硝基芳烃对鲤鱼肝脏过氧化氢酶的抑制及构效关系研究

在离体实验条件下，测定了１４种硝基芳烃化合物对鲤鱼肝脏过氧化氢酶的半抑制浓度ＥＣ５０值，根据－ｌｇＥＣ５０值，以一阶价分子连接性指数＾１Ｘ＾ｖ、取代基数总和Σσ＾－、指示变量Ｉ、分子分支指数＾１Ｋα、分子最低空轨道能ＥＬＵＭＯ及辛醇－水分配系数ｌｇＰ为参数，进行定量结构活性相关性研究。     

化学环境编码与分子相似度计算

分子相似度方法主要用于药物分子设计中先导化合物的选取及化合物物理、化学性质的预测,这种方法所依据的原理是：相似的化合物结构将具有相似的化学及物理性质［‘,’1．将已知具有某种性质的化合物的结构（常称为探针化合物）与诸多化合物进行比较,由此得到与之相似的化合物,这种邻近化合物有可能在分子设计中做先导化合物．近年来已报道过多种化合物相似度的计算方法,可粗略的归为以下几类：（l）结构碎片法［‘’‘j;（2）拓扑指数法卜·“;（3）量子化学方法［’,’j．本文提出一种新的化学环境编码方法,该方法有别于结构碎片…     

一些全氟(及多氟)有机化合物蒸汽压的QSPR研究

全氟(及多氟)化合物(PFCs)是环境中普遍存在的新一类持久性有机污染物。对其中有蒸汽压数据的35个全氟(及多氟)化合物进行了HF/6-31G*水平上的结构优化,并在优化结构的基础上进行分子表面静电势及其导出参数的计算。分别用"留一法"交叉验证及外部测试集对模型进行检验。结果表明,分子表面静电势参数结合分子表面积可以很好地表达全氟(及多氟)化合物与其分子结构间的定量关系,所建立的QSPR模型具有较强的稳健性和预测能力,同时也证明了分子静电势在全氟化合物QSPR研究中的适用性。     

药物水溶解度的QSAR研究和VolSurf参数

药物的水溶解度与其吸收密切相关。本文利用一种新的计算方法,VolSurf,预测药物的水溶解度并测定有利于药物水溶解度的主要分子特征。被测化合物包括26个结构不同的药物,通过偏最小二乘分析法,对药物水溶解度实验值与分子特征进行相关,得到较好的模型(r2=0.90,q2=0.77)。将化合物分为训练集和预测集进行相关分析,结果表明以18个化合物所建立的训练集模型对其余8个化合物有较好的预测能力,预测的标准偏差(SDEP)为0.59。参数分析表明分子与水相互作用的3个局部能量最小值越小,且它们之间的距离越大,对其水溶解度越有利;亲水性占主导因素的分子有高的水溶解度;分子的疏水性越强,在水中的溶解性越弱;大分子的溶解度较小分子溶解度低。     

基于Schiff-Base反应的成环策略及应用

基于Schiff-base反应的大环化合物是近些年来超分子领域研究的热点.这些大环化合物不但在传感器、功能材料等领域发挥着重要的作用,而且在自组装研究领域具有重要的意义.从模板法和非模板法两方面分析了一些具有代表性Schiff-base大环的合成,发现,不但具有合适半径和构型的离子可以作为成环反应的模板,而且强烈的分子内氢键也能有效地驱动成环反应.同时,对于该类大环分子合成所面临的问题及发展方向进行了评述和预测.     

化合物分子表面积计算方法的研究

化合物的分子表面积是重要的物理化学性质参数．根据不同的应用领域及数学方法,提出了多种分子表面积算法[1-10],由此产生了“分子表面积法”,各方法的有效性在各具体应用领域都已被验证．本文将统计方法中的随机变量引入计算化合物分子表面积体系,由分子模型化技术得到化合物分子的原子坐标,不考虑化合物分子中原子的相互作用及分子间近似,直接计算分子表面积．使用该方法可以计算“净”分子表面积、“溶剂可及表面积”、甚至分子结构片段,分子结构中有交叉重叠片段及存在“空洞”的各种分子表面积,该算法及程序较简捷,适应范围广,计算结果较为满意．     

聚氧化乙烯/蒙脱土纳米嵌入化合物的制备与结构表征

利用溶液法和熔融法制备聚氧化乙烯(PEO)/蒙脱土纳米嵌入化合物,用XRD、IR和DSC等测试手段对嵌入化合物进行了表征.嵌入的PEO分子同蒙脱土晶层中的Na⁺生成PEO-Na⁺络合物,嵌入化合物具有一定的耐溶剂萃取性,PEO分子以单层螺旋构象排列于蒙脱土的晶层中.PEO分子在蒙脱土层间运动受到限制,致使嵌入化合物的结晶熔融峰减弱.     

