基于离散小波变换的蛋白质结构、功能与进化关系延时交叉相关分析

基于氨基酸的疏水特性, 将离散小波变换与延时交叉相关分析相结合, 提出了一种分析蛋白质结构、功能和进化关系的新方法——序列小波层次相关法. 以丝氨酸蛋白酶超家族中Trypsin种属为研究对象, 描述了该方法在揭示不同物种的Trypsin蛋白质进化关系中的应用; 以蛋白质酪氨酸磷酸酶、血红蛋白和溶菌酶为例, 采用该方法揭示了蛋白质之间功能与序列的内在关系. 该方法为非参数方法, 具有简单、直观、可视和可操作性强等特点, 且不需要事先知道蛋白质的结构, 仅从蛋白质的氨基酸序列出发即可比较和揭示蛋白质之间的关系.     

微流控芯片技术在蛋白质分析中的应用进展

近年来,微流控芯片技术取得了显著的发展。随着微电子及微机械等制作技术的不断进步,高通量、高效、快速、低成本的微流控分析芯片在蛋白质和多肽分析方面获得了令人瞩目的成果。本文主要介绍了微流控芯片在蛋白质组学分析研究的应用和发展。引用文献52篇。     

三维荧光光谱法研究蛋白质溶液构象

采用三维荧光光谱法(三维荧光光谱、三维荧光偏振光谱)结合内源荧光探针色氨酸对牛血清白蛋白(BSA)和鸡蛋白蛋白(EA)及其在不同条件下的构象变化进行了研究.结果表明,三维荧光光谱法是一种研究蛋白质溶液构象很有效的分析方法,该方法能够较直观地表明色氨酸残基在蛋白质分子中的微环境及其在不同条件下的构象变化,并得出了一些有价值的结果.     

ELASTIC BEHAVIOR OF PROTEIN-LIKE SINGLE CHAIN

The conformational properties and elastic behaviors of protein-like single chains in the process of tensile elongation were investigated by means of Monte Carlo method. The sequences of protein-like single chains contain two types of residues: hydrophobic (H) and hydrophilic (P). The average conformations and thermodynamics statistical properties of protein-like single chains with various elongation ratio λ were calculated. It was found that the mean-square end-to-end distance r increases with elongation ratio,λ. The tensor eigenvalues ratio of : decreases with elongation ratio λ for short (HP)x protein-like polymers, however, the ratio of : increases with elongation ratioλ,especially for long (H)x sequence. Average energy per bond increases with elongation ratioλ, especially for(H)x protein-like single chains. Helmholtz free energy per bond also increases with elongation ratioλ. Elastic force (f), energy contribution to force (fU) and entropy contribution to force (fs) for different protein-like single chains were also calculated.These investigations may provide some insights into elastic behaviors of proteins.     

固定化酶反应器及其在蛋白质组研究中的应用

综述了近年来国内外酶固定化载体的研究进展,侧重于无机材料和有机聚合物材料上的固定化酶方法;此外,也介绍了固定化胰蛋白酶反应器与分离系统联用在蛋白质样品分析中的应用,并展望了固定化酶反应器的研究方向及其在蛋白质组中的应用前景。     

优化分离与鉴定蓝斑背肛海兔口腔神经节蛋白质组

采用双向凝胶电泳技术优化分离蓝斑背肛海兔(Notarcus leachii cirrosus Stimpson, NLCS)口腔神经节(Buccal Ganglion, BG)蛋白质组, 并获得约300个蛋白质斑点. 用组合基质辅助激光解吸电离化飞行时间(MALDI-TOF)质谱技术和胶内酶解技术测定BG蛋白质组中的96个蛋白质斑点的肽指纹(Peptide mass fingerprint, PMF)图谱. 经数据库检索与比对后, 发现96种蛋白质中仅有4种蛋白质可获得较高的匹配率, 它们分别是微管蛋白(Tubulin)、 肌动蛋白(Actin)和两个1,5-二磷酸核酮糖-羧化酶/加氧酶(Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase, Ribulose), 均属于神经细胞骨架蛋白质; 同时还发现一种交配信号肽前体(Peptide mating pheromone precursor). 利用LOCtrees软件和分类法对56种蛋白质进行亚细胞定位与分类.     

磷脂酶A2家族的功能性分类研究

采用“结合强度指纹图谱分析”方法, 通过对多重分子对接得到的作用强度数据进行聚类矩阵分析对蛋白质进行功能分类. 着重研究了磷脂酶A₂家族基于抑制剂作用强度的功能分类, 并且与基于序列的聚类结果进行比较, 成功地解决了序列比对方法不能处理的远源蛋白(cPLA₂)的分类问题.     

Mammalian-like Purple Acid Phosphatases in Plants

Introduction Purpleacidphosphatases(PAPs)compriseofa familyofbinuclearmetal containinghydrolases,some membersofwhichhavebeenisolatedandcharacterized fromanimal,plantandfungalsources[1].PAPsnoton lycatalyzethehydrolysesofawiderangeofphosphate estersandanhy…     

考马斯亮蓝-SLS体系共振瑞利散射法测定蛋白质

研究了考马斯亮蓝与蛋白质的结合反应。在十二烷基磺酸钠的存在下,于pH1.6的酸性介质中,蛋白质与考马斯亮蓝可形成复合物,使最大波长351 nm的共振光散射光谱得到加强,据此,用于蛋白质的定量测定。十二烷基磺酸钠的加入,可使灵敏度提高3.2倍。本法测定牛血清白蛋白、人血清白蛋白、卵蛋白、γ-球蛋白的线性范围分别为:0.04~0.8、0.03~0.5、0.04~1.00、.06~1.2 mg/L,检出限分别为:6.3、4.7、7.9、9.2μg/L。已用于人血清、牛奶、豆浆、尿液中蛋白质的测定,所得结果与经典的考马斯亮蓝法一致。     

扩张床吸附技术

扩张床是流化床的一种特例。它具有流化床的特点,能处理含悬浮颗粒的液体。又具有固定床的优点,流动成活塞流;返混程度低,分离效率高。作为蛋白质的初步分离方法,它能取代固液分离、浓缩和初步纯化等三步操作。具有提高收率、降低投资费用、缩短操作时间等优点,成为生物工程下游过程的研究热点。本文综述了近年来扩张床吸附技术的发展。包括：1、原理：床层的分层稳定性、吸附剂和吸附柱;2、操作：吸附、洗涤、洗脱和再生4个步骤;3、流动动力学特性：床层扩展特征和停留时间分布;4．在蛋白质纯化中的应用。