鲥鱼、太湖新银鱼和大银鱼18S rRNA基因的克隆与序列分析

本文利用多对引物,扩增并测定出鲥鱼、太湖新银鱼和大银鱼18S rRNA基因部分序列,其长度均为1206bp,其中太湖新银鱼与大银鱼基因序列完全相同.将3种经济鱼类与GenBank中10种脊椎动物及头索动物文昌鱼的18S rRNA基因同源序列进行比对分析,计算出序列碱基组成、序列间差异百分比和转换/颠换数值.基于18S rRNA基因序列,利用NJ法、ML法和BI法3种聚类方法,以文昌鱼为外群,构建13种脊椎动物的分子系统树,3种方法获得拓扑学结构一致的系统树.系统树包括3大支,一支为哺乳类、鸟类和爬行类共6个物种,一支为两栖类的2个物种,另一支为5种硬骨鱼类.结果表明:鸟类与哺乳类亲缘关系较近,而胡瓜鱼目与鲑形目亲缘关系近于鲱形目.此外,本文还讨论了脊椎动物18S rRNA基因的序列特征.     

基于线粒体co I 基因探讨无尾目10个科的分子系统关系

运用PCR技术和相关生物软件，对大头蛙Limnonectes kuhlii和脆皮大头蛙Limnonectes fragilis的线粒体coⅠ基因全序列进行了测定与分析．结合GenBank上已公布的无尾目10个科22个物种的同源序列，以爬行纲楔齿蜥Sphenodon punctatus和密河鳄Alligator mississippiensis为外群，基于核苷酸序列（选取前两位密码子）和氨基酸序列两种数据形式，分别构建NJ树和MP树．结果表明：系统树将无尾目10个科分为两大支，一支为新蛙亚目Neobatrachia的5科15个物种，一支为古蛙亚目Archaeobatrachia的5个科9个物种（其中包括锄足蟾科Pelobatidae和负子蟾科Pipidae），并推测这两个亚目均为单系群．古蛙亚目一支内的盘舌蟾科Discoglossidae与铃蟾科Bombinatoridae亲缘关系较近；新蛙亚目内蟾蜍科Bufonidae与雨蛙科Hylidae，蛙科Ranidae与树蛙科Rhacophoridae两两亲缘关系较近．蛙科中泽陆蛙Fejervarya limnocharis与大头蛙属3个种首先形成姐妹群，表明其较近的亲缘关系，同时推断大头蛙与福建大头蛙Limnonectes fujianensis亲缘关系近于脆皮大头蛙．     

两栖类小鲵科不同属多个体DNA指纹图谱分析及其分类问题探讨

利用寡核苷酸探针LZF-1对小鲵科三个不同属12个标本和一个东方蝾螈标本进行了DNA指纹图谱分析,同时结合它们的形态性状从分子水平上研究这些物种的亲缘关系,并对巴鲵(Liua)的分类地位等问题进行探讨.结果表明,小鲵属(Hynobius)与北鲵属(Ranodon)亲缘关系更近,与山溪鲵属(Batrachuperus)则相距更远;山溪鲵属较小鲵属、北鲵属更进化.巴鲵与山溪鲵属亲缘关系较北鲵属更为接近,因此巴鲵不应归入北鲵属,巴鲵属为有效属称更为合理.     

稀有(鱼句)鲫(Rare gudgeon)Sox基因的克隆及序列分析

根据人的SRY基因中HMG-box保守区设计引物,采用PCR技术在稀有(鱼句)鲫雌雄个体基因组DNA中分别扩增,发现3个大小分别为220、700和1 500 bp的片段,经过克隆和测序分析,从220 bp的片段中获得两个基因片段,证明为稀有(鱼句)鲫的Sox1和Sox21基因片段,无性别差异,其DNA序列与人及斑马鱼相应Sox基因相似性分别为Sox1:80.4%和97%;Sox21:77.3%和91%,其编码的氨基酸序列与人及斑马鱼相应SOX蛋白相似性分别为Sox1:96%和98%;Sox21:88%和100%,显示了其高度的保守性.此外,从GenBank、MEBL和DDBJ数据库获得了92个已克隆的物种SRY和Sox基因全长核苷酸编码序列及HMG保守区序列数据.通过对这些数据进行序列比对及聚类树的构建,分析了Sox基因家族成员的分类及分子进化模式,对稀有(鱼句)鲫的性别决定进行了探讨,为Sox基因的进化研究提供分子基础.     

