| 应用ABEEMσπ／MM模型探讨小α-螺旋在显性水中折叠／展开的可逆过程 |
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| 引用本文： | 刘翠,杨忠志.应用ABEEMσπ／MM模型探讨小α-螺旋在显性水中折叠／展开的可逆过程[J].中国科学B辑,2009,39(11):1461-1468. |
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| 作者姓名： | 刘翠 杨忠志 |
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| 作者单位： | 辽宁师范大学化学化工学院, 大连 116029 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（批准号：20633050）资助,特此致谢. |
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| 摘 要： | 应用ABEEMσπ／MM模型进行分子动力学模拟，研究了显性水溶液中小α-螺旋（短肽Ala5）折叠／展开的可逆过程．动力学分析显示，300K下α-螺旋可以保存2ns的时间，该结果支持Margulis等人的结论．每个结构与α-螺旋结构骨架重原子的均方根偏差的时间轨迹指出，“300K下螺旋成核现象在0．1ns内快速发生”的结论是不恰当的．通过对300、400和500K温度下的研究，首次定量地给出各温度下螺旋保存的时间分别为2ns、1～1．5ns和0．8ns，并且增加温度并不改变折叠／展开的方式，只是改变折叠／展开的速率．本文对“转化态集合”结构的分析表明，从螺旋到卷曲的转换，主要通过螺旋端的氢键断裂发生（92％）、尤其是C端的氢键断裂发生（50％）．氢键的破坏和形成在0．1ns的时间内完成．
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| 关 键 词： | 蛋白质折叠／展开可逆过程 Alas 温度 氢键 |
| 收稿时间： | 2009-08-17 |
| 修稿时间： | 2009-09-10 |
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