模板结构与分子印迹效果间关系的研究

以一些分子量和体积都较小的简单化合物作为模板分子,合成分子印迹聚合物 。通过总结43种化合物的分子印迹聚合物的色谱数据,来研究模板分子的分子量、 作用位点数目、分子刚性等因素与印迹效果的关系。根据免疫学中免疫原性的定义 ,我们提出“印迹原性”的概念,即,化合物能够产生印迹效应的性质称为印迹原 性;具有印迹原必的化合物称为印迹原;并讨论了具有较强选择性的印迹原的化学 基础。所得到的结论将有助于对分子印迹聚合物的识别机理的进一步理解,并且对 于根据模板分子性质预测MIP分子识别能力将具有一定的指导意义。     

结合三维静电势参数研究二取代苯的定量结构－疏水性关系

对含有常见取代基的92个二取代苯化合物进行了结构优化和静电势及其导出参数的计算,运用多元线性回归方法对化合物的疏水常数与分子的结构参数进行了关联.结果表明,分子表面负静电势的加和ΣV－S、分子空间内最负的静电势Vmin、表面最大静电势Vs,max以及分子体积V、极性表面积APS和分子的偶极密度μ/V这六个参数,可以很好地用于表达这些化合物疏水性与分子结构间的定量关系,而不用具体考虑分子中极性基团间的相互作用.用建立起来的QSPR(quantitative structure-property relationship)关系式对111个类似化合物的疏水性进行了预测,获得了满意的结果.     

分子对接预测手性化合物在蛋白质固定相色谱柱上的保留行为

利用分子对接技术预测了2种蛋白质固定相分别与4对手性化合物的相互作用情况。 结果表明,预测结合自由能(ΔG)的大小与对映体（R-(+)型和S-(-)型）的出峰顺序一致;结合自由能差值的绝对值(Δ(ΔG))与实验分离因子(α)大小顺序一致。 说明分子对接可以反映蛋白质对不同的手性化合物的识别能力和化合物R-(+)型和S-(-)型的出峰顺序。     

化合物疏水参数测定的脂质体毛细管电泳方法

采用脂质体模拟生物膜作为CE的运行介质, 探讨了一种可简单、快速获得tl值的新技术, 即根据系列标准化合物在LCE中的迁移时间与其疏水参数的关系进行非线性拟合得到tl值. 将该方法用于6种苯类化合物的疏水参数测定, 并对测定结果的准确性进行了比较.     

Synthesis of mono- and polyhydroxylated cyclobutane nucleoside analogs

Enantiomerically enriched cyclobutene compounds 13 and 24 are good precursors of several cyclobutane nucleoside analogs. The synthetic ways involve, in the key step, either hydroboration or dihydroxylation.     

含萘直链多胺化合物的荧光pH效应及核苷磷酸盐的分子识别

合成了三种含萘但链长不同的多胺类化合物.研究了它们在不同pH条件下的荧光光谱，发现所研究化合物的荧光强度与pH值间有着强烈的依赖关系，因此这类化合物可用作测定溶液pH值的荧光探针.在上述化合物溶液中分别引入不同的核苷磷酸盐（ATP、ADP、AMP），发现所研究的化合物如N-(2-氨乙基)-N’-（2-[(1-萘甲基)氨乙基]）乙二胺(化合物3)，其荧光可被不同的核苷磷酸盐所猝灭.以Stern-Volmer常数（KSV）或猝灭常数（Kq）作为评估猝灭能力大小的标准表明,不同核苷磷酸盐的猝灭能力是各不相同的.其中ATP有着对化合物3荧光最大的猝灭功能.实验结果表明,分子尺寸的匹配和化合物中基团的空间合理排布是化合物和核苷磷酸盐间能发生相互作用的重要根据,而猝灭则强烈地依赖于这类物种间的相互作用,因此可利用化合物荧光强度的改变来识别各种不同的核苷磷酸盐.     

