天花粉蛋白2.6分辨率的晶体学修正

本文报道了用溶剂过滤法改善电子密度图,依据Collins提出的一级结构,重新建立天花粉蛋白分子模型。使用2.6分辨率衍射强度数据和约束参数最小二乘法,对处于晶体学不对称单元中两个天花粉蛋白分子(共3828个非氢原子)进行晶体学修正。修正结果,偏离因子R=0.223,键长根均方误差r.m.s=0.023,新的分子模型和以2F_0-F_o为系数的电子密度图符合甚好。     

天花粉蛋白低分辨率晶体结构的测定

本文测出:天花粉蛋白分子量为24000,有219个氨基酸残基。晶体属单斜晶系,空间群为C2,晶胞参数a=75.64埃,b=75.52埃,c=88.85埃,β=99.51°,每个不对称单元内含2个分子。 用UO_2Ac_2和K_2Pt(NO_2)_4浸泡获得两个重原子衍生物,按照多对同晶置换加反常散射的联合概率法求得母体相角,计算了5埃和4埃分辨率电子密度图,从图上分辨出两个独立分子的界面,分子大小约为45×40×35埃~3,每个分子中有4段棒状的电子密度更为清晰,可辨认为α-螺旋结构。     

含二苯基甘脲单元的新型氮杂大环的合成

甘脲分子具有刚性的凹形结构、四个易于取代的NH基团以及两个可以形成氢键的脲羰基,因而使之被广泛地用作为分子和超分子主体的构筑单元.许多不同形状的含甘脲结构单元的主体分子表现了对客体分子具有特异的选择性,葫环联脲(cucurbit[n]urils)就是这类主体分子中引起广泛关注的主体之一.     

超声波处理对加氢反应前后沥青质单元分子结构的影响

以胜利减渣和沙轻减渣为原料,研究了超声波处理对加氢反应前后沥青质单元分子结构的影响,并结合1H-NMR数据、沥青质单元分子参数变化和红外光谱分析等结果,用Chem Bio Draw Ultra 2012模拟出不同条件下两种沥青质单元分子的结构。结果表明,超声波处理减少了沥青质的缔合数,使沥青质单元分子发生开环反应和脱烷基侧链反应加剧,改变了沥青质单元分子的结构,对加氢后沥青质单元分子的结构和组成产生重要影响。沥青质单元分子模型可形象体现超声波处理对加氢反应前后沥青质单元分子化学结构的影响,有助于在分子水平上解释超声波处理影响沥青质单元分子的原因。     

超声波处理对加氢反应前后沥青质单元分子结构的影响

以胜利减渣和沙轻减渣为原料,研究了超声波处理对加氢反应前后沥青质单元分子结构的影响,并结合¹H-NMR数据、沥青质单元分子参数变化和红外光谱分析等结果,用Chem Bio Draw Ultra 2012模拟出不同条件下两种沥青质单元分子的结构。结果表明,超声波处理减少了沥青质的缔合数,使沥青质单元分子发生开环反应和脱烷基侧链反应加剧,改变了沥青质单元分子的结构,对加氢后沥青质单元分子的结构和组成产生重要影响。沥青质单元分子模型可形象体现超声波处理对加氢反应前后沥青质单元分子化学结构的影响,有助于在分子水平上解释超声波处理影响沥青质单元分子的原因。     

O,O-二(β,β'-二叠氮异丙基)-α-对甲苯磺酰氨基-间硝基苄基磷酸酯的合成及晶体结构

首次合成了标题化合物C20H23N14O7PS,并通过元素分析、IR和1H NMR对化合物进行了表征,用X射线单晶衍射法测定了该化合物的晶体结构.晶体中一个不对称单元内有四个结晶学上独立的分子,这四个分子的构型基本相同.每两个分子之间以一对N-H…O氢键连接,生成一个非中心对称的二聚体,组成二聚体的两个分子侧链局部构象存在明显的差异.整个晶体则是由这些二聚体以vander Waals作用力堆积而成.     

