蛋白质组学中基质辅助激光解吸电离的基质研究进展

基质辅助激光解吸电离(MALDI)技术是近年来发展起来的新的质谱离子化技术。本文较为系统地综述了应用于蛋白质组学中的MALDI基质的最新进展以及不同的基质的优缺点及应用范围,并且归纳了其发展趋势。     

应用非同质荷比规则提高蛋白质组学检索结果的可信度和灵敏度

如何筛选合理的数据库匹配结果对于基于质谱的蛋白质组学研究至关重要。但是目前,基于打分体系和反转数据库的筛选方法都无法有效的避免假阳性和假阴性匹配的存在。因此,本文提出了一种系统的搜索策略: 非同质荷比检索规则 (INMZS)。在该策略中,所有匹配结果都需要检查相关匹配质荷比的分享程度,只有那些相关质荷比均为专有匹配时,蛋白质才会被作为可信结果保留,策略还采用迭代搜索方法以提高鉴定低丰度组分的灵敏度。最终,所有的匹配结果由诱饵数据库方法进行评估以得到最终结果列表。INMZS策略在标准蛋白质混合物和大规模人肝蛋白质组数据上进行了模拟及应用,结果显示,INMZS规则和诱饵数据库评估方法的结和可以有效的保证蛋白质组学数据匹配的可信度及灵敏度,可以广泛适用于基于二维凝胶电泳及非shotgun技术的蛋白组学研究中。