| DNA序列比对数目的算法研究 |
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| 引用本文： | 徐琛梅,刘晓杰. DNA序列比对数目的算法研究[J]. 大学数学, 2008, 24(1): 100-103 |
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| 作者姓名： | 徐琛梅 刘晓杰 |
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| 作者单位： | 河南大学,数学与信息科学学院,开封,475001;南开大学,组合数学中心,天津,300071 |
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| 基金项目： | 新世纪高等教育教育教学改革工程本科教育教育教学改革项目 |
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| 摘 要： | 生物序列比对是生物信息学中非常重要的内容.文[1]中作者用差分方程理论给出了求两DNA序列间比对数目的一个计算公式,然而解法较为繁琐.本文将借助于组合数学中母函数这一计数工具给出另一简单、优美的算法,并在此基础上剔除非生物比对,得到进一步的计算公式,这一结果缩小了需要考查的比对范围.
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| 关 键 词： | DNA序列 序列比对 母函数 非生物比对 |
| 文章编号： | 1672-1454(2008)01-0100-04 |
| 修稿时间： | 2006-02-07 |
Further Study about the Exact Formula for the Number of Alignments between Two DNA Sequences |
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| XU Chen-mei,LIU Xiao-jie. Further Study about the Exact Formula for the Number of Alignments between Two DNA Sequences[J]. College Mathematics, 2008, 24(1): 100-103 |
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| Authors: | XU Chen-mei LIU Xiao-jie |
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| Abstract: | Alignment is an improtant part of Bioinformatics.In the paper [1],the authors give an exact formula for the number of possible alignments using the theory of difference equations.However,its solution is complicated.In this short communication,we give another simple and graceful deduced means using a counting tool called generating function in combinatorial mathematics,and attain a farther exact formula for the number of alignments by weeding out the no-biological ones so as to shorten the number. |
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| Keywords: | DNA sequence Alignment Generating function No-biological alignment |
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