鄱阳湖流域华溪蟹属DNA条形码

探讨DNA条形码分子标记作为华溪蟹属(Sinopotamon)淡水蟹类辅助分类工具的可行性。选取分布于鄱阳湖流域的6种华溪蟹属淡水蟹类78个样本,采用线粒体COI和16SrRNA基因片段以及ITS2核基因片段,作为分子标记,结合GenBank数据库中同属序列片段,经DNA提取、引物筛选、PCR扩增、产物纯化测序及测序数据处理和分析,在计算得到的遗传距离和所构建系统发生树进行华溪蟹DNA条形码标准基因的选择。在本实验涉及的淡水蟹类个体及类群的识别上,16SrRNA和ITS2基因片段不适宜作为DNA条形码标准基因,而COI基因片段结合GenBank部分华溪蟹属序列数据分析,可区分本次研究所涉及的75%的物种。以线粒体COI基因片段为DNA条形码标准序列,可作为华溪蟹属淡水蟹类物种鉴定的辅助分类工具。     

瓯江流域唇NFDA1和花NFDA1线粒体COⅡ基因部分序列分析

采用PCR技术获得了唇NFDA1(Hemibarbus labeo)和花NFDA1(H. maculatus)线粒体DNA细胞色素氧化酶(COⅡ)基因部分序列,将所得的COⅡ基因序列与4种取自GenBank的NFDA1属鱼类同一基因序列进行了分析,以探讨这一序列在种质鉴定、种群遗传结构和分子系统发生研究中的应用价值.测序结果表明,在实际分析的600 bp序列中,序列A T含量(56.9%～57.8%)高于G C含量,物种间共有变异位点116个,其中简约信息位点46个;唇NFDA1和花NFDA12个地理种群间变异位点均为11个,唇NFDA1种群间碱基替换均为转换,花NFDA1的转换/颠换为8/3.以COⅡ基因片段序列为标记,用似刺鳊鮈(Paracanthobrama guichenoti Bleeker)作外群,构建了NFDA1属鱼类的系统发生树,其拓扑结构显示2个地理种群浙江花NFDA1单倍体Ⅰ(H1)与江苏花NFDA1首先聚为一支,然后与浙江花NFDA1单倍体Ⅱ(H2)形成一个单系群.韩国唇NFDA1和日本NFDA1为姐妹群,然后与中国花NFDA1(浙江和江苏)相聚为一支.长吻NFDA1和朝鲜NFDA1单独聚为一支,表明2者的亲缘关系较近.结果同时表明,韩国唇NFDA1与江苏花NFDA1、日本NFDA1和浙江花NFDA1(H1)的遗传距离均为0.008 4,结合形态特征鉴定,推测韩国唇NFDA1和日本NFDA1是中国花NFDA1(浙江和江苏)的同物异名.     

象山港黄墩支港菲律宾蛤仔种群COI和ITS1基因序列特征及遗传多样性分析

为了解象山港黄墩支港菲律宾蛤仔种质资源的遗传多样性现状, 采用COI和ITS1分子标记对该种群进行了基因序列特征和遗传多样性分析. 结果表明 在该种群30个个体中扩增得到的COI基因序列长度均为709bp, ITS1序列长度范围在693~729bp(共有746个位点). COI基因序列的位点中有670个保守位点(占94.50%)、39个变异位点(占5.50%); ITS1序列的位点中有保守位点671个(占89.95%)、变异位点62个(占8.31%)和缺失/插入位点13个(占1.74%). COI基因序列的保守性高于ITS1序列. 在COI基因序列中碱基(A+T)的占比(65.84%)高于(C+G), 而ITS1序列中则是碱基(A+T)占比(37.59%)低于(C+G). COI和ITS1序列的遗传距离分析均显示群体内遗传分化不明显. 基于COI基因序列和ITS1序列构建的遗传进化树显示 各科贝类分别相聚, 象山港菲律宾蛤仔位于帘蛤科的分支中, 其COI序列与杂色蛤进化关系最近. 遗传进化树中各种贝类的聚类关系与传统分类学结果相一致, 可作为分类的参考. COI和ITS1序列的平均核苷酸差异数分别为5.497和6.549, 核苷酸多样性指数分别为0.00775和0.00973, 单倍型数目分别为21和28, 单倍型多样性分别为0.963和0.993, 根据COI和ITS1两个序列计算得到的菲律宾蛤仔象山港群体单倍型多样性均大于0.5, 核苷酸多样性指数均大于0.005, 表明该种群遗传多样性丰富, 并处于稳定状态. 本研究结果补充了菲律宾蛤仔遗传多样性方面的研究资料, 并可为象山港菲律宾蛤仔种质资源保护和遗传育种提供理论基础.     

