化学信息学发展现状

本文叙述了目前化学领域的发展热点之一——化学信息学（Chemoinformatics)的发展概况，从信息学角度对其产生、成长及未来发展趋势进行了探讨。     

基于化学师范生信息素养培养的“信息化学工作室”

南京晓庄学院“信息化学工作室”是在《化学信息学》课程改革基础上,课外选拔优秀师范生,在导师针对性引导下自主开展基于化学信息技术的研究和学习活动,是一种提高化学师范生信息素养、值得推广的大学生培养新模式.     

化学信息学及其课程建设

化学信息学是化学学科的新兴分支 ,本文简单介绍了化学信息学的起源与现状 ,并对化学信息学的定义、研究内容以及化学信息学课程的建设进行了探讨     

化学信息学综合实践教学设计探索*

实践教学在化学信息学教学中占有重要地位,目前化学信息学实践教学以上机教学为主。新时期下,化学信息学综合实践教学作为原本上机教学的有力补充,是提升化学信息学教学效果、完善化学本科人才培养体系的重要环节。阐述了化学信息学综合实践教学的要点,并通过实际教学案例讲解了实施细节,同时通过问卷反馈评估了实施效果。     

大学本科化学信息学课程的设计与优化

在分析了化学信息学课程基本内容与特点的基础之上,结合近年来我院相关课程的教学改革与实践,提出了大学化学信息学教学的两个层次;重点探讨了本科生化学信息学课程体系的设计与优化,为推进化学信息学教学改革抛砖引玉。     

分子信息编程开放实验的设计与实践

本化学信息学开放实验设计了一系列与分子有关的读写、分析、修改任务。学生在编程完成任务的过程中需将程序设计课程里学习到的数据结构与算法同熟悉的化学理论结合,利用计算机去解决与分子有关的具体问题。通过教师的讲解与自身的实践,参与学生能逐步了解计算机分子结构表征的理论与方法,掌握基础的分子信息编程技能。教学经验也表明,普通化学专业的学生能够独立完成主要的实验任务,并在实验过程中对化学信息学本身产生较浓厚的兴趣。     

计算(机)化学学科进展(2011-2013)

计算(机)化学已成为化学学科的重要组成部分,在理论计算、分子模拟、数据挖掘以及复杂体系分析中发挥了重要作用。本文总结了近年来化学信息学的研究进展,包括化学信息学方法、软件及数据库技术以及化学信息学在结构、性质、相互作用、反应机理,蛋白质及功能材料的性能研究,复杂体系化学数据分析中的应用。共引用参考文献78篇。     

Schrödinger药物虚拟筛选流程模块在大学生物和化学信息学教学中的应用

介绍了Schr?dinger药物虚拟筛选的基本原理和流程,结合大学生物和化学信息学课程的相关教学内容,分别描述了蛋白受体的预处理、类药性五原则、毒药物动力学(ADME)、泛筛选干扰化合物(PAINS)、高通量虚拟筛选、标准精度筛选、高精度筛选和MM/GBSA的打分排序原理和使用方法。该软件可以在大学生物和化学信息学的教学中演示,有助于提高学生对蛋白结构、分子构象、药物虚拟筛选和计算机辅助分子设计的理解,该软件有很好的图形界面,可以给学生直观的体验,大大丰富了大学课堂的教学内容。此外,该软件在药物设计领域里面也有很好的应用价值,大大节约了药物筛选的成本,提高了药物发现的效率。     

化学信息学与生物信息学开放性比较

通过对化学信息学与生物信息学在公共资源、数据文件格式、软件编程语言、科学文献与教材等诸方面的比较与分析,指出生物信息学的成功因素在于其开放性;与之相比,虽然高等学校、研究所等教育科研领域和商业公司（特别是药物研发公司）都发布了不少化学信息学开源或自由软件以及一些开放数据,但化学信息学仍然由于各种原因使得开放性不足。有鉴于此,国内建立了化学化工资源导航系统,启动了《计算化学e-science研究以及示范应用》等国家自然科学基金重大项目。在教育、教学方面也应继续改革,使化学信息学能真正适应和促进当前药物发现研究。     

