磷酸化蛋白质组分析的数据处理新方法研究(Ⅰ)

蛋白质可逆磷酸化在胞外信息传递到核内、细胞生长、分裂、分化和代谢等生命活动过程中起着关键的作用。蛋白质磷酸化对众多蛋白质生物化学功能担负着开/关调控责任,是一种普遍的调控机制,与各种生命活动息息相关。因     

Ⅱ型糖尿病大鼠神经视网膜组织中差异蛋白质分析

以高脂饮食联合小剂量链脲菌素(Streptozotocin, STZ ) 注射方法诱导大鼠II型糖尿病 (T2DM) 模型为研究对象, 采用比较蛋白质组学技术鉴定和分析早期糖尿病神经视网膜差异表达蛋白.通过联用液氮内研磨、冰浴超声、高速离心提取全蛋白技术,提取每只大鼠神经视网膜全蛋白质总量约900 μg.采用双向凝胶电泳(2-DE) 分离技术,获得2500个以上可辩认的蛋白质斑点.通过蛋白质组学比对技术筛选出糖尿病状态下神经视网膜差异表达蛋白,用基质辅助激光解吸电离飞行时间串联质谱 (MALDI-TOF- MS/MS) 和肽质量指纹图谱 (PMF) 鉴定出20个差异蛋白点.按照Gene Ontology (GO)分类体系,对差异蛋白归类分析,揭示其亚细胞定位和分子功能.应用Pathway Studio软件对差异表达蛋白的生物学意义进行分析,认为凋亡是早期糖尿病视网膜病变(Diabetic retinopathy,DR) 重要的细胞事件;AnnexinΙ、CRYAB、mtHsp70蛋白是与病理过程相关的关键蛋白,对研究DR致病机制有重要意义.     

蛋白质组学研究中傅立叶变换离子回旋共振质谱数据采集方法的比较

探讨了线性离子阱-傅立叶变换离子回旋共振质谱(LTQ-FT)的数据采集模式对蛋白质组鉴定结果的影响,比较和分析了针对不同复杂程度样本的最佳采集模式.对于α-乳清蛋白4种标准蛋白质酶切肽段混合物的简单体系,在傅立叶变换离子回旋共振腔中选3个最强母离子进行选择离子监测扫描后, 再实施二级碎裂的方法(SIM3) 得到的肽段覆盖率, 分别是直接选10个最强母离子进行二级碎裂(FT10)方法得到的肽段覆盖率的1.5～1.9倍.另外, 对酵母蛋白酶切肽段混合物的复杂体系鉴定时,只采集双电荷和三电荷母离子进行二级扫描的方法(FT10_23)比单电荷、双电荷和三电荷都采集的方法(FT10_123)得到的图谱鉴定成功率提高64.1%.实验还对不同数据采集模式下图谱的特点进行了考察.本研究表明,针对不同复杂程度的样本,应采取不同的质谱数据采集方法.     

基于分子信标探针和生物功能化纳米颗粒的蛋白质分析

随着人类基因组测序计划的完成,生命科学研究热点逐渐由基因组学向蛋白质组学转移.分析化学工作者利用分子信标探针和生物功能化纳米颗粒的固有优势,发展了一系列新原理、新方法和新技术并在蛋白质组学研究领域得到了广泛应用,极大地促进了蛋白质组学的发展和进步.本文主要综述了基于分子探针和生物功能化纳米颗粒开展的一系列实时、原位、灵敏、特异的蛋白质分析研究,包括:非特异性/特异性蛋白质的检测与分离、蛋白质/DNA相互作用研究、细胞表面蛋白质的识别,以及基于抗原-抗体反应的病原菌检测等,并进一步展望了基于分子信标探针和生物功能化纳米颗粒的蛋白质分析研究的发展前景与关键问题.     

模拟微重力效应引起大鼠脑氧化应激与Na~+,K~+-ATP酶表达下调

采用地基模拟微重力效应的大鼠吊尾模型重现了微重力环境导致的氧化应激现象。对脑组织中OH自由基及丙二醛含量测定结果表明,吊尾组大鼠脑纹状体及海马均较其对照组显著性升高,反映了脑中发生了明显的氧化应激。通过比较蛋白质组学方法测定了纹状体突触蛋白的差异表达情况,发现鉴定到的所有ATP酶的表达均发生下调。这些结果表明,微重力效应的影响与氧化应激增强、Na+,K+-ATP酶表达或活性下降密切相关,为进一步探究微重力环境的作用机制及其对于生理系统造成的其它损伤研究提供了依据。     

创新数据非依赖性采集用于复杂基质目标蛋白质的定量分析

数据非依赖性采集( DIA)是随着定量蛋白质组学而建立的质谱扫描技术。 DIA能够获得扫描范围内所有母离子及二级子离子信息,不会造成低丰度离子信息的丢失,同时突破了高分辨质谱二级定量的通量限制。本研究基于静电场轨道阱Q-qIT-OT三合一质谱,发展了经典DIA方法以及WiSIM-DIA和Full MS-DIA两种全新DIA方法,并对Hela细胞全蛋白中添加的10条低浓度肽段进行定量分析,考察方法的线性、重现性和灵敏度。结果表明,3种方法的定量限均低至amol (14~435 amol),并展示出良好的线性和定性确证可靠性。其中,WiSIM-DIA基于超高分辨一级监测定量,与经典DIA优势互补;Full MS-DIA的选择窗口仅3 amu,能够直接进行搜库鉴定,实现了数据依赖性采集( DDA)和DIA的统一,摆脱了DIA依赖于DDA建立谱图库的局限性。     

蛋白质棕榈酰化修饰的分析方法进展

棕榈酰化修饰是蛋白质翻译后脂质修饰的重要形式之一,在细胞信号传导、代谢、凋亡、疾病的发生、发展等过程中都起着重要的作用。因此,定性和定量分析蛋白质棕榈酰化修饰对理解其生物学功能具有重要意义。本文综述了近年出现的蛋白质棕榈酰化修饰分析技术和方法及其优缺点,并对其未来的发展趋势进行了展望。     

AB SCIEX下一代蛋白组学平台为蛋白组学研究带来了全新的变革

2014年6月17日,全球生命科学分析技术的领导者AB SCIEX公司宣布推出用于定量蛋白质组学的革新性解决方案—配备SWATHTM采集技术2.0的TripleTOF6600系统。这款高分辨率、精确质量,并结合最新SWATHTM采集技术2.0的质谱系统,为先进的生物标志物发现与系统生物学领域中面临的蛋白组学数据的挑战带来了全新力量。当前蛋白组学研究重心正在从发现阶段转移到全面的定量分析,AB SCIXE公司的解决方案具有独特的优势,能够实现跨越大样     

固定化酶微反应器的制备及应用

固定化酶微反应器是将生物分子固定技术与生化微反应相结合制备的一种固定化催化装置。这种微型化的反应系统由于兼具固定化酶的特异性催化、可重复利用及微分析的低消耗、易分离等优点,在生命科学如蛋白质组学、酶抑制剂的筛选、生物催化等领域具有非常重要的作用。固定化酶微反应器的性能与其制作方法关系密切。本文着重从酶与固定化载体结合方式的角度,对近年来固定化酶微反应器的各种制备方法和应用进行了较为详细的评述。重点讨论了各种方法的优缺点和最新的发展情况,并对其发展前景进行了展望。