HIV-1整合酶G140A/G149A及T661/S153Y突变后的构象变化

对HIV-1整合酶(IN)野生体(WT),G140A/G149A和T66I/S153Y突变体分别进行了5 ns的分子动力学(MD)模拟,并用成簇和动力学交叉相关图(DCCM)分析了突变前后的构象变化.整体结构分析表明,突变后IN的活性口袋尺寸变化不大,T66I/S153Y突变体分子的整体运动性提高,而G140A/G149A突变体的功能loop区柔性明显上升.IN WT的方均根涨落(RMSF)模拟值与B因子实验值的较高相关性证明了柔性分析的合理性.通过成簇分析发现,IN在突变后功能loop区构象有开合运动,构象开放的概率是:体系G140A/G149A＞T66I/S153Y＞WT.最后DCCM分析结果表明,功能性分区的弱化以及DDE基序残基运动相关性的降低均有可能是突变体G140A/G149A和T66I/S153Y产生抗药性的原因.模拟结果对理解IN突变体的抗药机理以及为基于HIV-1 IN的药物分子设计提供了理论帮助.     

小镍团簇Nin(n=2～6)电子结构和拓扑分析

在UBP86/TZVP水平上计算了小镍团簇(Ni<,n>,n=2～6)的稳定基态结构并用自然键轨道(NBO)和分子中的原子量子理论(QTAIM)分析了这些团簇的电子结构.计算结果表明,Ni团簇基态结构具有较高自旋多重度.QTAIM分析表明镍团簇中Ni-Ni键均为金属键.除Ni<,2>团簇中Ni-Ni键为纯粹的σ键外,其...     

杂双核Rh(I)-Cr配合物催化乙烯氢甲酰化反应机理的理论研究

本文采用密度泛函理论研究了杂双核HRh(CO)(PH3)(m-PH2)2Cr(CO)4配合物催化乙烯氢甲酰化反应的机理。分别研究了结合机理和解离机理,并对两个机理进行比较。计算结果表明Cr(CO)4片段的引入并没有改变简单烯烃氢甲酰化反应的机理。解离机理占主导地位。羰基插入是整个反应的决速步骤,且在298.15 K和101.325 kPa下,其活化自由能为91.15 kJ/mol。醛的还原消除步骤是不可逆的。这些结果与以前的理论和实验研究结果一致。     

杂双核Rh(I)-Cr配合物催化乙炔氢甲酰化反应机理的密度泛函研究

用密度泛函B3LYP方法对杂双核(CO)4Cr(μ-PH2)2RhH(CO)(PH3)配合物催化乙炔氢甲酰化反应机理进行了详细研究. 对结合和解离机理所涉及中间体和过渡态的结构进行详细分析, 在此基础上阐明了金属铬的协同性. 计算结果表明解离机理占主导地位. 乙炔氢甲酰化反应的决速步骤为炔烃插入步骤, 在298.15 K和101.325 kPa下的活化自由能为73.72 kJ/mol. 乙炔插入和醛还原消除步骤均在热力学上不可逆. Cr(CO)4部分的引入并没有改变乙炔氢甲酰化反应机理. Rh与Cr间的d轨道相互作用在反应过程起重要作用.     

O（~1D）与CF_2HCl反应的理论研究

用量子化学密度泛函理论（DFT）和G3B3方法，对为（~1D）与CF_2HCl的反应 进行了研究，在B3LYP/6-311+G(d)，B3LYP/6-311+G(2df,2pd)和G3B3计算水平上， 优化了反应热能面上各驻点的几何结构，通过内禀反应坐标（IRC）计算和振动分 析，对反应过渡态进行了确认，并确定了反应机理。     

Ni原子活化氨分子理论研究

在UB3LYP/6-311＋＋G(3df,3pd)水平下, 详细研究了Ni活化NH₃分子的单重态和三重态势能面, 并用分子中的原子量子理论(Quantum Theory of Atom-in-Molecular, QTAIM)计算了势能面上所有驻点的性质. 计算结果表明, 单重态势能面有两条反应途径, 而三重态势能面仅有一条反应途径. 第一个N—H断开的活化能较低, 为99.96 kJ/mol, 活化自由能为100.86 kJ/mol,在常温下就可以进行; 第二个N—H键断裂所需能量高达200 kJ/mol, 不容易进行. 在合适温度下, Ni可以活化NH₃得到三重态HNiNH₂, 这表明Ni可以作为活化NH₃分子的良好催化剂.     

HIV-1整合酶G140A/G149A及T66I/S153Y突变后的构象变化

对HIV-1整合酶(IN)野生体(WT), G140A/G149A和T66I/S153Y突变体分别进行了5 ns的分子动力学(MD)模拟, 并用成簇和动力学交叉相关图(DCCM)分析了突变前后的构象变化. 整体结构分析表明, 突变后IN的活性口袋尺寸变化不大, T66I/S153Y突变体分子的整体运动性提高, 而G140A/G149A突变体的功能loop区柔性明显上升. IN WT的方均根涨落(RMSF)模拟值与B因子实验值的较高相关性证明了柔性分析的合理性. 通过成簇分析发现, IN在突变后功能loop区构象有开合运动, 构象开放的概率是: 体系G140A/G149A＞T66I/S153Y＞WT. 最后DCCM分析结果表明, 功能性分区的弱化以及DDE基序残基运动相关性的降低均有可能是突变体G140A/G149A和T66I/S153Y产生抗药性的原因. 模拟结果对理解IN突变体的抗药机理以及为基于HIV-1 IN的药物分子设计提供了理论帮助.     

不对称Simmons-Smith反应的密度泛函研究

用密度泛函方法研究了Zn催化二氯甲烷和二碘甲烷分别与(3Z，2S)戊3-烯-2-醇反应的机理．计算表明，反应是吸热的．产物手性的决定步骤是环丙烷化．二碘甲烷与(3Z，2S)戊3-烯-2-醇的反应具有明显的对映选择性．其反应显著快于二氯甲烷与(3Z，2S)戊3-烯-2-醇的反应．     

Au2n-(n＝1, 2)催化CO氧化反应机理的理论研究

采用密度泛函理论B3LYP方法研究了金团簇阴离子 和 催化CO氧化反应的详细机理. 计算结果表明, O2分子比CO分子更容易吸附到金团簇上. 第二分子CO能有效降低较强O—O键断裂所需能量. CO氧化反应过程需要两个CO分子协同进行. 和 催化CO氧化反应均通过碳酸根中间体进行, 活化能分别为0.607 和0.658 eV. 和 都能在常温下有效催化CO氧化反应. 这些结果与以前的实验和理论研究一致.