化学信息学的涵义及教育

化学信息学是近年来发展起来的新学科 ,它的产生与发展是基于化学信息量指数般增长 ,特别是组合化学及高通量筛选的迅速发展。组合化学方法能像搭积木块一样快速合成及制备大量的化合物。一个组合化学库包括数百个至数十万个化合物 ,为药物开发提供丰富的化合物源。高通量筛选能达到 1× 1 0 4～ 1× 1 0 5 个化合物 /天。组合化学及高通量筛选为药物研制提供新的技术支柱 ,同时也为化学信息学的产生与发展提供良好的机遇。　　人类基因组计划为药物开发与疾病的治疗提供众多的新靶标。据 1 996年统计用于药物研制的靶标有 483个分子靶 (其…     

第九届全国计算（机）化学学术会议（第一轮通知）

主办单位:中国化学会计算机化学专业委员会协办单位:化学生物传感与计量学国家重点实验室(湖南大学)承办单位:四川大学国际计算机化学包括化学信息学研究的发展方兴未艾,近几年来伴随着理论与计算化学、分子模拟与设计、数据挖掘技术,因特网资源综合利用以及化学计量学等领域的发展,取得了令世人瞩目的重要进展.我国的计算(机)化学包括化学信息学研究也伴随着这些学科的飞速进步得到快速发展,通过学科相互交叉、相互渗透,目前发展快速、成效显著,在某些研究方面接近或达到国际先进水平.为更好地总结、交流我国在计算(机)化学包括化学信息学…     

当前化学教学改革若干问题的意见

理科化学学科教学指导委员会会议 1 999年 1 2月中旬在合肥中国科技大学召开 ,会议就当前化学教学改革的若干问题进行了认真的讨论。现总结如下 ,供各校参考。1　关于教学改革立项　　教学指导委员会会议分析了当前教学改革的形势和存在的主要问题 ,认为原来化学专业、应化专业及非化学类专业化学教学的“面向 2 1世纪课程体系及教学内容改革”已取得了一定成果 ,处于结题验收阶段 ,但教学改革是一项长期任务 ,任重而道远 ,而实验教学改革、化学信息学课程建设及教学方式现代化等方面更是当前迫切需要解决的问题。　　 ( 1 )纵观当前化学实…     

信息化学研究进展

信息化学（chemoinformatics)作为信息学与传统化学的交叉学科，是当前化学领域上的一个研究热点，本文论述了它的产生背景、理论基础、研究任务，提出了信息化学学科在总体上应具有的三个层次（接口结构），详细地阐明了信息化学的工作方式，并探讨了各个层次和信息采集接口之间的相互关系，最后，我们结合自己的工作预测了信息化学研究今后的发展方向。     

化学计量学/信息学助推化学与分析测试科学研究范式转换

该文回顾了科学研究范式的形成并讨论了化学与分析测试科学的相关发展历程。实验科学向理论科学演进实际是现代科学的形成过程,对化学而言是一个困难的数学化进程,直到第三即计算科学范式形成,化学的现代科学地位才得以确定。分析化学或分析测试科学发展过程中遇到类似的问题,化学计量学/信息学在助推其完善分析化学“数学化”进程的同时,也能够挖掘更多有效信息。随着现代分析仪器的快速发展和数据海啸的到来,化学计量学/信息学作为成熟的化学学科分支和有力“武器”,正在协助并推动化学和分析测试科学步入第四即“数据密集型”的科学新范式。该文以作者实验室的研究工作为基础,论述了化学计量学/信息学助力推动化学与分析测试科学研究范式的转换过程中的相关进展,并对未来的研究动向进行了展望。     

化学信息学网络化教学系统的研制

本文介绍了化学信息学的基本概念与基本内容 ,并重点介绍了我们建立的基于Internet的网络化教学系统。该系统包括课堂教学系统、作业系统以及教学需要的其他内容 ,由HTML文件构成 ,可通过浏览器 (Netscape或InternetExplorer等 )直接调用 ,用于化学信息学课程的教学工作。     

