纹的相似性搜索和基于分子对接所得复合物结构的复合物指纹的相似性搜索的筛选比较, 结果表明: (1)如果三种方法都是直接基于实验结构, 那么复合物指纹和分子对接两种方法都因为是兼顾了受体和配体两个方面, 准确率都要高于仅仅基于配体的方法|(2)实际运用中, 通过实验测定所有复合物结构并不可行, 因此需要进行分子对接才能大量的获得复合物结构并进一步生成相应的复合物指纹, 令人兴奋的是, 基于此种方式获得的复合物指纹与直接基于实验复合物结构获得的复合物指纹在筛选结果上并无显著性差异, 从而可以作为实验复合物指纹筛选方法的有效补充.     

普适的基于能量的分块局域激发态聚类算法

在普适的基于能量的分块(GEBF)方法的框架下, 大体系的局域激发(LE)能可通过一系列活性子体系激发能的线性组合近似得到, 从而有效降低了计算的时间标度. 然而, 在体系的局域激发具有多个激发态的情形下, 如何有效识别所有活性子体系的激发特征并将其组合是一个挑战. 提出了一种基于局域激发态聚类的算法. 该方案基于空穴-电子分析和基于密度的聚类(DBSCAN)机器学习算法, 可以自动地聚合不同子体系中最相似的激发态并组合得到相应的局域激发态能量或激发能. 结合该算法改进的LE-GEBF方法在荧光分子衍生物、 荧光染料-水团簇及绿色荧光蛋白模型体系的计算中均获得了令人满意的结果. 该算法有望大大提升LE-GEBF方法在计算局域激发时的稳定性和准确性, 并可以有效处理吸收光谱具有多重峰的大体系.     

酶-配体复合物亲和性的计算

描述了一种新的计算酶－配体复合物亲和性的方法．它考虑了酶－配体结合过程中自由能变化的各主要因素，并利用经验公式加以计算、从蛋白质结构数据库中选取了66个酶－配体复合物作为训练集，利用回归分析得出最后的模型．此模型通用于各种类型的酶－配体复合物，计算结果比技准确，预测算合物解离常数的平均偏差小于一个数量级．此方法还可以定量评价配体分子中每个部分对结合过程的贡献大小，可以为先导他合物的优化提供非常直接的信息     

腺苷激酶抑制剂的模拟设计

实验科学工作者们一直致力于寻找新的腺苷激酶抑制剂。这里我们分别从蛋白受体的分析，常规三维定量构效分析和引入分子对接的三维定量构效分析等多个角度及不同方法提出了一个更好更加可靠的抑制剂模型。     

从课程标准到单元学习目标*——以化学学习单元设计为例

将课程标准转化为学习目标是进行单元设计的核心问题。基于北京市十一学校化学学科在不同化学学习模块中的单元教学实践,总结了将课程标准转化为学习目标的通用策略,包括基于课程标准的关键词解构,基于核心素养的单元核心重构,基于单元学习任务的学习者目标的转化,以及学习迁移和学习建构的互补。这一方法对于化学学科不同模块下的学习单元设计乃至其他学科都具有一定的通用性。     

应用机器学习方法构建药物分子解离速率常数的预测模型

越来越多的研究表明:药物分子与靶标分子的结合动力学性质与其在体内的药效有很强的相关性。因此,以改善结合动力学性质为导向的分子设计为药物研发提供了新的思路。本工作的研究目标在于得出预测药物分子解离速率常数(koff)的通用型定量结构-动力学关系(QSKR)模型。我们从文献中收集了406个配体分子的解离速率常数实验值,采用分子模拟方法构建了所有配体与靶蛋白复合物的三维结构模型。然后基于蛋白-配体原子对描述符,采用随机森林算法来构建预测配体分子解离速率常数的QSKR模型。通过探索不同条件(如距离区间,划分区间宽度和特征选择标准)下产生的描述符集合对模型预测精度的影响,确定当采用距离阈值为15?、划分区间宽度为3?、特征选择方差水平为2时得到的QSKR模型为最优,在两个独立测试集上获得良好的预测精度(相关系数为0.62)。本工作对预测药物分子解离速率常数这一关键科学问题进行了有益的探索,可为后续研究提供思路。     