A short and novel synthesis of carbocyclic nucleosides and 4′-epi-carbocyclic nucleosides from 2-cyclopenten-1-ones

Carbocyclic nucleoside analogues remain interesting target molecules having the potential to combine biological activity with greater metabolic stability than their sugar counterparts. This paper describes a rapid and versatile synthetic approach to such compounds based on commercial cyclopentenones (e.g., 1) that has been developed in our laboratory. Carbocyclic nucleosides like 2′-methyl-aristeromycin 6 were synthesized in racemic form in 5 steps via key intermediate 4. The procedure was also adapted to the preparation of 4′-epi-carbocyclic nucleosides using epoxide 17 instead of 4 and employing the same methodology.     

Efficient synthesis of nucleoside aryloxy phosphoramidate prodrugs utilizing benzyloxycarbonyl protection

An efficient method for the synthesis of nucleoside phosphoramidates prodrugs (6a-f) has been developed that employs a simple protection/deprotection sequence of the nucleoside with benzyloxycarbonyl (Cbz). The coupling reaction of Cbz-protected derivatives (5a-f) with phenyl-(ethoxy-l-alaninyl)-phosphorochloridate (7), followed by Cbz group removal by hydrogenolysis provided the phenyl phosphoramidate ProTides (6a-f) in excellent overall yields.     

分散液-液微萃取快速、直接测定有机化合物lgP值

用3-氯丙基三甲氧基硅烷对Fe₃O₄纳米球的表面进行改性, 制得表面疏水的Fe₃O₄/SiCH₂CH₃Cl纳米球. 将Fe₃O₄/SiCH₂CH₃Cl纳米球均匀预分散在正辛醇中, 利用分散液-液微萃取建立了快速、 直接测定有机化合物lgP值的新方法. 待测有机化合物可在3 min内在两相达到分配平衡, 通过磁铁吸引含有Fe₃O₄/SiCH₂CH₃Cl纳米球的正辛醇小液滴, 可实现两相快速完全分离. 在萃取过程中, 由于Fe₃O₄/SiCH₂CH₃Cl纳米球被正辛醇包围, 失去对待测化合物的吸附能力, 因此Fe₃O₄/SiCH₂CH₃Cl纳米球对测定有机化合物分配平衡的影响很小. 通过该方法测定了14种不同有机化合物的lgP值, 结果均与文献报道一致. 与其它直接测定方法相比, 该方法快速、 准确、 简单且样品消耗少.     

Molecular orbital studies on nucleoside antibiotics X. Conformation of nebularine and isoguanosine

Summary Conformational properties of two nucleoside analogs, namely nebularine and isoguanosine have been investigated by using PCILO (Perturbative Configuration Interaction using Localized Orbitals) method. Nebularine (9--ribofurnosyl purine) is a naturally occurring purine nucleoside which is structurally similar to adenosine and it inhibits the growth of tumor cells and influenza B virus. Isoguanosine is one of the two naturally occurring analogs of guanosine. Both C2-endo and C3-endo sugar puckerings have been considered for both the molecules with preselected values of torsion angles around C2–O2 and C5–O5 bonds. The results indicate that nebularine has conformational preferences very similar to those of its parent nucleoside, adenosine; whereas the conformational properties of isoguanosine are very different from those of guanosine as well as adenosine. The important implications of these results have been discussed in terms of the biological activity of these molecules.     

3,5′-Anhydrosynadenol: A Polycyclic Anhydronucleoside Analogue

Cyclization instead of O-phosphorylation is the result of the reaction of the antiviral nucleoside anologue 1 with highly reactive phosphorylating agents. The formation of the novel polycyclic compound 2 shows that 1 has the Z configuration, which is important for the antiviral activity of 1 and related compounds.     

Synthesis of tetradialdose phosphonate nucleosides as mimics of l-nucleotides

Structurally modified nucleoside analogues are a major source of therapeutic agents and building blocks for incorporation into synthetic oligonucleotides able to interfere with information transfer or other biological functions. This work describes the synthesis of non-natural l-nucleoside phosphonate mimics containing two anomeric centers. Such compounds feature either a di- or monohydroxy tetradialdose sugar as the glycone unit, while adenine is present as nucleobase. By judicious use of protecting groups at the 2- and 3-position of commercial 1-O-acetyl-2,3,5-tri-O-benzoyl-β-d-ribofuranose, both the phosphonate and nucleobase moieties were stereoselectively introduced to provide a dihydroxylated compound with cis-configured substituents as the sole reaction product. Subsequent selective deprotection and deoxygenation at the 3′-position occurred smoothly to afford the corresponding 4′-monohydroxy tetradialdose containing analogue.