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| 基于Hash建立索引和Kmp快速匹配算法的DNA序列查找方法 | |
| 作者单位： | ;1.上海海事大学信息工程学院;2.上海海事大学数学系 |
| 摘 要： | 研究了DNA序列片段的查找问题,针对DNA数据量大和DNA序列碱基排列的特点提出了DNA序列检索的问题.在对DNA序列检索中,基于Hash建立了索引表以提高在大数据中检索的速度和效率,同时在平衡树的数据存储模型上使用了改进的Kmp快速匹配算法,提高了在索引上的检索效率.介绍了Hash索引的建立、Kmp的优化以及平衡树的再平衡.利用软件评估实验得出的实验结果表明了该算法的有效性. |
| 关 键 词： | Hash索引 Kmp快速匹配 平衡树 折叠化 DNA检索 |
DNA Sequence Search Based on Hash and Kmp Based Fast Matching Algorithm |
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