| 拟南芥外显子连接序列上最佳匹配片段的偏好 |
| |
| 引用本文： | 张强,赵小庆,薄素玲,曹艳娟,苏文霞.拟南芥外显子连接序列上最佳匹配片段的偏好[J].内蒙古大学学报(自然科学版),2020,51(2):148-153. |
| |
| 作者姓名： | 张强 赵小庆 薄素玲 曹艳娟 苏文霞 |
| |
| 作者单位： | 内蒙古农业大学理学院,呼和浩特010018;内蒙古自治区农牧业科学院,呼和浩特010031;内蒙古大学物理科学与技术学院,呼和浩特010021;内蒙古医科大学计算机信息学院,呼和浩特010010 |
| |
| 基金项目： | 内蒙古农业大学基础学科科研启动基金;国家自然科学基金;内蒙古自治区自然科学基金;内蒙古农业大学博士科研启动基金 |
| |
| 摘 要： | 内含子序列通过与相应mRNA序列的匹配参与基因表达调控。采用Smith-Waterman局部比对方法,以拟南芥全基因组基因序列为基础,获得了内含子序列与其对应的外显子连接序列的最佳匹配片段。为了揭示两者之间的序列匹配特征,给出匹配频率在外显子序列上的分布。研究发现,匹配频率分布在外显子的边界存在显著差异,长内含子序列和第一个内含子序列对外显子连接序列的分布偏好明显区别于其他内含子序列。对于长片段、低GC含量以及高配对率的最佳匹配片段在外显子连接序列上游EJC(exon-exon junction complex)结合区域分布有明显的最小值。结果显示内含子序列和编码序列存在共同进化关系。
|
| 关 键 词： | 内含子序列 外显子连接序列 序列比对 外显子连接复合物(EJC) 最佳匹配片段 |
| 本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录！ |
|