23种鸢尾属植物种质资源的AFLP分析

采用AFLP(扩增性片段长度多态性)分子标记技术对23种37份栽培鸢尾属植物种质资源进行遗传多样性分析,将筛选出的4对AFLP分子标记引物对材料进行扩增,共得到205个位点,其中177个为多态位点,多态位点百分率为86.3%;37份材料之间的遗传相似系数在0.23～0.97之间,平均为0.81.通过遗传相似系数计算,样品总体上亲缘关系非常接近,而白花紫苞鸢尾与其他物种有明显差异.本文还利用UPGMA(非加权算术平均法)进行样品聚类,分析了包括23个种的37份样品之间的遗传关系.     

秦岭山脉华溪蟹属(Sinopotamon)淡水蟹DNA条形码

选取秦岭山脉地区华溪蟹属(Sinopotamon)淡水蟹进行DNA条形码研究,探讨DNA条形码在华溪蟹分类中的适用性。经与模式标本比对,采集样本为光泽华溪蟹指名亚种(Sinopotamon davidi davidi)、尖叶华溪蟹(S.acutum)、长安华溪蟹(S.changanense)和陕西华溪蟹(S.shensiense);选择线粒体COI基因片段及核ITS2序列片段作为DNA条形码,经DNA提取、PCR扩增、产物纯化测序及测序数据分析,发现ITS2序列获取效率过低,不适宜作为DNA条形码;将实验获得62条COI序列与GenBank中的55条华溪蟹COI序列共同组成数据集,构建的NJ、ML树可明确鉴别光泽华溪蟹指名亚种(S.davidi davidi)、兰氏华溪蟹(S.lansi)、长江华溪蟹指名亚种(S.yangtsekiense yangtsekiense)、凹肢华溪蟹(S.depressum)及福建华溪蟹(S.fukienense),但尖叶华溪蟹(S.acutum)与长安华溪蟹(S.changanense)、陕西华溪蟹(S.shensiense)与长江华溪蟹桐柏亚种(S.yangtsekiense tongbaiense)及陕县亚种(S.yangtsekiense shanxianense)均因遗传距离过小而无法鉴别;NJ树显示长安华溪蟹(S.changanense)、尖叶华溪蟹(S.acutum)基本依据在秦岭两侧分布而分为两支,提示山脉对于华溪蟹分布起一定阻隔作用。     

基于 ITS 序列探讨睡莲属植物的系统发育

对睡莲属Nymphaea L．11个种和外类群中国莲Nelumbo nucifera Gaertn．nrDNA的ITS区(包括ITS-1，5．8SrDNA和ITS-2)进行了序列测定．睡莲属植物的ITS序列总长度为678～711bp，ITS-1和ITS-2序列长度范围为246～275bp和266～275bp．当空位(gap)作缺失处理时，睡莲属植物ITS区全序列排序后的长度为735位点，其中有265个(101个位点在ITS-1区，164个位点在ITS-2区)为系统发育的信息位点．以Nelumbo nucifera Gaertn．为外类群，利用PAUP4．0b4a软件。采用最大简约法分析获得了2个最简约树，其步长为658，一致性指数(CI)和维持性指数(RI)值分别为0．8450和0．8555．利用2个最简约树获取严格一致树，结果表明：热带睡莲植物和耐寒睡莲植物分别聚成一支构成姊妹群，这与基于起源和对生态条件的不同要求、或根据心皮的排列方式而对睡莲属植物进行的传统分类一致．在热带睡莲植物内形成两个亚支，其内部支持率均为100％；耐寒睡莲植物内也形成了两个亚支，内部支持率分别为98％和85％．     

