基于实例的基因分类及确定基因标签模型

所建立的模型及所得的结论有利于利用数据库中已有的基因信息快速筛选出潜在的癌症相关基因，模型一和模型二以基因表达水平限值和差异显著性水平为分类要素，将基因分为两类．模型三利用逐步优化思想建立优化模型，确定出六组基因标签．模型四利用小波分析法去噪及相关性检验法，重新确定基因标签，包含8种特征基因，对癌症样本的检测率降低了，...     

考虑基因与基因间的交互作用的基因组选择方法研究

综合考虑主基因效应以及基因间的交互效应对植物选育种的作用是基因组选择研究关注的热点问题之一.目前已有的研究大多忽略了基因的交互效应,这主要是由于考虑交互效应会大大增加备选基因的数目,从而导致已有的统计建模方法不稳定.本文将基因效应与基因间的交互效应同时引入模型,提出三步模型构建方法以达到简化计算和提高模型预测精度的目标.第一步,不考虑具体模型,通过距离相关筛除方法删掉与响应变量显著无关的基因;第二步,在剩下的基因中,利用贝叶斯方法筛选可能的基因;第三步,基于选出的基因,同时考虑单基因效应和交互效应,利用惩罚方法选择模型并估计参数.通过模拟计算说明我们提出的方法与已有的一步模型选择方法相比具有计算简单、稳健、运行时间少并且预测精度高等优点.最后,将本文的方法应用于油菜花数据,实证分析表明,我们提出的方法显著地提高花期性状的预测精度.     

基因分类的统计方法

基因组学进行肿瘤分型中的基因筛选方法进行探讨,根据相关分析和95%参考值范围的概念确定筛选基因的方法,该方法利用了所有基因的信息,计算简便,在对白血病患者分型时取得了很好的效果.     

张波：GE财务基因

早在1906年,GE就开始发展同中国的贸易,是当时在中国最活跃、最具影响力的外国公司之一。1908年,GE在沈阳建立了第一家灯泡厂。1934年,GE买下了慎昌洋行,开始在中国提供进口电气设备的安装和维修服务。1979年,GE与中华人民共和国重建贸易关系。     

科学家发现儿童发育障碍基因

<正>【法新社巴黎12月24日】英国科学家今天说,他们发现了与儿童发育障碍有关,能导致心脏缺陷、心脏病发作和智力低下的12种基因。这份研究报告发表在英国《自然》周刊上。该报告的作者说,这些基因是在采集1133名患有不明病因的严重疾病的儿童及其父母的基因组的过程中发现的。他们写道,"这些新涉及的基因将可确诊的儿童比     

基因识别及其算法研究

针对基因识别问题,基于DNA序列的3周期这一性质,首先给出了DNA序列功率和信噪比的快速算法并讨论了不同物种基因类型的阈值确定方法;在此基础上,建立了基于背景噪声抑制和频谱平滑的SNR频谱预处理模型,经过预处理后的频谱不仅大幅度抑制了背景噪声,同时保留了SNR频谱的模式特征.在编码序列识别上,对经典的EPND预测算法进行了改进,使用改进的EPND算法对经过预处理后频谱进行基因识别,实验结果显示这种基因识别模型具有优异的基因识别性能,比传统直接使用基于滑动窗口DFT的EPND识别算法在敏感度、特异性等评价指标上提高了2%-12%左右.     

基因调控网络推断研究进展

随着高通量技术的发展,越来越多的生物医学组学数据亟需处理与分析,基于运筹优化的生物信息学方法是有效解析高维生物医学数据的重要途径之一。综述了近年来在基因调控网络推断方面的研究进展。针对不同类型的转录组学数据和研究目的,分别建立了相应的基因调控网络推断方法,主要包括先验基因调控网络数据库的建立、基于条件互信息的因果网络推断、基于微分方程的动态基因调控网络推断、转录调控和转录后调控协同作用的网络推断以及基因调控网络活性评价等,并展望了基因调控网络推断的重要研究方向。     