O,O-二(β,β′-二叠氮异丙基)-α-对甲苯磺酰氨基-间硝基苄基磷酸酯的合成及晶体结构

首次合成了标题化合物C2 0 H2 3 N14 O7PS ,并通过元素分析、IR和1HNMR对化合物进行了表征 ,用X射线单晶衍射法测定了该化合物的晶体结构。晶体中一个不对称单元内有四个结晶学上独立的分子 ,这四个分子的构型基本相同。每两个分子之间以一对N—H…O氢键连接 ,生成一个非中心对称的二聚体 ,组成二聚体的两个分子侧链局部构象存在明显的差异。整个晶体则是由这些二聚体以vanderWaals作用力堆积而成。     

四烷基间苯二酚杯芳烃八[N-(2-吡啶甲基)乙酰胺]的合成和分子结构

为深入开展杯芳烃为骨架的超分子拓扑结构的组装和性能,开展了间苯二酚杯芳烃八取代吡啶酰胺的合成和分子结构的研究。 以四丙基、四己基和四庚基间苯二酚杯芳烃为原料,使用α-氯乙酸甲酯实现O-烃基化,后者在无溶剂条件下与2-氨甲基吡啶反应实现酰胺化,制备了烷基间苯二酚杯芳烃八[N-(2-吡啶甲基)乙酰胺]衍生物。 用X衍射方法测定了四丙基间苯二酚杯芳烃八乙酸甲酯、四丙基以及四己基间苯二酚杯芳烃八[N-(2-吡啶甲基)乙酰胺]的单晶分子结构。 在晶体中,间苯二酚杯芳烃都以全顺式构型存在,在成环的四个间苯二酚单元中,1,3-位的两个间苯二酚单元处于近直立构象,2,4-位的另两个间苯二酚单元处于近平伏构象,而4个烷基皆处于分子的下缘,8个乙酰胺支链伸向分子的外围。     

具有重复单元的共轭分子的量子化学计算及其应用(上)

首先对题目作些说明。第一点说明是什么叫重复单元,高分子就是具有重复单元的,因为高分子是由单体聚合而生成,每个高分子都是由小分子的单体重复组成的。聚氯乙烯的重复单元就是—CHCICH_2—。当然不仅高分子有重复单元,小分子也有重复单元,例如:多烯烃的重复单元就是—CH—,所以具有重复单元的分子种类很多。另外,一个高分子除了重复单元之外,两头还有端基,例如离子型聚合,或者引发剂分子接到高分子的端基上。因此讨论具有重复单元分子的时候,一定要考虑两头的端基,端基可能有的简单,有的复杂;第二点要说明的是题目中指的是共轭分子,但是下面介绍的方法作为理论的本身不限于对共轭分子的处理,非共轭分子也可以用类似的方法     

用AFM研究DL-缬氨酸晶体的结构及其表面分子的排列

利用原子力显微镜(AFM)成像技术来观察DL-缬氨酸晶体表面分子的规则排列, 研究表明对映体分子在DL-缬氨酸晶体中相互配对排列, 每个晶胞单元中包含两个对映体分子, 属于具有中心对称结构 群, 整个晶体是消旋的. 通过原子力显微镜对DL-缬氨酸晶体表面重复单元的测量结果与X衍射数据对比, 发现用AFM观察到的DL-缬氨酸晶体中分子表面形貌的规整排列的距离, 同X衍射得出的三斜晶系晶胞参数数据基本一致, 由此判定该晶体属于三斜晶系而不是单斜晶系. 探讨了利用纳米技术的研究手段在分子水平研究生命起源中的手性问题, 在确定的晶面上通过分子周期性结构排列规律, 对DL-缬氨酸晶体表面分子进行手性识别.     