基质金属蛋白酶抑制剂设计的研究进展*

基质金属蛋白酶(MMP) 是一类含锌的水解酶, 过量的MMP会加速细胞外基质的降解并导致一系列的疾病, 例如癌症、关节炎和多发性硬化症等。因此MMP抑制剂的研究已成为药物设计研究领域中的一个热门课题。近年来, 科学家们发展了三种分子设计的方法, 包括基于底物的药物设计、基于结构的药物设计和组合化学技术。本文介绍了这些方法的原理及其在MMP抑制剂设计中的应用和进展。     

电拓扑状态预测有机磷酸酯类化合物的气相色谱保留指数

以原子类型电拓扑状态指数(ETSI)有效表征35个有机磷酸酯类化合物(OP)的分子结构, 应用基于预测的变量选择与模型化(VSMP)方法建立OP化合物在3种不同固定相上的气相色谱保留指数(RI)与分子结构(ETSI)的定量相关模型. 结果表明, 影响不同固定相上OP色谱保留的主要结构因素都是由7个ETSI描述子对应的子结构碎片, 即: ＝CH₂,≡C—, aaC—, ＝O, —O—, Cl和Br. 其中子结构aaC—, ＝O和—O与OP化合物母体骨架密切相关, 而＝CH₂,≡C—, —Cl和—Br反映支链或取代基的变化. 通过多元线性回归法建立OP化合物在三个固定相上的定量结构-保留相关模型(QSRR)发现, 各QSAR模型的估计相关系数均在0.99以上, LOO检验相关系数在0.98以上, 表明模型具有良好估计能力与稳定性. 应用28个OP训练集样本构建的QSRR模型预测外部7个检验集RI结果表明训练集模型具有良好预测能力.     

稀土配合物的研究(Ⅲ)——稀土离子与HPMBP及α-亚硝基-β-萘酚三元配合物的制备及表征

自从1959年Iensen将1-苯基-3-甲基-4-苯甲酰基-吡唑酮-5(HPMBP)推荐为一种新型β-二酮类萃取剂以来,用它作为酸性螯合配体而合成的稀土三元配合物为数不少,但所涉及的中性配体多为膦氧单齿配体和以氮为配位原子的联吡啶及二氮杂菲类双齿配体。α-亚硝基-β-萘酚(NN)作为酸性配体已被广泛地用于过渡元素的溶剂萃取,但用它作为中性配体的稀土三元配合物尚未见报道。本文报道了14种稀土离子与HPMBP及NN的二元固态配合物的合成并对其红外光谱、质子核磁共振谱进行了研究。     

4-乙酰基-2-硝基苯甲醛的简便合成

从4-乙酰基-2-硝基甲苯出发, 经溴化、羟化、氧化以88.5%的总收率制备得到4-乙酰基-2-硝基苯甲醛.     

Protein Data Bank中抗体的自动识别

我们发展了一种名为KIAb（Keyword-based Identification of Antibodies）的方法用于自动识别Protein Data Bank（PDB）中的抗体结构。该方法通过读取PDB格式的文件，查找与抗体相关的特定关键词并做出判断。我们使用该方法从PDB中识别出780个结构文件，经人工检查其中767个为抗体，成功率高达98.3%。结果基本包括了抗体结构数据库Summary of Antibody Crystal Structures（SACS）中收录的所有条目，而且还包括该数据库没有收录的34个抗体结构。因此该方法对PDB数据库中抗体的识别更为完备而且具有很低的假阳性率。     

2-甲氧基-3-氟-4-碘吡啶的合成

2-甲氧基-3-氟-4-碘吡啶是一个重要的医药化工中间体,其合成路线未见文献报道。以2-甲氧基-3-氟-5-氯吡啶为起始原料,经氢解和碘代两步反应合成标题化合物,总收率62.8%,其结构经¹H NMR, ¹³C NMR和MS确证。     

1-苯甲酰基-1-甲硫基甲醇与硫脲和芳胺的反应研究

1-苯甲酰基-1-甲硫基甲醇(2)与硫脲(3a)和芳基取代硫脲(3b-3i)在弱酸性条件下回流反应1h,得到5-苯基咪唑啉-2-硫酮-4-酮(4a)和1-芳基-5-苯基咪唑啉-2-硫酮-4-酮(4b-4i),产率72%～89%.而化合物2与芳胺(5a-5f)在弱碱性条件下回流反应3h,则得到2-芳胺基-2-甲硫基苯乙酮(6a-6f),产率为64%～88%.     

