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| 基于VHSE结构表征的蛋白酶体酶切位点预测及酶切特异性研究 | |
| 引用本文： | 谢江安,梅虎,吕娟,潘显超,王青,张亚兰. 基于VHSE结构表征的蛋白酶体酶切位点预测及酶切特异性研究[J]. 化学学报, 2012, 70(3): 113-119 |
| 作者姓名： | 谢江安 梅虎 吕娟 潘显超 王青 张亚兰 |
| 作者单位： | 1. Ⅱ生物流变科学与技术教育部重点实验室重庆大学,重庆,400044 2. Ⅱ生物流变科学与技术教育部重点实验室重庆大学,重庆400044／重庆大学生物工程学院,重庆400044 3. 重庆大学生物工程学院,重庆,400044 |
| 基金项目： | 重庆市自然科学基金重点项目，重庆大学中央高校基本科研业务费科研专项项目 |
| 摘 要： | 泛素-蛋白酶体在真核生物的抗原呈递、细胞周期调控和转录因子激活等生理过程中发挥着极为重要的作用,其核心就是蛋白酶体对底物的选择性酶切作用,因此对选择性酶切位点的预测一直是计算生物学的一个重点研究内容.针对现有酶切位点预测方法的非线性和物理意义不明确等问题,借鉴定量构效关系研究方法,采用基于氨基酸物理化学性质的描述子——VHSE(Principal component score vector of hydrophobic,steric,and electronic properties)对收集的2650个MHC-I配体的源蛋白序列进行了结构表征,在此基础上利用支持向量机建立了蛋白酶体酶切位点的预测模型,其最优线性模型的灵敏度(Sensitivity)、特异性(Specificity)、接受者操作特征曲线下面积(area under receiver operatingcharacteristics curve,AUC)和马休斯相关系数(Matthews coefficient of correlation,MCC)分别为90.18%,69.63%,0.8797和0.6131.模型分析结果表明:影响酶切位点选择性的氨基酸性质由大到小依次为:疏水性、电性和立体特征;P9,P8,P4,P1,P3’,P4’和P5’位氨基酸对酶切位点的选择有重要影响,研究亦显示酶切位点上游P1位和下游P1’～P5’的"疏水势差"有利于蛋白酶体的切割作用. |
| 关 键 词： | 蛋白酶体 MHC-I配体 VHSE 支持向量机 酶切位点 |
Studies on the Prediction of Selective Cleavage Sites and Cleavage Profile of Proteasome Using VHSE Amino Acid Descriptor |
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| Affiliation: | Xie,Jiangana Mei,Hu,a,b Lü,Juanb Pan,Xianchaob Wang,Qingb Zhang,Yalanb(aKey Laboratory of Biorheological Science and Technology(Ministry of Education),Chongqing University,Chongqing 400044)(bCollege of Bioengineering,Chongqing University,Chongqing 400044) |
| Abstract: | |
| Keywords: | proteasome MHC-I ligand VHSE SVM cleavage site |
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