盐胁迫下杜氏盐藻(Dunaliella salina)cDNA文库的构建与新表达序列标签(EST)的获取、分析

在成功养殖杜氏盐藻(Dunaliella salina)的基础上,采用Takara cDNA文库构建试剂盒,构建盐胁迫下(1.5 mol/L NaCl)杜氏盐藻的cDNA文库.经鉴定,原始文库的滴度达1.2×106 cfu/mL,重组率高达95%,且多数插入片段均在500 bp以上.对表达序列标签(expressed sequence tag,EST)分析发现,杜氏盐藻基因组中包含大量未鉴定的新基因.随机挑取60个单克隆进行序列测定,将所测序列经Blast比对等生物信息学方法分析后,发现其中三分之一,即20个未见报道的代表新基因的表达序列标签,值得进一步发掘.这些新表达序列标签(基因)的发现,为进一步筛选和克隆杜氏盐藻耐盐性基因提供了筛选平台.     

白粉病胁迫下甜瓜叶片蛋白组学分析

为深入研究甜瓜抗白粉病的分子机制,本文在蛋白质水平上探讨甜瓜应对白粉病胁迫的可能机理,寻找特定的白粉病胁迫应激反应蛋白,为分离、鉴定和克隆抗白粉病的基因奠定基础.本研究采用蛋白质双向电泳技术(twodimensional gel electrophoresis,2-DE),对甜瓜白粉病的感病品种"JS"和抗病品种"MR-1"叶片中差异超过1.5倍的36个蛋白质点进行MALDI-TOF-TOF/MS分析和数据库检索.鉴定出31个差异蛋白质,将鉴定出的可能与甜瓜白粉病相关的差异蛋白进行了初步分析.结果表明:白粉病诱导处理对两种甜瓜的叶片蛋白质表达有明显的影响,两种甜瓜的电泳图谱间存在较为明显的差异.相比而言",MR-1"中表达量下调的蛋白质点数要明显少于"JS",而表达量上调和特异性表达的蛋白质点则明显多于"JS",这种表达差异的存在可能是"MR-1"具有较强抗性的一种重要生理响应.     

早春短生植物鸢尾蒜在干热和湿润环境下的比较转录组研究

本研究对新疆干旱区早春短生植物鸢尾蒜进行转录组测序,通过比较转录组分析,揭示干热生境和林下湿润生境中鸢尾蒜个体基因表达的差异,探讨鸢尾蒜适应新疆干热环境的分子机理.转录组测序共得到150702个同基因,检测到两种生境间显著差异表达基因1929个,其中827个上调,1102个下调.差异基因共富集到49个GO条目,下调基因...     

黄颡鱼MyoD基因的克隆及其表达

采用RT-PCR和RACE(cDNA末端快速扩增)方法克隆黄颡鱼MyoD(myogenic differentiation antigen,成肌分化抗原)基因的cDNA全长序列,对其进行生物信息学和在雌雄个体组织中的表达差异分析.结果表明,黄颡鱼MyoD基因编码区由810个碱基组成,编码269个氨基酸,其中第1～89个氨基酸为Basic区,第90～141个氨基酸为bHLH结构;黄颡鱼的MyoD基因与斑点叉尾鮰的同源性最高为93%.在雌雄成体组织中的表达分析显示,雄性个体中肌肉和胃组织中的表达量极显著高于雌性个体(p<0.01),雌性个体的肾脏和鳃组织中的表达量显著高于雄性(p<0.05).通过MyoD基因在雌雄个体中表现出的组织表达差异,认为这可能是造成黄颡鱼雌雄生长差异的重要因素之一.     

草鱼NF-κB2和IκBα基因的组织分布及对GCRV病毒感染的应答分析

NF-κB是具有多向性调节作用的蛋白质分子,NF-κB信号通路通过调控免疫相关基因的表达在鱼类先天性免疫中发挥重要作用,对该信号通路中2个关键信号分子NF-κB和IκB基因结构和表达模式研究非常重要。本文中,我们克隆了草鱼的NF-κB2和IκBα2个基因。氨基酸序列分析显示,NF-κB2含有1个RHD结构域、1个IPT结构域、6个ANKs结构域和1个Death结构域;IκB含有7个ANKs结构域。Real-time PCR分析发现,健康鱼体内NF-κB2在肝脏组织中表达量最高,IκBα在肾中表达量最高。GCRV病毒感染后,NF-κB2在肠中出现了显著的上调表达;IκBα在肝脏中产生了显著的下调表达,在肠中出现了小幅度的上调表达。说明NF-κB2和IκBα在病毒感染后的肝脏和肠中产生了主要的免疫应答,具体应答机制还有待进一步的研究。本研究结果为NF-κB2和IκBα在硬骨鱼类的抗病毒功能研究提供了重要线索。     

