| 基于Memetic优化的智能DNA序列数据压缩算法 |
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| 引用本文： | 周家锐,纪震,朱泽轩,陈思平. 基于Memetic优化的智能DNA序列数据压缩算法[J]. 电子学报, 2013, 41(3): 513-518. DOI: 10.3969/j.issn.0372-2112.2013.03.016 |
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| 作者姓名： | 周家锐 纪震 朱泽轩 陈思平 |
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| 作者单位： | 1. 浙江大学生物医学工程与仪器科学学院,浙江杭州310027;深圳大学计算机与软件学院,广东深圳518060;深圳市嵌入式系统设计重点实验室,广东深圳518060
2. 深圳大学计算机与软件学院,广东深圳518060;深圳市嵌入式系统设计重点实验室,广东深圳518060 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金，霍英东高等院校青年教师基金基础性研究课题，教育部重点研究项目，广东省自然科学基金，深圳市杰青项目 |
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| 摘 要： | 提出近似重复矢量(Approximate Repeat Vector,ARV)模型用于DNA序列冗余片段的描述.通过将数据生物信息学特征引入压缩预处理,并使用ARV矢量构造编码码本,提出了非对称DNA序列压缩算法BioLZMA-2.算法引入基于粒子群优化的Memetic改进方法CLIPSO-MA用于压缩码本的智能优化设计,有效提升了编码性能.在标准测试序列上的实验结果表明,BioLZMA-2可获得比现有DNA序列数据压缩方法更高的压缩率.
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| 关 键 词： | DNA序列数据压缩 生物信息学 近似重复矢量 Memetic算法 |
| 收稿时间： | 2010-08-11 |
Intelligent DNA Sequence Data Compression Using Memetic Algorithm |
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| ZHOU Jia-rui , JI Zhen , ZHU Ze-xuan , CHEN Si-ping. Intelligent DNA Sequence Data Compression Using Memetic Algorithm[J]. Acta Electronica Sinica, 2013, 41(3): 513-518. DOI: 10.3969/j.issn.0372-2112.2013.03.016 |
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| Authors: | ZHOU Jia-rui JI Zhen ZHU Ze-xuan CHEN Si-ping |
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| Affiliation: | 1,2,3(1.College of Biomedical Engineering and Instrument Science,Zhejiang University,Hangzhou,Zhejiang 310027,China;2.College of Computer Science and Software Engineering,Shenzhen University,Shenzhen,Guangdong 518060,China;3.Shenzhen Key Laboratory of Embedded System Design,Shenzhen,Guangdong 518060,China;) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | DNA sequence data compression bioinformatics approximate repeat vector memetic algorithm |
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