O，O—二（β，β′—二叠氮异丙基）—α—对甲苯磺酰氨基—间硝基苄基磷酸酯的合成及晶体结构

首次合成了标题化合物C20H23N14O7PS，并通过元素分析、IR和^1H NMR对化合物进行了表征，用X射线单晶衍射法测定了该化合物的晶体结构。晶体中一个不对称单元内有四个结晶学上独立的分子，这四个分子的构型基本相同。每两个分子之间以一对N－－H…O氢键连接，生成一个非中心对称的二聚体，组成二聚体的两个分子侧链局部权象存在明显的差异。整个晶体则是由这些二聚体以van der Waals作用力堆积而成。     

新型氨基桥联双杯[4]芳烃的间接合成

杯芳烃是超分子领域的第三代主体分子,近年来多杯芳烃如双杯芳烃的研究颇受瞩目[1-3].目前报道的双杯芳烃都是通过两个杯芳烃单元与两个双官能团基团进行"2 2"缩合反应得到.本文中通过间接的方法将具有活性官能团的杯芳烃单元通过"1 1"缩合反应得到新型氨基桥连的双杯[4]芳烃,分离方便,产率较高.合成路线如Scheme 1所示.     

六元瓜环／1，2-乙二胺的超分子化合物结构及相互作用模式

合成了六元瓜环与链状烷基二胺（1,2-乙二胺）形成的超分子化合物．采用X射线衍射技术测定了其晶体结构,并得到元素分析、热重、红外光谱的佐证,揭示了主客体相互作用的模式．还采用^1HNMR技术研究了溶液中六元瓜环与乙二胺的超分子相互作用．研究表明,在不同的环境下瓜环与客体采取相异的超分子作用模式,晶体结构中显示一个六元瓜环的两个端口通过离子偶极作用以不同的作用模式分别跟两个乙二胺客体分子形成一个三单元组成的超分子作用实体;而在溶液中瓜环与乙二胺的相互作用模式与晶体中的不同．     

锕系元素有机化合物研究(Ⅲ)——双(联环辛四烯基)双铀夹心物的新合成和变温1H NMR谱

本文由相应单铀夹心物的四负离子合成双(联环辛四烯基)双铀夹心物,其变温¹HNMR谱表明分子中两个铀夹心物单元相对扭曲。     

铜(II)与α, β-不饱和酸根形成的超分子配合物的合成、磁性 及晶体结构

合成了铜(II)与丙烯酸根和铜(II)与α-甲基丙烯酸根形成的两种超分子配合物,进行了元素分析、红外光谱、ESR谱和磁性等研究,确定分子单元的组成为Cu~2A~4(H~2O)~2,其中A=CH~2=CH-COO^-,CH~2=C(CH~3)-COO^-。测定了铜(II)与丙烯酸根形成的配合物的晶体结构。晶体属单斜晶系;C2/c群;晶胞参数:a=1.7009(9)nm,b=0.8060(5)nm,c=1.4429(4)n,β=109.31(5)ⅲ,Z=4;最终偏离因子R=0.0501。Cu(II)具有畸变的四角锥形配位环境,两个Cu(II)由四个丙烯酸根桥联,在Cu(II)的端位各有一个H~2O分子配位。Cu(II)-Cu(II)间具有一对称中心,Cu-Cu间距离为0.26096(14)nm,两个Cu(II)间具有反铁磁性偶合作用。每个分子单元以四根氢键与相邻的两个分子单元相连接,沿c轴形成一维链状超分子配合物。     

铜(II)与α, β-不饱和酸根形成的超分子配合物的合成、磁性 及晶体结构

合成了铜(II)与丙烯酸根和铜(II)与α-甲基丙烯酸根形成的两种超分子配合物,进行了元素分析、红外光谱、ESR谱和磁性等研究,确定分子单元的组成为Cu~2A~4(H~2O)~2,其中A=CH~2=CH-COO^-,CH~2=C(CH~3)-COO^-。测定了铜(II)与丙烯酸根形成的配合物的晶体结构。晶体属单斜晶系;C2/c群;晶胞参数:a=1.7009(9)nm,b=0.8060(5)nm,c=1.4429(4)n,β=109.31(5)ⅲ,Z=4;最终偏离因子R=0.0501。Cu(II)具有畸变的四角锥形配位环境,两个Cu(II)由四个丙烯酸根桥联,在Cu(II)的端位各有一个H~2O分子配位。Cu(II)-Cu(II)间具有一对称中心,Cu-Cu间距离为0.26096(14)nm,两个Cu(II)间具有反铁磁性偶合作用。每个分子单元以四根氢键与相邻的两个分子单元相连接,沿c轴形成一维链状超分子配合物。     