低盐协迫对大黄鱼gh、igf-1、hsp90和pparβ基因表达变化的影响

为了解大黄鱼在低盐胁迫下相关基因的表达变化, 采用实时荧光定量PCR技术检测了正常盐度25和降低盐度后3个节点(盐度8、盐度3和盐度1.5)鳃、肾、肝、心、脾、肌肉、脑和肠8组织中gh、igf-1、hsp90和pparβ基因mRNA的表达量变化. 研究表明: 低盐胁迫可显著影响大黄鱼中这4个基因的表达量. gh基因在盐度1.5节点除心脏外各组织中表达量均显著高于正常盐度(P<0.05), 其中脾的升幅最大; 盐度8和盐度3节点, 均是肝中gh表达量升高幅度最大, 分别为正常盐度的5.21和3.11倍. igf-1基因在盐度1.5节点除肌肉和脑外表达量均显著上调(P<0.05), 鳃中表达量最高, 为正常盐度的5.28倍, 其次为肾(3.05倍)和肝(2.20倍). hsp90基因在盐度8节点时心和肝中的表达量显著升高(P<0.05); 盐度1.5节点心中表达量显著降低(P<0.05), 而在其他组织中的表达量均显著升高(P<0.05). 在盐度8节点pparβ基因在心、肌肉、肝和脾中的表达量均显著高于其他3个盐度点(P<0.05); 盐度1.5节点鳃、脑、肾和肠中的表达量均显著升高(P<0.05), 分别为正常盐度时的9.04、7.36、3.39和3.19倍. 上述结果可为深入研究大黄鱼应对低渗环境的分子调控机制提供基础资料.     

外显子拼接法合成真菌灵芝漆酶基因cDNA

为真菌漆酶基因cDNA的克隆提供了一种简便快速的新方法．从含有内含子的灵芝漆酶基因出发，采用外显子拼接PCR方法，合成了灵芝漆酶的cDNA．设计了10对引物分别经PCR扩增该基因的10个外显子，引物设计使前一个外显子的下游引物与下一个外显子的上游引物都有一段同源匹配序列，然后通过两两片段混合作为模板PCR扩增得到两两拼接的外显子片段，再将得到的5个片段前两个混合，后3个混合分别作为模板扩增获得拼接好的外显子1～4大片段和外显子5～10大片段，最后将这两个大片段混合作为模板扩增得到拼接好的全长cDNA序列．与常规方法相比，该方法既避免了RNA的操作，又不用摸索酶表达的条件，可以和基因组步行技术结合快速获得真菌漆酶基因的cDNA．     

凡纳滨对虾亲环素A基因的克隆及表达分析

通过电子克隆所得基因序列设计引物,采用RT-PCR方法首次克隆得到长度为885 bp的凡纳滨对虾亲环素A（Cyclophilins A）CYPA基因cDNA序列,其开放阅读框为35~529 bp,可编码164个氨基酸.推算其分子量约为17.6×103,理论等电点为8.55.与其他物种的CYPA基因比对发现,该基因的氨基酸序列具有较高的保守性.基于氨基酸序列的聚类分析表明,凡纳滨对虾与斑节对虾的亲缘关系最近.荧光定量PCR的结果显示该基因在组织中广谱表达,在抗病组中,胃中的表达量最高,心脏中的表达量最低,差异约为2倍.而在感病组中,该基因在心脏中的表达量最高,肌肉中的表达量最低.利用ProtFun在线预测蛋白质的功能分类,表明CYPA基因可能是一免疫应答抑制因子,参与凡纳滨对虾免疫防御反应.     

铬胁迫对西红花叶片蛋白表达谱的影响

铬是植物的非必需元素，对植物的生长发育具有显著的抑制作用.采用双向电泳和质谱技术，研究了铬胁迫对西红花叶片蛋白表达的影响.通过质谱技术，成功鉴定出9个在铬胁迫后下调表达的蛋白，分别为细胞分裂循环蛋白48、ATP合成酶α亚基、核酮糖二磷酸羧化酶长链（2个）、未知蛋白、核酮糖二磷酸羧化加氧酶、蛋白酶体α亚基、铁蛋白和蛋白酶体β亚基；6个上调表达的蛋白，分别为蔗糖合酶、真核起始因子4A、α-1，4-葡聚糖蛋白合成酶、1-氨基环丙烷-1-羧酸氧化酶、异黄酮还原酶类似物IRL和未知蛋白.以上结果为研究植物响应铬胁迫的分子机制提供了参考.     

荷包红鲤自噬相关基因LC3B的克隆及在重金属镉胁迫下的表达

微管相关蛋白1轻链3(microtubule-associated protein 1light chain 3,LC3)是哺乳动物细胞中酵母自噬相关基因8(ATG8)的同源物,其LC3B亚型的表达强度与自噬泡数量的多少成正相关,为自噬发生的标志蛋白之一。应用RACE-PCR技术克隆了婺源荷包红鲤LC3B基因的cDNA全长序列,用RT-PCR方法检测了该基因在荷包红鲤主要组织中的表达,并用Real-time quantitative PCR方法检测了该基因在镉胁迫下转录水平的变化,以初步揭示该基因在镉胁迫下的作用。结果表明,荷包红鲤LC3B基因cDNA全长为2 138bp,其中开放阅读框长378bp,编码125个氨基酸,预测分子量为14.73kDa,等电点为8.76。序列比对显示,其编码的氨基酸序列和斑马鱼LC3B具有最高的一致性和相似性,并在系统发育树上聚为一支。该基因在荷包红鲤肌肉、脑、鳃、脾脏、肝脏、血液、头肾、肾脏和心脏组织中均有表达;在镉胁迫下,镉诱导显著影响了该基因在肾脏组织中的转录水平。LC3B基因参与的自噬反应可能参与了抗镉毒性作用。