乌龟线粒体细胞色素b基因片段的初步研究

于2004年3月从浙江省级中华草龟良种场采集5只乌龟（Chinemys reevesii）．参照鱼类的线粒体细胞色素b基因序列设计合成1对引物，扩增了乌龟的细胞色素b基因片段，并对扩增产物进行序列测定分析．结果在5个个体中都获得序列相同的细胞色素b基因片段，长度为408bp，其中A、T、G、C含量分别为125bp（30．6％）、113bp（27、7％）、51bp（12．5％）、119bp（29．2％），与其他水生动物相同基因片段碱基序列含量相似．     

浙江沿海大弹涂鱼、弹涂鱼的线粒体COI基因序列差异及其系统发育

为探讨浙江沿海大弹涂鱼和弹涂鱼线粒体细胞色素氧化酶I号(COI)基因序列差异及其系统发育, 对两者进行了COI扩增、测序和分析. 结果显示: 扩增得到大弹涂鱼、弹涂鱼COI基因序列长度分别为1554bp和1556bp; 大弹涂鱼和弹涂鱼COI基因序列中, 所占比例(分别为55.8%和56.0%)均高于 所占比例(分别为44.2%和44.0%); 大弹涂鱼和弹涂鱼的种内平均遗传距离分别为0.002和0.003, 两者的种间遗传距离为0.183. 构建的系统发育树显示, 大弹涂鱼与红狼牙虾虎鱼、孔虾虎鱼、犬齿背眼虾虎鱼聚为一簇(大弹涂鱼COI序列与三者的同源性分别为91.0%、92.0%和88.0%), 弹涂鱼与青弹涂鱼聚为一簇(两者COI序列同源性为99.0%)后与大弹涂鱼所在的簇相聚. 研究结果可为探讨大弹涂鱼、弹涂鱼的系统发育及建立基于COI序列的弹涂鱼类鉴定方法提供参考资料.     

浙江两地产索氏桃花水母核糖体小亚基rRNA基因序列分析

采用PCR和DNA测序技术,对杭州与绍兴产桃花水母标本的核糖体小亚基rRNA基因进行了扩增与测序．经序列比对分析,杭州与绍兴产桃花水母的核糖体小亚基rRNA基因序列与已知索氏桃花水母的序列极为相似,相似度分别为99．61％和99．45％;与索氏桃花水母的遗传距离均为0．001;经分子系统树分析,杭州与绍兴产桃花水母与索氏桃花水母的分支置信度高达1000．4．综上分析,杭州与绍兴产桃花水母均为索氏桃花水母（Craspedacusta sowerbyi）,该结论与其形态学分类相一致．     

白颈长尾雉栖息地的植被特征研究

构成白颈长尾雉阔叶林型栖息地的相干被乔木层主要村种为壳斗科植物,灌木层植物以山茶科、禾本科和樟科等科的种类为主,草本层植物以蕨类、禾本科和莎草科为主,在针阔混交林型栖息地,壳斗科植物仍占矫木层主要树种的相当比例,但针叶树种的比例明显上升,该类型栖息地的灌木层和草本层植物组成特征与阔叶林型栖息地相似,在针叶林型栖息地中,乔木层的主要树种为马尾松、杉木、福建柏和圆柏等,并有较多的阔叶灌木树种构成灌木层,草本层中以蕨类为主,白颈长尾雉栖息地选择的最主要影响因素是乔木层盖度。     

绿色杜氏藻GGR基因生物信息学分析及表达研究

采用Illumina HiSeqTM 2000高通量测序方法获得绿色杜氏藻GGR基因(GenBank序号: KX100480) cDNA全长序列, 研究了甲基茉莉酸(MeJA)对绿色杜氏藻GGR基因表达的影响. 测序结果表明, 绿色杜氏藻GGR基因cDNA全长2356bp, 开放阅读框1539bp, 编码512个氨基酸, 分子量为52.2961kDa, 理论等电点为6.54. 序列分析结果表明, 该蛋白具有保守的ChlP结构域, 为可溶性蛋白, 具有跨膜区域, 无信号肽. TargetP 1.1 Server预测结果表明, 该蛋白可能定位于线粒体. 系统进化树结果表明, 绿色杜氏藻GGR蛋白较其他植物的GGR蛋白亲缘关系较 远. RT-PCR结果表明, 100?mol·L-1 MeJA可显著地提升绿色杜氏藻GGR基因的表达(P<0.01). 同时, 绿色杜氏藻叶绿素和类胡萝卜素含量达到最高, 说明GGR基因与绿色杜氏藻叶绿素和类胡萝卜素的合成存在一定关系     