基于吡啶基苯甲酸盐的两个银(Ⅰ)配合物的合成、晶体结构及荧光性质

合成了2个含有吡啶基苯甲酸盐的银(Ⅰ)配合物,即[Ag₂(PPh₃)₂(4,4-pybz)₂(H₂O)₂]_n(1) 和[Ag₂(PPh₃)₂(4,3-pybz)₂]·2CH₃OH(2)(PPh₃=三苯基膦,4, 4-pybz=4-吡啶-4-基-苯甲酸根, 4,3-pybz=4-吡啶-3-基-苯甲酸根),并通过红外光谱、元素分析和荧光光谱进行分析和表征,它们的结构由X射线单晶衍射测定.在不同的溶剂下,2个配合物由AgBF₄、PPh₃和不同的吡啶苯甲酸在氨水作用下,以1:1:1的比例反应而成.在配合物1中,所有的银原子由吡啶基苯甲酸桥连形成一维链状结构.在配合物2中,2个银原子通过2个4-吡啶-3-基-苯甲酸根配体形成双核结构.在荧光光谱中,在发射状态下所有的峰均来源于配体的π-π*跃迁.     

2-甲基-4-羟基-6-苯基嘧啶和2-甲基-4-羟基-5-溴-6-苯基嘧啶的高效液相色谱法分离测定

采用ODS-C18色谱柱和紫外检测器,对2-甲基-4-羟基-6-苯基嘧啶和2-甲基-4-羟基-5-溴-6-苯基嘧啶的含量进行HPLC分离测定.以甲醇水=4555为流动相,紫外检测波长为237 nm,样品线性范围为0.001～0.1 mg/mL.2-甲基-4-羟基-6-苯基嘧啶的RSD为0.5%;2-甲基-4-羟基-5-溴-6-苯基嘧啶的RSD为1.0%.     

基于吡啶基苯甲酸盐的两个银(Ⅰ)配合物的合成、晶体结构及荧光性质

合成了2个含有吡啶基苯甲酸盐的银(Ⅰ)配合物,即[Ag₂(PPh₃)₂(4,4-pybz)₂(H₂O)₂]_n(1)和[Ag₂(PPh₃)₂(4,3-pybz)₂]·2CH₃OH(2)(PPh₃=三苯基膦,4, 4-pybz=4-吡啶-4-基-苯甲酸根, 4,3-pybz=4-吡啶-3-基-苯甲酸根),并通过红外光谱、元素分析和荧光光谱进行分析和表征,它们的结构由X射线单晶衍射测定。在不同的溶剂下,2个配合物由AgBF₄、PPh₃和不同的吡啶苯甲酸在氨水作用下,以1:1:1的比例反应而成。在配合物1中,所有的银原子由吡啶基苯甲酸桥连形成一维链状结构。在配合物2中,2个银原子通过2个4-吡啶-3-基-苯甲酸根配体形成双核结构。在荧光光谱中,在发射状态下所有的峰均来源于配体的π-π*跃迁。     

新型香豆素类荧光化合物的合成及荧光性质研究

合成了两种香豆素类荧光化合物6,8-二氯-7-羟基香豆素-3-羧酸（DClC）和6-氯-7-羟基香豆素-3-羧酸（MClC）,其中DClC未见文献报道,并通过红外光谱、核磁共振、质谱等手段对产物的结构进行了表征。同时首次研究了这两种香豆素衍生物的紫外、荧光性质,以及不同极性溶剂、pH值、表面活性剂等的影响。结果表明,pH对性质测定影响较大,当pH=10时,DClC和MClC的荧光强度明显增强。     

虾青素的合成

以α-紫罗兰酮为起始原料, 采用2C₁₅＋C₁₀→C₄₀路线合成了虾青素. 并经过选择性环氧化三甲基硅基烯醇醚双键的关键步骤, 设计并完成了关键中间体C₁₅部分——6-羟基-3-(3-羟基-3-甲基-1,4-戊二烯)-2,4,4-三甲基-2-环己烯-1-酮的合成.