基于基因序列的乙型肝炎病毒基因分型方法的比较

采用3种不同的生物信息分析法对HBV S基因序列进行分析以鉴定HBV基因型,并比较分析各方法的优缺点。采集10例HBV慢性感染者血清,抽提HBV DNA,PCR扩增HBV S基因并测序。分别采用Clustal X软件和Bioedit软件计算S基因核苷酸和氨基酸同源性;DNAstart软件、Clustal X软件和Mega 4软件绘制S基因遗传进化树;以及在线Genotyping软件,将10例S基因序列与不同型及亚型HBV S序列比较以鉴定基因型及亚型。S基因核苷酸和氨基酸同源性计算结果显示1,3,4,5,7,8,9,10号标本与B2AF121243同源性最高,核苷酸同源性分别是98.0%,99.0%,98.8%,99.1%,99.2%,99.5%,99.5%,99.6%,而2号标本与C2 M38636同源性最高,核苷酸同源性为97.7%,6号标本与C4GQ377630同源性最高,核苷酸同源性为97.3%;构建系统树法鉴定结果为1,3,4,5,7,8,9,10号标本与B2AF121243进化距离最近,而2号标本与C2M38636进化距离最近,6号标本与C4GQ377630进化距离最近;Genotyping比对发现1,3,4,5,7,8,9,10号标本属于B基因型,2,6号标本属于C基因型。结论S基因核苷酸及氨基酸同源性的计算法可有效用于乙型肝炎病毒基因分型,是对现有分型方法系统树构建法以及在线Genotyping法的补充。     

尿酸介导OPRD1基因低甲基化影响阿尔茨海默病（英文）

探讨OPRD1基因甲基化与尿酸及阿尔茨海默病的相关性,并在细胞实验中证实尿酸可影响OPRD1基因甲基化水平.采集阿尔茨海默病组、高尿酸血症组及健康对照组的静脉血,检测OPRD1基因甲基化水平,并探讨与尿酸水平的相关性.细胞实验中,采用不同尿酸浓度先后处理细胞,分别检测OPRD1基因甲基化水平.结果表明,高尿酸血症组OPRD1基因pos2、pos4位点甲基化水平低于健康对照组,阿尔茨海默病组pos4位点甲基化水平高于健康对照组,尿酸水平与OPRD1基因甲基化水平负相关,高浓度尿酸下细胞OPRD1基因pos2、pos3、pos4位点的甲基化水平更低.由此得出尿酸可能通过介导OPRD1基因pos4位点的低甲基化修饰,从而影响阿尔茨海默病的发病.