| DNA序列非退化的二维图形表示及其应用 |
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| 引用本文： | 李春,刘欢,褚威威,费文超,韩苗苗.DNA序列非退化的二维图形表示及其应用[J].渤海大学学报(自然科学版),2014(4):307-312. |
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| 作者姓名： | 李春 刘欢 褚威威 费文超 韩苗苗 |
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| 作者单位： | 渤海大学 数理学院,辽宁 锦州,121013 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(No11171042)；辽宁省“百千万人才工程”项目(No2012921060)；辽宁省高等学校创新团队(NoLT2014024)；辽宁省食品安全重点实验室开放课题(NoLNSAKF2011034)． |
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| 摘 要： | 提出了一种新的DNA序列的2-D图形表示方法,并证明了它的非退化性,随后结合图形表示给出DNA序列的12个正规化的ALE指标.在此基础上,结合双核苷酸计数和符号序列LZ复杂度,将DNA序列转化为一个29维的数值向量.对23个物种的β球蛋白基因和18个物种的线粒体NADH脱氢酶序列进行的系统发生分析,证明了所提方法的有效性.
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| 关 键 词： | DNA -D图形表示 非退化 ALE指标 系统发生分析 |
2 -D non-degenerate graphical representation of DNA sequences and its applications |
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| LI Chun,LIU Huan,CHU Wei-wei,FEI Wen-chao,HAN Miao-miao.2 -D non-degenerate graphical representation of DNA sequences and its applications[J].Journal of Bohai University:Natural Science Edition,2014(4):307-312. |
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| Authors: | LI Chun LIU Huan CHU Wei-wei FEI Wen-chao HAN Miao-miao |
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| Institution: | LI Chun, LIU Huan, CHU Wei - wei, FEI Wen - chao, HAN Miao - miao ( College of Mathematics and Physics, Bohai University, Jinzhou 121013, China) |
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| Abstract: | We first propose a new 2-D graphical representation for a DNA sequence and prove that it has nondegeneracy. Then we transform a DNA sequence into a 12- dimensional vector whose components are normalized ALE- indices. Combining ALE- indices with counts of the dinucleotide and the LZ complexity,we characterize a DNA sequence by a 29-dimensional numerical vector. The phylogenetic analysis on two separate datasets（ the β- globin genes of 23 species and the NADH dehydrogenase genes of 18 species） shows the effectiveness of the proposed method. |
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| Keywords: | DNA 2-D graphical representation nondegeneracy ALE-index phylogenetic analysis |
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