古田山茶湾样地甜槠-木荷林根萌特征分析

根萌是植物营养繁殖的重要策略之一,森林植物的根萌现象影响着植物群落的更新动态和演替方向.在对古田山茶湾1hm2固定样地胸径≥1cm的木本植物调查的基础上,分析了该样地木本植物的根萌现状及根萌与母树的相关性,结果表明:样地内根萌植物共有68种,隶属于48属26科,占群落总物种的67.3%.其中根萌萌生能力较强的物种有林冠层中的石栎(Lithocarpus glaber)、甜槠(Castanopsis eyrei)、木荷(Schima superba),亚乔木层中的灰白蜡瓣花(Corylopsis glandulifera)、隔药柃(Eurya muricata)、浙江红花油茶(Camellia checkiangoleosa),灌木层中的窄基红褐柃(Eurya rubiginosa)、宜昌荚蒾(Vibernum erosum)、映山红(Rhododendron simsii);对优势根萌物种和母树的相关性分析表明:考虑根萌因素后,各物种重要值发生小幅度增减,但各垂直层次的优势种排名次序基本不变;乔冠层物种在母树Ⅰ~Ⅲ级生长阶段、亚乔木层和灌木层物种在母树Ⅰ~Ⅱ级生长阶段均表现出根萌能力逐渐增强的趋势,在其他生长阶段,不同物种表现出不同的变化趋势;优势根萌物种在样地中的分布与样地内相关母树的分布情况基本吻合,多数根萌物种的分布表现出聚集现象.     

扁穗冰草PLD基因cDNA序列克隆及生物信息学分析

利用RT-PCR技术和RACE方法克隆得到扁穗冰草(Agropyron cristatum(L.)Gaertn)PLD基因cDNA的全长,并对该cDNA序列、氨基酸序列的相似性、组成成分、理化性质、疏水性/亲水性、进化树、二级结构、三级结构、无序化特性进行了预测和分析.结果显示:扁穗冰草PLD基因具有2967个核苷酸,含有PLD所特有的HKD基序和C2结构域,属亲水性蛋白,二级结构以无规卷曲为主,蛋白质的三级结构显示两个HKD基序靠近形成具功能的活性位点,蛋白质无序化分析发现无序化区域较少;进化树分析表明与蒙古冰草亲缘关系最近,与草莓亲缘关系最远.为研究扁穗冰草PLD在干旱胁迫信号转导及应答过程的机理奠定基础.     

6—巯基嘌呤与2—巯基嘌呤在银电极上的伏安行为的比较

首次对6－巯基嘌呤（6MP）和2－巯基嘌呤（2MP）在银电极上的伏安行为进行了比较研究,并同时对它们的衍生物的电化学性质进行了探讨,结果发现,6MP和2MP均可在银电极上产生氧化还原波。当电位扫描范围较小时,不论是在酸性、中性还是碱性溶液中,它们各产生一对不可逆波,此为巯基银的形成和还原所致,当电位扫描范围拓展至足够负时,6MP的伏安图上出现多个波,这是由于6MP在较负电位处发生还原,其还原产物吸附在电极表现并进一步发生氧化的所致,6MP在此过程中失去巯基,随后被 的成1,2,3,6－四氢嘌呤或1,6－二氢嘌呤,其电解产物的毛细管电咏分离结果表明6M确被进一步还原,2MP在相同条件下不产生多波现象,这与其不易脱巯基有关,本文还对6－巯基－2－羟基嘌呤（6TX）、2－氨基－6－巯基嘌呤（6TG）、2－巯基－6－羟基嘌（2TX）和6－巯基嘌呤核苷（6MPR）等进行了研究比较。