| 基于python的分子动力学模拟程序编写及应用 |
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| 引用本文： | 应舒畅.基于python的分子动力学模拟程序编写及应用[J].电子测试,2019(14):52-54. |
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| 作者姓名： | 应舒畅 |
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| 作者单位： | 浙江省杭州第二中学,浙江杭州,310053 |
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| 摘 要： | 本文利用python编写了分子动力学模拟程序,并利用该程序对He分子体系进行了详细研究。分别研究了不同初始条件,不同边界条件,截断点位置等的研究。在分子数为500,分子初速度为500的初始条件下,体系最终经过2.25e-11s发展成为麦克斯韦平衡体系。分别研究周期性边界条件与刚性边界对系统发展的影响,研究发现周期性边界条件与刚性边界条件最终对系统的发展没有明显影响。对截断点进行研究后发现,必须选取大于1.1*sigma(sigma为L-J势能中的常数,由实验可测定)作为截断,如果小于该值,体系由于数值误差将偏离物理实际。同时研究发现势函数对于体系的发展也具有重要影响。
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| 关 键 词： | 分子动力学 Lennard-Jones势能 边界条件 Verlet算法 He分子体系 |
Programming and application of molecular dynamics simulation program based on Python |
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| Ying Shuchang.Programming and application of molecular dynamics simulation program based on Python[J].Electronic Test,2019(14):52-54. |
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| Authors: | Ying Shuchang |
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| Institution: | (Hangzhou No.2 Middle School,Hangzhou Zhejiang,310053) |
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| Abstract: | Ying Shuchang(Hangzhou No.2 Middle School,Hangzhou Zhejiang,310053) |
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| Keywords: | molecular dynamics Lennard-Jonespotential energy boundary condition Verlet algorithm He Molecular System |
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