双特征参数基因识别算法实现

基因识别问题首要的工作是对数字化后的基因序列利用离散傅里叶变换(DFT)进行频谱分析.对于很长的DNA序列,功率谱或信噪比计算量很大,推导出了DNA序列在Voss映射、Z-curve映射和实数映射下的信噪比快速算法,以及在Voss映射与Z-curve映射下的信噪比的关系.针对阈值确定的问题提出了基于滑动窗口的局部阈值的算法,在分类时达到了很好的效果.另外,实现了基于移动序列信噪比曲线的基因识别方法.最后,由于DNA序列的3-周期性实际上反映了核苷酸在基因序列的三个子序列上分布的"非均衡性",因此引入"方差均值"特征来衡量该非均衡性,提出了基于方差均值的单因素基因识别方法及以信噪比和方差均值作为特征向量,并设计多项式分类器的基因识别算法.     

基因调控网络的边预测

为构建基因调控网络,提出了一个基于基因表达水平和网络反传递的算法.该算法用网络反传递思想来分析由传统相关性计算方法产生的间接效果,并考虑了调控网络的稀疏性,在模型算法中加入了控制网络稀疏性的l_1范数惩罚项.在大肠杆菌实验数据上测试该算法,这种方法提高了相关性分析对调控网络中边的预测能力,皮尔逊相关系数提高了6.42%,斯皮尔曼相关系数提高了5.92%,互信息提高了9.35%.总的来说,这个模型为修饰大量系统的相关性数据提供一种新思路,可以应用到网络边的预测和推断生物网络的控制动力学中.     

基因识别问题及其算法实现

从大量的DNA序列中获取丰富的生物信息具有重要的理论意义和应用价值.计算得到了Z-curve与Voss两种映射下功率谱与信噪比的理论关系,而且通过核苷酸频数分布快速计算实数映射时的信噪比;提出了4种阈值确定方法和三个评价准则对不同的物种基因阈值进行了分析,累积概率分布交叉阈值法较其他方法最优;分析了固定长度窗口滑动法由于存在"毛刺"问题而造成预测精度下降,在此基础上提出了变步长阶梯平滑滑动法,与固定长度窗口滑动法相比较预测准确率提高了12.16%达到83%,同时还预测了6个未知序列的编码区域.     

科学家发现“智力基因”

【法新社巴黎4月15日电】一个国际科学家小组今天说,对人脑最大规模的研究发现了与智力有关的一个基因。这项研究的领导者、洛杉矶加利福尼亚大学神经病学家保罗.汤普森在接受记者采访时说,这个基因     

SNR快速算法及基因阈值确定

在很长的DNA序列中,DFT的大量运算会影响基因识别的效率,对此提出了在Voss映射下仅依赖于碱基在三种不同位置上出现频率的信噪比计算公式,推导发现在Voss与Z-curve映射下其频谱之间存在4倍缩放关系,仿真实验验证了此结果.针对阈值判别的主观性和经验性等缺陷,运用仿真实验方法确定不同类基因的阈值.从敏感性、特异性和精确度三方面对不同阈值下的测试结果进行了评估.同时提出了基于Bootstrap重复抽样的基因最优阈值算法,对不同类基因的最优阈值进行了预测,其中人和鼠类的最优阈值为1.930,并分析了算法的有效性和可行性,其精确度达到了92.8%.     

基因互作形式的判定法则

如何根据子代的表型判断基因互作的形式以及确定亲代的基因型,是遗传学上重要的也是困难的问题.给出了解决上述问题的代数方法.在应用上,比以往任何方法更为广泛和方便.     

基于贝叶斯网络的基因调控研究

为研究基因间的网络调控关系,通过贝叶斯网络方法将概率论知识与图论结合,有效构造了基因间的贝叶斯网络模型并进行了推理.针对一组白血病基因表达数据,首先进行数据标准化、离散化等预处理;其次使用决策树ID3算法求出基因间节点的顺序,并使用K2算法进行贝叶斯网络的结构学习,找出各基因间的网络拓扑结构;再次通过极大似然估计进行参数学习,求出网络中父节点与子节点间的概率依赖关系;最后对构建的贝叶斯网络模型进行了有效性验证,检验数据分析表明,贝叶斯网络对基因间调控关系的预测分析有较高精度.     

