| 戊烷与颗粒型甲烷单加氧酶的相互作用研究 |
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| 引用本文： | 唐典勇,刘嵬,胡建平,孙国峰,张元勤,常珊.戊烷与颗粒型甲烷单加氧酶的相互作用研究[J].化学学报,2011,69(24):2939-2946. |
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| 作者姓名： | 唐典勇 刘嵬 胡建平 孙国峰 张元勤 常珊 |
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| 作者单位： | (1乐山师范学院化学与生命科学学院分子设计中心 乐山 614004)
(2成都大学药食同源植物资源开发重点实验室 成都 610106)
(3华南农业大学信息学院 广州 510642) |
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| 基金项目： | 四川省中医药管理局科技专项，乐山市科技局重点研究计划 |
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| 摘 要： | 颗粒型甲烷单加氧酶(Particulate methane monooxygenase, PMMO)是一个与细胞膜结合的金属酶, 能将烷烃生物催化为醇. 研究PMMO与烷烃的结合模式及催化机制将有利于设计合成一个新的模拟酶, 进而有效地利用烷烃作为新能源. 用分子对接方法获得了PMMO单体与一系列烷烃的结合模式, 并对PMMO单体和PMMO-戊烷复合物进行了6 ns的分子动力学模拟, 最后对复合物进行了构象成簇及结合能分析. 结果表明, 戊烷结合到靠近Zn2＋的疏水口袋中, 该口袋由pmoA亚基的M45～W60和R190～T193以及pmoC亚基的Q161三个片段组成. 动力学结果表明, 与PMMO单体比, PMMO-戊烷复合物保持着相近的运动模式, 但幅度更明显, 另外, 戊烷在疏水口袋中的大幅度运动对于PMMO发挥催化作用是必须的. 结合能计算揭示疏水相互作用是戊烷与PMMO稳定识别的主要驱动力, 所有模拟结果与实验数据吻合较好.
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| 关 键 词： | 颗粒型甲烷单加氧酶 戊烷 分子对接 分子动力学 相互作用 |
Study on the Interactions between Pentane and Particulate Methane Monooxygenase |
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| TANG Dian-Yong,LIU Wei,HU Jian-Ping,SUN Guo-Feng,ZHANG Yuan-Qin,CHANG Shan.Study on the Interactions between Pentane and Particulate Methane Monooxygenase[J].Acta Chimica Sinica,2011,69(24):2939-2946. |
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| Authors: | TANG Dian-Yong LIU Wei HU Jian-Ping SUN Guo-Feng ZHANG Yuan-Qin CHANG Shan |
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| Institution: | (1 Molecular Design Center, College of Chemistry and Life Science, Leshan Normal University, Leshan 614004)
(2 Key Laboratory of Medicinal and Edible Plants Resources Development, Chengdu University, Chengdu 610106)
(3 College of Informatics, South China Agricultural University, Guangzhou 510642) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | particulate methane monooxygenase pentane molecular docking molecular dynamics interactions |
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