21世纪理论化学的重要课题之我见

在Ｌｅｈｎ所提出的化学信息学的基础上，结合现有的化学反应判据及动力学模型，提出了一些值得思考的问题     

深度学习在化学信息学中的应用研究进展

在知识、数据、算法与算力的多重驱动下，深度学习不仅在计算机视觉、自然语言处理等研究领域取得了突破，并随着各学科间的迁移应用于交叉融合，逐渐衍生出多个新兴研究方向。化学信息学作为以应用信息学方法以解决化学问题的学科，深度学习技术凭借其强大的非线性学习能力，通过深度学习模型可以从数据集中对其进行筛选预测，再基于理论计算对结果可行性进行理论验证，最后通过实验表征结果，缩短了实验周期、降低了人力成本、加速了化学信息学智能化。本文简要介绍了深度学习发展历史及主要网络模型架构，介绍了近年来深度学习在在化合物合成路线规划、化合物结构活性与性质及催化剂设计的最新研究和应用现状，并对未来的发展方向进行讨论与展望。     

化学信息学网络考试系统的构建

在WindowsNT 4 .0服务器建立化学信息学的Access试题数据库 ,使用ASP编写网络考试系统 ,供学生在Internet上使用浏览器进行在线考试。该系统安全可靠、应用范围广 ,是发展远程教育的重要工具     

Internet推动的化学信息学重要进展*

Internet的普及为专业人员获取数据信息、利用计算工具提供了统一的平台,由此为化学信息学的发展带来了新的空间,推动了化学信息学以网络为基础,以化学相关的数据、信息及计算资源共享为目标的快速发展。本文将从不同侧面回顾近10年来化学信息学的重要进展, 包括：(1) 网络化学信息检索：索引对象从化学浅层网向化学深层网发展;检索工具从Web化学信息资源导航向化学专业搜索引擎(包括文本信息和化合物标识信息)、及化学深层网检索引擎 (化合物物性数据提取)发展;索引粒度从Web站点向页面、乃至页面中的特定内容发展,一般页面特定内容的数据提取(即非结构化数据提取)是未来发展的方向。(2)可共享的化学数据库：从可免费访问和使用的化学数据库向数据库内容通过集成多来源数据(包括数据库拥有者主动收集、多来源数据主动提交达到共享的方式,repository)实现数据库内容免费下载和共享,以及不同数据库之间的相关内容实现无缝连接的方向发展(如NIH建成的药物小分子共享数据库PubChem)。(3) 开源(open source)化学软件工具包：从化学结构基本处理模块如CDK、JOELib向集成开发环境如化学信息学与生物信息学集成环境Bioclipse发展。(4) 与化合物及其数据共享相关的推荐标准：包括用于共享数据交换的化学标记语言CML、IUPAC推荐的学术论文相关热力学实验数据提交标准ThermoML及化合物结构唯一描述码InChI。(5) 计算化学资源共享及基于网格的应用：从可执行程序的下载向在线计算、基于网格的应用发展。(6) eChemistry和虚拟研究环境：网络也成为化学相关日常的科学活动中不可缺少的平台。构建以网络为平台、支持开展科研活动的数字化基础设施和服务的eChemstry探索开始出现,根据需要自主集成多来源数据和计算资源,形成不同层次的支持协同工作的虚拟研究环境是未来数据和计算资源共享方式的发展方向。     

能手-熟手教师对化学教学内容认识的对比研究——基于“化学反应速率”教学的课堂观察与访谈

通过对能手与熟手教师"化学反应速率"教学的课堂观察和访谈,发现能手-熟手教师对同一教学主题化学教学内容的认识与理解存在较大差异。能手教师对教学内容的认识水平更高,对化学教学内容的层次性认识更清晰,对化学教学内容所蕴含的化学学科思想、化学过程、化学方法认识更丰富。