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Comparing and combining implicit ligand sampling with multiple steered molecular dynamics to study ligand migration processes in heme proteins |
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| Authors: | Flavio Forti Leonardo Boechi Dario A. Estrin Marcelo A. Marti |
| Affiliation: | 1. Department de Fisicoquimica and Institut de Biomedicina (IBUB), Facultat de Farmàcia, Universitat de Barcelona, Barcelona, Spain;2. Departamento de Química Inorgánica, Analítica, y Química Física, INQUIMAE‐CONICET, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales Universidad de Buenos Aires. Ciudad Universitaria, Buenos Aires, Argentina;3. Departamento de Química Biológica, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires. Ciudad Universitaria, Buenos Aires, Argentina |
| Abstract: | |
| Keywords: | ligand migration O2 NO CO implicit ligand sampling multiple steered molecular dynamics free energy profile molecular dynamics proteins cavities tunnels nitrophorin truncated haemoglobin xenon sites docking sites AMBER MSMD ILS MD |