基于计算机模拟技术对JAK2抑制剂的定量构效关系、分子设计和分子动力学研究

本文选取了52个对Janus激酶2(JAK2)有抑制作用的小分子化合物,分别使用3D-QSAR中的CoMFA和CoMSIA方法构建了两个可靠的、具有预测能力的模型,并利用分子对接分析数据集化合物与JAK2蛋白的相互作用,表明化合物主要通过氢键和范德华作用与JAK2靶蛋白结合。根据3D-QSAR模型的分析结果,设计了40个化合物,利用构建的模型预测其抑制活性;使用软件预测了化合物的药代动力学(ADME)参数,开展分子对接模拟,最终选择化合物D01和D22与JAK2靶蛋白进行了分子动力学模拟研究,结果显示两个复合物结合构象稳定,与分子对接结果趋势一致。本研究的结果可以为JAK2抑制剂的研发提供一些新的思路,为临床开发此类药物提供理论支撑。     

基于3D-药效团的P糖蛋白和细胞色素P4503A4的协同作用机理研究

P糖蛋白(P-glycoprotein,Pgp)和细胞色素P4503A4(CYP3A4)是决定药物ADME性质的两个重要蛋白,目前还无法通过实验方法,从分子水平清晰阐明这两个蛋白采取怎样的互补作用机理来降低外来药物的生物利用度.通过3D-药效团模建方法,提取Pgp和CYP3A4的共同底物的特征阐明这两个蛋白可能的协同作用模式.所得的药效团有助于理解药物分子同这两个蛋白的作用模式,同时该模型可以指导新药设计和改造,从而提高药物的生物利用度.     

基于高分辨质谱技术的农药与生物大分子相互作用的分析方法

建立了检测农药小分子与生物大分子(BSA蛋白,SOD酶)相互作用的高分辨质谱分析方法.对相应结合产物进行质谱检测,结果表明,BSA蛋白与甲基对硫磷分子在开始相互作用30 min后达到饱和,且每个蛋白分子最多与5个甲基对硫磷分子结合;BSA蛋白与甲维盐不存在相互作用.通过对SOD酶与敌敌畏,阿维菌素及噻呋酰胺结合产物的质谱检测发现每个SOD酶最多结合2个敌敌畏分子,1个阿维菌素分子,且不与噻呋酰胺相互作用.此外,实验表明,SOD酶与阿维菌素分子作用30 min后达到平衡,与敌敌畏分子作用20 min后达到平衡.通过对两种蛋白结合农药小分子过程的时间分辨分析发现,两种生物大分子结合农药小分子的机理过程存在差异.本方法与相关标准方法(荧光光谱法,NBT试剂盒法)及分子模拟对接结果比对说明,本方法切实可靠.本方法具有耗样量少、检测速度快、可提供多方面信息等优点,在新农药的研发及其安全性评价方面具有实用价值.     

多变鱼腥藻藻胆蛋白共价复合物的合成及其分子内能量传递

利用双功能基偶联剂3-(2-吡啶联巯基)丙酸N-羟基琥珀酰亚胺酯(SPDP)合成了两个藻胆蛋白复合物,藻红蓝蛋白-变藻蓝蛋白复合物PEC-APC和藻红蓝蛋白-藻蓝蛋白复合物PEC-PC.利用吸收光谱和荧光光谱证明了藻胆蛋白构型与构象在反应后得到保持。通过荧光光谱观察到能量传递现象。计算出复合物PEC-APC的分子内能量传递效率约为90%.复合物PEC-PC中藻红蓝蛋白PEC的荧光寿命比PEC本身的寿命大大缩短,证明存在分子内能量传递。二硫苏糖醇(DTT)还原二硫桥键后能量传递被阻断。这进一步证明复合物合成成功及分子内能量传递。