基因武器威胁及杀伤模型浅析

随着基因嫁接技术的日益成熟,人类可能面临新一轮全球基因武器竞赛.科学家们就发出警告说,能够使一个种族从地球上消失的基因武器有可能在5年内变成现实,原因是阻止生物物科技武器发展"重中之重"——基因武器发展的"机会窗口"正在缩小,因此对基因武器的发展进行研究具有一定的理论和实践意义.论述了基因武器发展对我国安全的威胁以及难以控制的理由,建立了基因武器杀伤模型.     

旅行商问题的基因整合算法

本文针对旅行商问题提出了基因整合算法。它是通过设置扰动矩阵构造与原商问题等价的近似问题，使用最优罚函数选择回路分枝得到一系列局部最优回路，从中提取频度高的分技——基因进行整合，得到更优的回路。该算法计算量小，对大规模问题计算效果显著。利用该算法对CHN144问题给出了目前最件的结果。     

载脂蛋白 A1基因多态性的研究进展

载脂蛋白A1（Apo A1）是HDL的重要组成部分,参与激活软磷脂胆固醇酰基转移酶、识别HDL受体,参与胆固醇的逆向转运,是脂质代谢的重要调节者。其对脂质分子有高亲和力,因而具有抗动脉粥样硬化、抗内毒素血症、抗炎和抗氧化作用。其能与ATP结合转运体A1结合,使游离的胆固醇从表皮组织或血管内皮的巨噬细胞中流出[1];能与脂多糖结合蛋白-脂多糖（LBP-LPS）复合物结合,抑制炎症反应[2]。Apo A1在临床上显示了重要的作用,因此,国内外针对Apo A1基因的研究较多,在多态性方面的研究主要集中在包括肥胖及冠心病、2型糖尿病、阿尔茨海默病（AD）、胆囊结石在内的多种疾病上的研究,现将Apo A1基因的多态性研究进展综述如下。     

吉利财务密码——吉利的理财基因

作为中国知名的民营汽车公司,吉利这几年可谓顺风顺水：入股锰铜,收购DSL,引资高盛这些酱运营事件给吉利的股东带来了回报的同时,也让吉利在全球“名声大震”,成功收购沃尔沃更是加剧了这种走向。     

X伴性遗传疾病易感性基因的定位问题

在具有遗传印记效应的条件下,根据Spielman等人和Knapp的方法，将传递／不平衡检验推广为X伴性遗传疾病的情形．     

先天性白内障一家系的致病基因研究

目的 对一个来自浙江省杭州地区的三代先天性白内障家系进行常染色体显性遗传基因的突变分析,以寻找其可能的致病基因及突变位点。方法 该家系共10例成员,其中包括4例患者。10 例家系成员在浙江省人民医院眼科中心接受眼科专科检查及全身检查,以排除存在白内障以外的眼部及全身疾患。10例家系成员各抽取外周血5ml,提取基因组DNA。针对国内外文献报道的与常染色体显性遗传先天性白内障相关的18 个基因（CRYAA、CRYAB、CRYBA1、CRYBA2、CRYBA4、CRYBB1、CRYBB2、CRYGC、CRYGD、CRYGS、GJA3、GJA8、MIP、BFSP、HSF4、PITX3、EPHA2、PAX6）设计引物,进行PCR 扩增,对扩产物进行测序和序列分析,了解这10例家系成员的以上基因是否存在相应的序列。结果 临床眼科检查显示该家系先天性白内障类型为粉尘状白内障。候选基因序列测定显示在CRYAA 第1 个外显子中第6 位碱基发生C→T 置换,氨基酸同为天门冬氨酸。该家系中所有患者均有此改变,而所有的正常家系成员均无此改变。结论 CRYAA 第1个外显子中第6位碱基发生C→T的同义突变可能是导致该家系先天性白内障发生的致病原因。