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在不同酸度条件下(pH=3.0,6.0,7.4,9.0)诱导人血清白蛋白(HSA)进行质子化或去质子化,以研究其与小分子2,2',4,4',5,6'-六溴联苯醚(BDE154)的结合情况.首先将HSA与BDE154进行半柔性对接,发现BDE154与HSA周围的残基,如:酪氨酸150、赖氨酸195、赖氨酸199等存在较强的疏水相互作用.然后通过分子动力学模拟技术研究HSA在不同质子化状态下的动力学行为和热力学性质,可知过多的正电荷使HSA或者HSA-BDE154的系统稳定性变差.最后对HSA-BDE154的结合自由能进行预测,并对分子动力学模拟结果进行二级结构分析,结果表明HSA-BDE154复合物体系中随着酸度的增大,配体的结合对HSA的去螺旋过程有促进的作用. 相似文献
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在pH 7.6的PBS介质中,且在PVA存在下,荧光桃红在其荧光发射峰555nm处的荧光强度因β-环糊精的加入而增强(荧光开),当在此体系中加入镍(Ⅱ)离子,其荧光发生猝灭(荧光关),其猝灭程度(ΔIf)与镍(Ⅱ)的质量浓度在5~300μg·L-1范围内呈线性关系,检出限(3S/N)为1.75μg·L-1。应用此"开关"型荧光探针测定了污水和矿石样品中镍的含量,并用标准加入法进行回收试验,测得回收率在98.8%~106%之间,测定值的相对标准偏差(n=10)在1.2%~2.2%之间。对此荧光体系的反应机理也作了初步探讨。 相似文献
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利用分子对接、分子动力学模拟、荧光光谱、紫外光谱及同步荧光光谱法研究了2,3,3′-三氯联苯(PCB-20)与人血清白蛋白(HSA)的相互作用。分子对接结果表明,PCB-20与HSA通过疏水作用力稳定结合于HSA的疏水空腔内。光谱法实验结果表明,PCB-20通过与HSA形成HSA-PCB20复合物从而对HSA具有荧光猝灭作用,猝灭原因是静态猝灭和非辐射能量转移,热力学参数也表明两者结合的主要驱动力为疏水作用力,计算模拟与实验结果吻合度较高。分子动力学模拟结果表明,PCB-20能够与HSA稳定结合,且与同步荧光光谱实验共同证明其对HSA的构象变化产生了一定影响。 相似文献
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烃基酚类化合物对四膜虫毒性的定量结构-活性相关研究 总被引:2,自引:0,他引:2
在B3LYP/6-311G*水平上全优化计算了41个烃基苯酚的量子化学参数,连同取代烃基位置编码参数共同表征有机物的分子结构,应用基于预测的模型变量选择方法(VSMP)选择描述子最佳子集,建立了偶极距(μ)和分子平均极化率(α)与烃基苯酚对梨形四膜虫水生毒性pIGC50 两变量线性QSAR模型,模型的相关系数r为0.9434,均方根误差RMSE为0.2548,LOO交叉验证相关系数Q为0.9170,均方根误差RMSV为0.3066;为检验模型的稳定性和预测能力,将41个样本分作了奇数集和偶数集,分别建立了模型,并用y-Randomization方法对全部样本、奇数集和偶数集所建立的模型进行了检验;建立的奇数集和偶数集模型均满足Tropsha研究小组建议的预测能力标准. 相似文献
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Complete optimization was conducted for 136 polybromo-phenoxathiin congeners(PBPTs) on the B3LYP/6-31G* level with Gaussian 03 program.The structural parameters and thermodynamical parameters of each molecule were obtained under the standard state of 298.15 K and 1.013×105 Pa.Reverse linear regression was employed to establish the quantitative structure-property correlation models between heat capacity at constant volume(CVθ),entropy(Sθ),standard heat of formation(△fHθ) and standard free energy of formation(△fGθ) of PBPTs and the structural parameters(the most negative atomic charge(q-) and molecular average polarizability(α)).These models presented better correlations(r20.97).And they were validated by variance inflation factor(VIF) and t-test,which can better explain the regularity of thermodynamical property of PBPTs,and has good stability and great prediction ability. 相似文献
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在B3LYP/6—311G*水平上全优化计算了41个烃基苯酚的量子化学参数,连同取代烃基位置编码参数共同表征有机物的分子结构,应用基于预测的模型变量选择方法(VSMP)选择描述子最佳子集,建立了偶极距(μ)和分子平均极化率(α)与烃基苯酚对梨形四膜虫水生毒性pIGC50两变量线性QSAR模型,模型的相关系数r为0.9434,均方根误差RMSE为0.2548,LOO交叉验证相关系数Q为0.9170,均方根误差RMSV为0.3066;为检验模型的稳定性和预测能力,将41个样本分作了奇数集和偶数集,分别建立了模型,并用Y—Randomization方法对全部样本、奇数集和偶数集所建立的模型进行了检验;建立的奇数集和偶数集模型均满足Tropsha研究小组建议的预测能力标准。 相似文献
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采用分子对接、分子动力学模拟和光谱法研究了2'-羟基-2,4-二溴二苯醚(2'-OH-BDE-7)与人血清白蛋白(HSA)的相互作用.同步荧光光谱研究表明,2'-OH-BDE-7诱导HSA的构象产生变化,并与分子动力学模拟的结果相吻合.荧光光谱表明,2'-OH-BDE-7能引起HSA荧光猝灭,且其作用机制为静态猝灭和非辐射能量转移.热力学分析得出ΔG0,ΔH0和ΔS0,表明氢键和范德华力在HSA-2'-OH-BDE-7的体系中起着重要作用.竞争实验和分子对接结果表明2'-OH-BDE-7主要结合在HSA的位点Ⅰ.将计算模拟和光谱实验研究相结合,为研究小分子和蛋白质相互作用机制提供更多的信息. 相似文献